20 Nov
2013
20 Nov
'13
15:27
Agradeço pela ajuda, mas....
Continua não dando certo.....!!!
Olha só a saída:
GBS = read.csv('tpg12-06-0006-dataset-s2', header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE)
Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(file, "rt") :
cannot open file 'tpg12-06-0006-dataset-s2': No such file or directory
> parse.GBS <- function(x) {
+ unique.x <- unique(x)
+ alleles <- setdiff(unique.x,union("H","N"))
+ y <- rep(0,length(x))
+ y[which(x==alleles[1])] <- -1
+ y[which(x==alleles[2])] <- 1
+ y[which(x=="N")] <- NA
+ return(y)
+ }
> X <- apply(GBS[,-c(1:3)],1,parse.GBS)
Error in apply(GBS[, -c(1:3)], 1, parse.GBS) : object 'GBS' not found
> dim(X)
[1] 12 4
> frac.missing <- apply(X,2,function(z){length(which(is.na(z)))/length(z)})
> GBS = read.csv('tpg12-06-0006-dataset-s2', header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE)
Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(file, "rt") :
cannot open file 'tpg12-06-0006-dataset-s2': No such file or directory
E agora, poderia me ajudar ????
Em Quarta-feira, 20 de Novembro de 2013 12:07, Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com> escreveu:
use apenas:
GBS = read.csv('tpg12-06-0006-dataset-s2', header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE)
a razao deixo como exercicio p vc...
b
Em 20 de novembro de 2013 11:37, Giselle Davi <giselle_davi@yahoo.com.br> escreveu:
Prezados,
>
>
>estou tendo problemas em rodar a análise conforme manual do R: Genomic prediction with rrBLUP 4
>Jeffrey Endelman,June 15, 2013 . Ao rodar a análise igual ao solicitado no manual a dim (X) resulta em NULL . Vcs poderiam me ajudar a encontrar a dimensão correta desta matriz ??
>
>
>Aqui está o local indicado, conforme manual, de onde está a planilha de dados: https://www.crops.org/publications/tpg/supplements/5/tpg12-06-0006-dataset-s2.gz
>
>
>OBS.: O nome do arquivo está diferente, pois na hora de baixar do mesmo site, o arquivo passa a ter o nome conforme indicado na rotina abaixo, porém é o mesmo arquivo com os mesmos dados.
>
>
>Abaixo segue a rotina:
>GBS <- read.csv("C:/GS_tutorial/DatasetS2_29SAWSN_gbs.csv", sep=";", dec=",",header=TRUE)
>parse.GBS <- function(x) {
> unique.x <- unique(x)
> alleles <- setdiff(unique.x,union("H","N"))
> y <- rep(0,length(x))
> y[which(x==alleles[1])] <- -1
> y[which(x==alleles[2])] <- 1
> y[which(x=="N")] <- NA
> return(y)
>}
>X <- apply(GBS[,-c(1:3)],1,parse.GBS)
>dim(X)
>frac.missing <- apply(X,2,function(z){length(which(is.na(z)))/length(z)})
>length(which(frac.missing<0.5))
>hist(frac.missing)
>
>
>
>
>
>Desde já agradeço. Att,
>
>
>Giselle
>
>
>
>
>
>
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