Olá, Cézar
A sugestão do Luis Paulo, de usar uma CCA pode ser uma boa saída. Mas não sei se seria uma saída muito segura: dê uma olhada nas críticas feitas à CCA nos livros 'Numerical Ecology' ou no 'Numerical Ecology with R'. Os autores vão chamar a atenção para os pressupostos da análise, que raramente são atendidos (especialmente o de multinormalidade), o que pode comprometer o resultado.
Por outro lado, eu sou da opinião de que você não necessariamente deveria ir pelo caminho das ordenações. Se você tem hipóteses claras sobre o efeito das variáveis explicativas (as características das ilhas) sobre a riqueza de espécie, então seria muito mais interessante partir para análises de significância! Você pode fazer regressões múltiplas para cada grupo funcional, por exemplo.
Considero que esta saída seria mais interessante pelo fato de você poder ter em mãos não só a significância do efeito (que a CCA te daria também) mas uma medida do tamanho do efeito. E em um contexto ecológico como o seu, a medida do efeito das variáveis explicativas sobre a riqueza é infinitamente mais importante do que uma simples medida de sua significância. É claro que a significância estatística é fundamental, mas sozinha ela dirá muito pouco sobre o fenômeno que você está estudando.
Atenciosamente
Marcos V C Vital
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