Na verdade eu uso as duas!
Quando o caso é simples, eu uso a lmer por preguiça de digitar random=blabla. Mais quando o caso é complexo, que exige modelar casos heterocedástico, aí a lme possui estas ferramentas. Um brevíssima discussão aqui:
http://r.789695.n4.nabble.com/lme-vs-lmer-how-do-they-differ-td2534332.html
Abraço!
\begin{signature}
<<>>=
Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman
Universidade Estadual de Santa Cruz
Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas
Ilhéus/BA - Brasil
Fone: +55 73 3680-5596
E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com
@
\end{signature}
De: Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil <emmanuel.brasil@gmail.com>
Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br; Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman@yahoo.com.br>
Enviadas: Segunda-feira, 21 de Maio de 2012 11:14
Assunto: Re: [R-br] modelo linear com efeito aleatório
Ivan,
Muito obrigado. Funcionou por aqui. Mas surgiu uma curiosidade. Indicaste um outro pacote, o lme4. Tive a curiosidade de inspecionar as saidas do lme e do lmr e me parece que o lme possui mais informações na saida do efeito fixo enquanto que o lmer tem um pouco mais de infomrações na saída do efeito aleatório. Mas os valores das saídas são praticamente os mesmos.
Voce vê alguma vantagem evidente para utilizar um em detrimento do outro?
Abraço,
Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil