Estava rodando o código, e veja o que deu nesta linha! Como o vosso deu certo?  
 
dados$new_cod<- recodeVar(x = dados$cod, oldVals, newVals)
Erro: não foi possível encontrar a função "recodeVar"
 
table(dados$new_cod)
character(0)

Juliana, confira abaixo se é isso.

require(doBy)

dados <- read.table("dadosvrf_met_2011090100.txt")
names(dados) <- c("data", "mrun", "frange", "mtype", "cod", "ylat", "xlon", "V10", "dirVT", "hOD", "hMR", "hVG", "dirMO", "dirPO", "dirMM", "dirPM", "perMO", "perPO", "perPM")

unique(dados$cod)
#[1] "69151" "69150" "69152" "SBLB"  "SBMM"  "SBEC"  "PRAT"

table(dados$cod)
#69150 69151 69152  PRAT  SBEC  SBLB  SBMM
#   78    78    78    78    78    78    78


## selecionando somente variaveis de interesse
oldVals <- as.list(unique(dados$cod)[4:7])
## vetor com novos valores para as variaveis de interesse
newVals <- as.list(unique(c(11114, 11115, 11117, 11118)))

dados$new_cod<- recodeVar(x = dados$cod, oldVals, newVals)

table(dados$new_cod)
#11114 11115 11117 11118 69150 69151 69152
#   78    78    78    78    78    78    78


[  ]'s

Jônatan.