Jônatan,
a função rasterToshapefile é interessante, mas não atribuí o índices i e j ao shapefile criado.
       Encontrei outra solução no script abaixo e espero auxilar outras pessoas.
       Apenas uma ressalva, ao final gero um shapefile de pontos, com os atributos i, j e o valor da célula, mas depois associo ao shapefile de polígonos no Quantum GIS através da função Join de Tabelas.
        Outra solução possível é juntar a sua solução de rasterToPolygon e depois realizar o Join de tabela com os shapefiles de pontos.
        Realmente seria interessante que a função rasterToPolygon levasse as informações de linha e coluna para o shapefile criado.

Mais uma vez obrigado Jôntan e Elias, vocês me orientaram bastante na solução deste problema. 

require(raster)
require(rgdal)
require(shapefiles)
require(maptools)

### ENTRADA DE DADOS ###
## criando um raster 
r <- raster(ncol=319,nrow=319)
atribuindo valores
r[] <- (1:ncell(r))

## linha, coluna, celula, valor
cbind(rowColFromCell(r,1:ncell(r)), 1:ncell(r),getValues(r))
matriz<-cbind(rowColFromCell(r,1:ncell(r)), 1:ncell(r),getValues(r))
matriz
dim(matriz)
tail(matriz)
summary (matriz)
names(matriz)  # a matriz não possui nome de campos

# Data Frame possui nome dos atributos
class(matriz)
require(sp)
     pontos<-data.frame(matriz)
     head(pontos)
     class(pontos)
     dim(pontos)
     names(pontos)
     coordinates(pontos) <- c("row","col") # c("Norte_Sul","Leste_Oeste")
     class(pontos)
     dim(pontos)
     getSlots("SpatialPointsDataFrame")
     slot(pontos, "bbox")
   
require(maptools)
writePointsShape(pontos,"matriz319pt", factor2char = TRUE, max_nchar=254) 
readShapePoints("matriz319pt", proj4string = CRS(as.character(NA)),verbose =
FALSE,repair=FALSE)