Você pode também usar a função axis(), principalmente no caso de você ter mais que dois rótulos para colocar em itálico.

boxplot(resposta ~ especie,
        xlab = "Espécie",
        ylab = "Variável resposta",
        xaxt = "n")
axis(side = 1, at = 1:2, labels = c("A", "B"), font = 3)

À disposição.
​Walmes.​