Senhores, boa noite!
Não sei se é a opção mais correta, mas para remover os 'boxes' o que faço é editar o CSS.
O HTML gerado pela compilação do .Rmd ou diretamente pela opção "Compile Notebook" do RStudio, inclui a folha de estilos no próprio arquivo .html. Sendo assim, basta abrir o arquivo .html em um editor de texto puro e alterar as tags
pre {
margin-top: 0;
max-width: 95%;
border: 1px solid #ccc;
white-space: pre-wrap;
}
e
code.r, code.cpp {
background-color: #F8F8F8;
}
Na tag pre é só mudar para border: 0px e na tag code.r é só mudar a cor (#FFFFFF para branco).