Sergio,
Você não está conseguindo salvar com a opção da IDE em "Export > Save as image/PDF"? Você consegue salvar com
pdf("meugrafico.pdf")
plot(cars)
dev.off()
png("meugrafico.png")
plot(cars)
dev.off() Se sim, menos mal. Use comandos para salvar, que inclusive permitem você garantir que a dimensão das figuras sejam iguais e com resolução desejada. Meu teste aqui deu também o gráfico em uma janela independente. Isso é algo que eu sempre quis porque o espaço disponível dentro da IDE é pequeno e requer redimensionamento toda hora. Realmente, os botões para salvar estão inativos. Então use os comandos que listei acima para salvar.
À disposição.
Walmes.