Felipe, veja se é isto o que tu deseja. Talvez não seja a solução mais elegante, mas aparentemente funciona:
# gera dados aleatorios
set.seed(123)
n <- 100
x <- paste(rpois(n, 5), rbinom(n, 1, .4)+1, rpois(n, 5), sep=".")
# separa os elementos das strings de acordo com os pontos
x.split <- unlist(strsplit(x, "[.]"))
# seleciona apenas os elementos do meio dos dados originais, que são os elementos 2, 5, 8, etc. do vetor x.split
unlist(strsplit(x, "[.]"))[seq(from=2, to=length(x.split), by=3)]
# para transformar o resultado acima em numeros
as.numeric(unlist(strsplit(x, "[.]"))[seq(from=2, to=length(x.split), by=3)])