Alison, da uma olhada se os códigos abaixo resolvem.
 
c1<-read.table("clima1")
c2 <-read.table("clima2")
 
for(k in 1:(ncol(c1)-3)){
    for(i in 1:nrow(c1)){
         for(j in 1:nrow(c2)){       
            if(c1[i,1]==c2[j,1] & c1[i,3]==c2[j,3] & is.na(c1[i,(k+3)])){
            c1[i,(k+3)]<-c2[j,(k+3)]
            break                                 
            }         
         }                     
     }
}
 
Att.
 
Tiago.