Obrigado Walmes, mas os contrastes não pareceram ficar muito corretos, sendo meu CRM corrigido: ##----------------------------------------------------------------------------- require(multcomp) require(doBy) require(latticeExtra) require(wzRfun) ##----------------------------------------------------------------------------- d <- data.frame(a=factor(sample(c(paste("Tratamento_",letters,sep="")), 1000, rep=TRUE))) xtabs(~a, d) d$y <- rpois(nrow(d), lambda=10) ##Niveis levels(d$a) ## O padrão de funcionamento faz assim, o primeiro fator troca níveis ## dentro do segundo que troca níveis dentro do terceiro, etc, veja. do.call(rbind, strsplit(levels(d$a), "\\.")) ## Sabendo disso você pode passar da a, b e c na forma que lhe for mais ## conveniente. Por outro lado, é desperdício de tempo operar assim ## porque eu considero mais fácil declarar o modelo fatorial, usar a ## LSmatrix para gerar a matriz de contraste e usá-la. g0 <- glm(y~a, family="poisson", data=d) g1 <- glm(y~0+d$a, family="poisson", data=d) M <- LSmatrix(g0, effect=c("a")) M ## As estimativas das médias (na escala do preditor linear). data.frame(g0=M%*%coef(g0), g1=coef(g1)) ## Combinações de níveis correspondentes as médias. str(M) grid <- attr(M, "grid") ## Matriz de contrastes entre níveis de `focus` dentro dos níveis de ## `split`. trat <- "a" spl <- interaction(grid[,trat]) i <- 1:nrow(grid) l <- split(i, f=spl) contr <- lapply(l, function(row){ ## Matriz de contrastes par a par. a <- apc(M[,i], lev=levels(d[trat,])) ## Prefixo no nome das linhas. rownames(a) <- paste(spl[row[1]], rownames(a), sep="/") return(a) }) contr <- do.call(rbind, contr) contr ## Constrastes. summary(glht(g0, linfct=contr), test=adjusted(type="fdr")) On 12/02/2015 13:00, walmes . wrote:
Alexandre,
No seu CMR tem-se um fator apenas. Você não precisa de "a" e "a.int <http://a.int>", eles são iguais. Será que não é a versão da apc que você tem? Ela tem sido aprimorada, está no meu pacote wzRfun, disponível do www.github.com/walmes/wzRfun <http://www.github.com/walmes/wzRfun>. A mais recente tá assim:
## wzRfun::apc apc <- function (lfm, lev = NULL) { nlev <- nrow(lfm) rn <- rownames(lfm) a <- attr(lfm, "grid") if (is.null(lev)) { if (!is.null(a)) { lev <- apply(a, 1, paste, collapse = ":") } else if (!is.null(rn)) { lev <- rn } else { lev <- as.character(1:nlev) } } cbn <- combn(seq_along(lev), 2) M <- lfm[cbn[1, ], ] - lfm[cbn[2, ], ] if (is.vector(M)) dim(M) <- c(1, length(M)) rownames(M) <- paste(lev[cbn[1, ]], lev[cbn[2, ]], sep = "-") return(M) }_ _ À disposição. Walmes._ _
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