Senhores, boa noite!

Não sei se é a opção mais correta, mas para remover os 'boxes' o que faço é editar o CSS.

O HTML gerado pela compilação do .Rmd ou diretamente pela opção "Compile Notebook" do RStudio, inclui a folha de estilos no próprio arquivo .html. Sendo assim, basta abrir o arquivo .html em um editor de texto puro e alterar as tags 

pre {
   margin-top: 0;
   max-width: 95%;
   border: 1px solid #ccc;
   white-space: pre-wrap;
}

e

code.r, code.cpp {
   background-color: #F8F8F8;
}

Na tag pre é só mudar para border: 0px e na tag code.r é só mudar a cor (#FFFFFF para branco).



Éder Comunello <comunello.eder@gmail.com>
Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]