Primeiramente obrigado a todos!
Jônatan, por favor, a função cbind tem um limite para escrita dos dados de um raster, pois meu raster contém 319 linhas x 319 colunas, e a função interrompe no registro 24999, faltando 65001. Esta função é limitada ou gera todos os dados que ela se propõe a ler?

      A princípio esta função (cbind) atende ao que desejo, pois gera as posições i e j, além de ler o valor do pixel correspondente no raster. 
      
       Abaixo está uma pequena parte da matriz gerada, após a leitura do meu raster. A coluna com os valores 0 (zero), junto com os valores de row e col são os que desejo no shapefile. 
matriz
         row col            
    [1,]   1   1     1     0
    [2,]   1   2     2     0
    [3,]   1   3     3     0
(....)

      Por favor, assim, em relação a conversão para shapefile, qual seria a melhor função para criar o shapefile (preferencialmente tipo polígono) com os atributos da matriz acima. 

Mais uma vez agradeço a lista.
Att, 
Alex Santos


Jônatam escreveu (alterei apenas a quantidade de linhas e colunas): 

require(raster)
## criando um raster 
r <- raster(ncol=319,nrow=319)
## atribuindo valores
r[] <- (1:ncell(r))*100
## linha, coluna, celula, valor
cbind(rowColFromCell(r,1:ncell(r)), 1:ncell(r),getValues(r))