Eu tenho tres matrizes de tres empresas diferentes que estao dispostas da seguinte maneira:

Empresa AA

2004-07-01	700	200	7000	9400	1300	1500	6300	1800	4300	1300	4800	3900	2500	4300	4300
2004-07-02	NA	NA	68900	2800	4900	1200	12300	NA	NA	6500	NA	2900	8900	11600	26900
2004-07-06	800	4400	13700	10700	4700	4000	18700	9000	2100	2300	700	8900	10500	3900	8400
2004-07-07	NA	5600	1000	7300	5600	11200	3900	5800	5700	4500	34400	4100	500	15300	500
2004-07-08	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	154100	42400	16700	4700	5900
2004-07-09	NA	96900	1000	20400	18300	18000	22500	4100	6000	1000	1900	3700	600	2900	14600
2004-07-12	1400	100	4500	3000	1300	4200	6500	4500	1600	1600	5600	7600	1900	4600	8300
2004-07-13	NA	5600	3400	16900	9000	5700	16500	1800	21000	6300	5900	12500	51000	7500	13100
2004-07-14	NA	NA	NA	NA	NA	NA	164400	35000	41600	56600	27800	36500	55300	29900	13100
2004-07-15	NA	8100	2000	6100	4900	4500	2500	1400	5200	4100	5400	4000	13400	3200	11300
2004-07-16	282300	18100	30400	NA	15900	40800	9000	5300	5200	27600	7600	12100	8400	1000	8400
2004-07-19	28700	1700	2900	9500	400	2800	1100	6200	11500	17900	11100	16000	6800	5200	7100

Onde as datas vao de 2004-07-01 ate 2004-12-31(ao todo 128)  e os horarios vao de 09:31 ate 16:04( ao todo 397)

Eu quero calcular a correlacao entre essas tres empresas para cada hora fixa,ou seja, para a empresa AA eu calculo com ela mesma e com a AIG e a AXP para cada hora fixa, e por isso montei este programa:

A<-read.table(file="/home/usuario/Documentos/AAparaCalculodaMedia.txt", header=TRUE)
AA.<-as.matrix(AA)
##write.table(AA.,"AA..txt")
AXP<-read.table("/home/usuario/Documentos/AXPparaCalculodaMedia.txt",header=TRUE)
AXP.<-as.matrix(AXP)
##write.table(AXP.,"AXP..txt")
AIG<-read.table("/home/usuario/Documentos/AIGparaCalculodaMedia.txt",header=TRUE)
AIG.<-as.matrix(AIG)

Symbols<-c("AA.","AIG.","AXP.")
matrizAA<-matrix()
j<-1
for (j in 1:length(Symbols)){
  empresa<-paste0(Symbols)#,"[",j,"]")
 
  for (i in 2:397){
    empresa1<-as.numeric(paste0(empresa,"[,",i,"]"))
    head(empresa1)
    matrizAA[,i-1]<-cor(as.numeric(AA.[,i]), as.numeric(empresa1), use="pairwise.complete.obs")
   
  }
 
}

Mas da o erro: Erro em cor(as.numeric(AA.[, i]), as.numeric(empresa1), use = "pairwise.complete.obs") :
  incompatible dimensions
Além disso: Mensagens de aviso perdidas:
NAs introduzidos por coerção

Eu achava que usando o use = "pairwise.complete.obs" as correlacoes seriam calculadas apenas entre pares de numeros, mas acho que isso nao esta acontecendo.

Os tres arquivos vou deixar em dropbox.

Muito obrigada,

Michelle