O código abaixo toma partes de  scripts do PDF dos pacotes ff e ffbase. 

Eu testei com seus dados  e deu certo. Mas na hora de copiar e colar para o e-mail, houve erros... Acho que agora está certo.

Mas ressalto, isso é só uma regressão linear. Não sei como calcular o two-way anova a partir disso.. somente uma anova comum. Mas estou certo de que tem jeito... 

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require(ff)

require(ffbase)

require(biglm)

load("RCBD_Data.Rdata")

dados.ff = as.ffdf(Data)

rm(Data)

gc()

form = y ~ factor(Treat) + factor(block)

for (i in chunk(dados.ff, by=25000)){

  if (i[1]==1){

    message("first chunk is: ", i[[1]],":",i[[2]])

    biglmfit <- biglm(form, data=dados.ff[i,,drop=FALSE])

  }else{

    message("next chunk is: ", i[[1]],":",i[[2]])

    biglmfit <- update(biglmfit, dados.ff[i,,drop=FALSE])

  }

}

summary(biglmfit)

produzível.