A função pgamma faz justamente o que você mencionou, retorna o valor da probabilidade para o evento Pr(X<x) sendo X~Gamma(shape, scale). Nível de confiança não vem ao caso porque isso **não é uma estimativa** de probabilidade. Agora se você a partir de uma amostra aleatória da variável aleatória X que você considera ter distribuição Gamma você **estimou os parâmetros** shape e scale (por máxima verossimilhança, por exemplo), então probabilidades calculadas a partir deles podem ter incerteza associada, que pode ser representada por um intervalo/região de confiança por exemplo. Para isso você terá que obter os extremos dos valores de probabilidade para todos os valores de shape e scale internos à uma região de confiança. Procure um estatístico local para orientações mais aprofundadas.
À disposição.
Walmes.
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Walmes Marques ZevianiLEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)
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