Olá Diancarlos,
suponha que as categorias sejam as primeiras 5 letras do alfabeto e que queria combinar b com c e d com e.
suponha também que deseje substituir NA por "b", caso a categoria b seja uma resposta como "não informou" faz sentido que agrupe elas.
os comandos seriam os seguintes:
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library(reshape)
categorias <- factor(sample(letters[1:5],100,rep=T))
categorias[c(3,6,25)] <- NA
novas_categorias <- combine_factor(categorias,c(1,2,2,4,4))
novas_categorias[
is.na(novas_categorias)] <-"b"
####
# caso queira fazer a categoria b virar NA faria o seguinte:
novas_categorias[novas_categorias == "b"] <- NA
abraço