Eduarda,
O fato de um nível da variável que foi considerada na GLM ser tachada como "não significante" é apenas o jeito que a matemática da regressão tem de dizer que nessa categoria a média dela não se distingue da média geral, e portanto dever-se-ia examinar a cousa como um todo antes de querer descartá-la.
O uso de técnicas automatizadas, incluindo a backward tem sido mais e mais criticada por diversos autores que nos avisam que elas podem não levar em conta aspectos do domínio do problema.
A sugestão indicada por Wecsley, tecnicamente correta, fará com se perca os casos desse nível, diminuindo os graus de liberdade da regressão. Portanto é um compromisso a ser feito.
Outrossim, do ponto de vista do processo físico (não matemático) a ser modelado a sua retirada fará com que a análise não leve em conta ("desconheça") essa realidade fática dos fenômenos que se está estudando.
HTH
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Cesar Rabak