Estou em outro nível de problema.
Quero converter FPKM em log2CPM. Para tanto, fiz o seguinte:
dados<-read.csv("/home/Genes interesse NePCa.csv")
head(dados)
class(dados)
[1] "data.frame"
geneLength <- rowMeans(dados)
Error in rowMeans(dados) : 'x' must be numeric
dadoslog2cpm <- convertCounts(dados,
unit = "cpm",
log = TRUE,
normalize = "tmm")
Error: countsMatrix must be a numeric matrix or dataframe of N genes x M Samples. All columns must be numeric.
Não entendo o que possa estar errado. A tabela de dados está em anexo. Vocês podem me ajudar, por favor?
Obrigada,
Michele
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Dra. Michele Claire Breton
Researcher in Bioinformatics
PhD in Cellular and Molecular Biology
CICS - Health Sciences Research Center
Faculty of Health Sciences
University of Beira Interior
Covilhã - Castelo Branco - Portugal