Benilton, funcionou perfeitamente. Consegui trabalhar com o arquivo completo, sem problema.
 
Eu só precisei consertar a última linha do código, onde estava quantileByCounts(y$valor, y$ponderador
 
corrigi para equantileByCounts(y$valor, y$ponderador. Muito obrigado. 
 
Se não for te tomar muito tempo, você poderia me dizer se nesse meu problema eu poderia utilizar o ff e como ficaria?
 
Sò uma última coisa, quando eu preciso juntar dois arquivos isso só pode ser feito com o merge ou existe algum comando que seja
 
semelhante ao comando set do SAS, que coloca um arquivo embaixo do outro?
 
Agradeço e respondo também ao Bernardo, sim, eu preciso usar a base toda ao mesmo tempo.
 
              Obrigado mais uma vez,
 
              Carlos Mendonça.