Os números mostrados por você no excerto acima estão todos abaixo de um porcento. . . embora "alto" ou "baixo" seja dependente do contexto, não parecem, em princípio, "grandes".
O problema que pode se configurar (been there, done that) é que esses "missings" se forem disjuntos podem jogar fora 5649 amostras (casos). . .
Se algum atributo ou covariável for mais comum nesses casos sua análise pode ser comprometida.
Por isso somente uma avaliação sobre a análise específica a ser feita pode esclarecer o procedimento a seguir (que inclusive pode ter uma regra dada pelo receptor da análise, como órgão de governo, linha editorial, orientação acadêmica, legislação, etc.).