Reporte sua versão do R e do doBy. No meu está disponível, veja

> require(doBy)
> str(popMatrix)
function (object, effect = NULL, at = NULL, only.at = TRUE) 

> sessionInfo()
R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit)

...
other attached packages:
[1] doBy_4.5-7       MASS_7.3-29      multcomp_1.2-18  survival_2.37-4
[5] mvtnorm_0.9-9995

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.0.2 tools_3.0.2  
>

À disposição.
Walmes.