Ola, se são apenas meses, talvez fosse mais fácil usar eles como inteiros, número inteiros de 1 a 12, ai é so colocar na ordem numérica crescente que vai ficar organizado.
Se os nomes estiverem em português, eu não tenho
certeza como fazer, mas se você passar para o inglês, uma possibilidade talvez seria usar o as.Date do R. Mas vc precisaria de datas completas, como por exemplo:
datas <- as.Date(c("01/03/2013","01/02/2013","01/05/2013","01/04/2013","01/06/2013","01/01/2013"),"%d/%m/%Y")
class(datas)
Notem que os dados são de uma classe Data agora.
Outra coisa, é que o formato ai eu descrevi no segundo argumento la, esse aqui "%d/%m/%Y", olhe o help da função, da para os nomes dos meses, nomes abreviados etc. Aqui tem um guia legal
http://www.statmethods.net/input/dates.html
Umas vez que vc converteu para data, da para usar comandos como rank ou sort nos dados.
> sort(datas)
[1] "2013-01-01" "2013-02-01" "2013-03-01" "2013-04-01" "2013-05-01" "2013-06-01"
> order(datas)
[1] 6 2 1 4 3 5
E a partir daqui é so usar essa informação para ordenar sua matriz.
#
matriz<-matrix(rnorm(6*4),ncol=4,nrow=6)
matriz
matriz[order(datas),]
#
Bem é isso, existem outros pacotes para lidar com datas também, como por exemplo o lubridate, talvez vale a pena dar uma olhada, se for precisar muito desse tipo de coisa
Espero ter ajudado.