Obrigado Prof. Paulo e Walmes deu certo,

        Respondendo a pergunta Walmes, já tinha retirado a Parcelle do modelo esta errado mesmo, e agora declarei as.factor() para as variáveis antes da glm, obrigado facilitou bem as coisas, ficando:

> m4

Call:  glm(formula = Infestacao ~ Altitude + Vegetation +

Altitude:Vegetation,      family = "binomial", data = H.termes)

Coefficients:

                    (Intercept)                  

Altitudebaixa                Vegetationpature

                        -2.1772                         

1.9240                         -0.8366

Altitudebaixa:Vegetationpature

                        -1.1144

Degrees of Freedom: 1532 Total (i.e. Null);  1529 Residual

Null Deviance:      1579

Residual Deviance: 1323         AIC: 1331

 > ##Fazendo os contrastes

> require(contrast)

 > contr<-contrast(m4,

list(Altitude=levels(H.termes$Altitude),Vegetation="pature"),

+ list(Altitude=levels(H.termes$Altitude),

Vegetation="foret"),type="average")

 > print(contr,X=TRUE)

glm model parameter contrast

    Contrast      S.E.     Lower      Upper     t   df Pr(>|t|)

1 -1.393758 0.2035796 -1.793083 -0.9944332 -6.85 1529        0

Contrast coefficients:

   (Intercept) Altitudebaixa Vegetationpature Altitudebaixa:Vegetationpature

1           0             0                1                            0.5

 >

Obrigado,

Alexandre dos Santos

Ingenieur forestier, Msc.

INRA- Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP)

Domaine Saint-Paul
Site Agroparc
84914 -  Avignon - France
Tél. : +33 (0)6 87 95 16 29

From: r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br [mailto:r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br] On Behalf Of Walmes Zeviani
Sent: terça-feira, 26 de abril de 2011 09:11
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Dúvida contrast() glm binomial

Alexandre,

Recomendo que passe as variáveis para fator antes da glm(), isso para evitar que elas sejam convertidas para fator dentro da função e você tenha que ficar usando as.factor() dentro da contrast(). O fator "group" não existe nas análises que você postou o summary aqui, então por isso que a função retorna "group não faz parte do delineamento", porque ela não é termo declarado na formula do modelo, apenas foi declarado "Altitute", "Vegetation" e "Parcelle". Parcelle não é uma variável categórica? Você usou ela como variável regressora (contínua) no modelo. Isso está correto?

À disposição.
Walmes.

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Walmes Marques Zeviani
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