No GLM você especifica que y ~ lambda_i e que lambda_i = X*beta. No caso em que simulou X terá duas colunas para representar os parâmetros envolvidos nos dois grupos. O GLM é uma abordagem paramétrica, você estima lambda e pode comparar submodelos. No chisq.test você compara se as distribuições de frequência observadas são iguais e não são poisson e iguais. Essa é a diferença.
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