O Emacs tem um padrão relacionado ao número de caracteres de comentários usado:

1) 1 hash vai para o meio porque o Emacs definiu isso para um comentário do tipo título que destacado ao centro (central). Eu nunca uso e pouco vi isso sendo usado por alguém, mas é a ideia;

2) com 2 hashs o Emacs faz a indentação default que inclusive acompanha a indentação do código (segue o código). Só uso esse padrão;

3) com 3 ou mais hashs o Emacs não mais indenta, ou seja, tudo fica colado à esquerda (sempre à esquerda). Uso raramente.

A grande vantagem é que o Emacs é um editor altamente configurável. Eu mesmo mudei o padrão de fazer comentários do Emacs colocando atalhos para

1) comentar a linha independente da posição do cursor;

2) comentar o parágrafo sem precisar selecionar;

3) inserir divisões com traços (-) ou igual (=) no tamanho da margem devidamente comentados de acordo com a linguagem do script;

4) duplicar uma linha;

5) recortar ou copiar uma linha sem precisar selecionar, só com o cursor nela;

6) mover linhas para cima e para baixo.

Você pode consultar os fontes no repositório Git aqui http://git.leg.ufpr.br/walmes/emacs/tree/emacs24.5.

Os arquivos dotemacs.el e functions.el contém as funções e atalhos de teclado.

Dê uma olhada no do Fernando Mayer também: http://git.leg.ufpr.br/fernandomayer/emacs.

À disposição.

Walmes.