Até onde eu sei, o HSD.test é utilizado para erros normais. Mais você pode utilizar sem problemas o seu modelo glm  com a função glht para comparar as médias. Não vejo problemas também, você utilizar tais análises para uma variável e tais análises para outra variável, desde que esteja justificada o uso de tais metodologias.

Allaman

(S,f,P)