sem modificar a funcao? nao que eu saiba... o caminho e' mandar o exemplo pro autor... ele tem um loop em termos de while(length(res) == 0) e, qdo vc nao tem nenhum "match" no servidor dele, o comprimento de "res" eh sempre 0... e acaba que vc nao consegue sair do loop. eu faria o loop com algo como funcao de um numero maximo de iteracoes (maxIter): while(length(res) == 0 & attemptNumber < maxIter){ codigo ja existente attemptNumber <- attemptNumber+1 } b 2012/5/9 Augusto Ribas <ribas.aca@gmail.com>:
Opa obrigado.
Estava olhando aqui ainda a função. Ela tem um argumento verbose=T que ela fala o que ta fazendo.
library(seqinr) s <- choosebank("genbank") query("bb","SP=Rhinella rubescens AND K=16S RIBOSOMAL RNA",s$socket,verbose=T) I'm checking the arguments... ... and everything is OK up to now. I'm checking the status of the socket connection... ... and everything is OK up to now. I'm sending query to server... ... answer from server is: code=0&lrank=2&count=1&type=SQ&locus=F I'm trying to analyse answer from server... ... and everything is OK up to now. ... and the rank of the resulting list is: 2 . ... and there are 1 elements in the list. ... and the elements in the list are of type SQ . ... and there are *not* only parent sequences in the list. I'm trying to get the infos about the elements of the list... ... and I have received 1 lines as expected.
Agora com o: query("bb","SP=Leptodactylus marmoratus AND K=16S RIBOSOMAL RNA",s$socket,verbose=T) ... reading again. ... reading again. ... reading again.
Ele fica preso num loop eterno assim. Tem como eu falar pro R tipo, tente rodar a função, mas se passar de umas 100 linha pare, sem alterar a função do cara? É tão rapido pra encher de ... reading again. que nem consigo ver o que ta escrito depois da função. Mas obrigado pela sugestão Benilton.
Em 9 de maio de 2012 10:36, Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com> escreveu:
source('http://www.bioconductor.org/biocLite.R') biocLite('genomes') ncbiNucleotide("16S RIBOSOMAL RNA[KWD] AND Leptodactylus syphax[ORGN]")
b
2012/5/9 Augusto Ribas <ribas.aca@gmail.com>:
Ola pessoal, eu estou tentando procurar e extrair algumas sequências de DNA pelo R Em um livro que estou lendo fui guiado até o pacote seqinr, ele tem uma função chamada query() pra fazer isso.
A principio tudo parece bem simples e intuitivo. Por exemplo, eu tenho interesse na sequência 16s rRNA de varias especies de sapinhos.
Ai se procuro pra uma especie tenho:
library(seqinr) s <- choosebank("genbank") query("SP","SP=Rhinella rubescens AND K=16S RIBOSOMAL RNA",s$socket) SP$nelem [1] 1 getName(SP) [1] "GU907196.RR1"
Blz eu achei 1 sequência especifica pro que eu quero, e o nomezinho pra acessar ela.
Procuro outra
query("SP","SP=Leptodactylus syphax AND K=16S RIBOSOMAL RNA",s$socket) print(SP$nelem) [1] 2 print(getName(SP)) [1] "JF789923" "JF789924"
Blz, 2 sequencias,ai eu fui ao site do genbank, que é a base da dados da uma olhada e estao la blz
So que muitas especies que procuro o R para. Por exemplo:
query("SP","SP=Leptodactylus marmoratus AND K=16S RIBOSOMAL RNA",s$socket)
O R fica parado e tenho que fechar ele. Eu não entendo o que esta dando errado, principalmente pq algumas especies funcionam e outras não. Essa especie em especifico num era pra achar nada, não achei registro dela procurando pelo site do genbank. Mas a hora que vou usar o R num vai. Outro exemplo é "Leptodactylus syphax" que devia acha 2 sequencias mas ele para também.
E a maior parte das especies num vai. Eu uso windows 7 como SO. Estou com o R 2.15.0, internet residencial.
Alguem tem experiencia com isso? Sabe dizer o que esto fazendo de errado? E alguem conhece alguma outra forma de fazer o mesmo tipo de busca usando o R? O task view indica o Biocondutor que tem o pacote SRAdb que deve fazer a mesma coisa, mas não consegui usar.
Eu vi que o livro que é de 2011 a função mudou a ordem dos argumentos, e teve um update no pacote, mas não sei se estou fazendo algo errado, se tenho que fazer mais alguma coisa. Os manuais que vi não tem um faq com problemas comum e soluções.
Minha lista de especies caso alguem queria ver é: lista.spp<-c("Rhinella rubescens", "Rhinella fernandezae", "Elosia rustica", "Crossodactylus gaudichaudii", "Leptodactylus pustulatus", "Leptodactylus syphax", "Dendropsophus cachimbo", "Leptodactylus marmoratus", "Physalaemus soaresi", "Hylodes nasus", "Scinax fuscomarginatus", "Leptodactylus petersii", "Chiasmocleis capixaba", "Ceratophrys aurita", "Pleurodema diplolister", "Cystignatus gigas", "Scinax trilineatus", "Elosis nasus", "Dryadophis bifossatus" )
Se alguem puder dar uma luz, não sei nem por onde começar a procurar pra entender o que ta acontecendo. Vou quebrando a cabeça por enquanto, Boa noite a todos.
-- Grato Augusto C. A. Ribas
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-- Grato Augusto C. A. Ribas
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