f = function(fname){

   year = substr(fname, 2, 5)

   day1 = as.integer(substr(fname, 6, 8))

   month = format(as.Date(strptime(paste(year, "01", "01", sep='-'), '%Y-%m-%d'))+day1-1, '%m')

   objOut = paste('m', substr(year, 3, 4), month, sep='')

   hdf4to5(fname)

   assign(objOut, satinGet(paste(fname, 5, sep=''), lats=c(10, -30), lons=c(-20, -50), itype='oceancolor'))

   assign(objOut, data.frame(extract(simplifySat(get(objOut), extent=1))))

   assign(objOut, cbind(get(objOut), mes=as.integer(month), year=as.integer(year)))

   return(get(objOut)

}

## vetor com o nome de todos os arquivos hdf4

fns = list.files(pattern='\\.hdf$')

resultados = lapply(fns, f)

Claramente, eu nao experimentei o codigo acima... e fica pra vc a tarefa de testar e corrigir algum parenteses que esteja faltando ou algum outro problema.

benilton

2012/3/30 Humberto Hazin <hghazin@hotmail.com>

Bom dia Benilton,

Obrigado por responder!

É o seguinte quando baixo a imagem ela já vem com esse número todo (S20040322004060) onde S=seawifs, em seguida vem o ano 2004032 2004060 significa o periodo da coleta do satélite ou seja 032-60 dias de 2004, ou seja mes 2. Assim para o outro arquivo S20040012004031 001-31 dias de 2004 ou seja mes 1

Esse arquivos estão em hdf4 porém preciso converter para hdf5 para poder trabalhar! Então criei uma função no R (hdf4to5) para para ler um executavel de um programa (H4H5TOOLS-2.2.1-win764-vs10static) em segundo plano para esse fim! Uso o pacote Satin para ler o arquivo convertido em hdf5 e fazer as extrações da área que quero ter esses dados "satinGet("S20040012004031.hdf5",lats=c(10, -30), lons=c(-20, -50), itype="oceancolor")" como preciso de quadrantes de 1x1 grau uso a função "simplifySat(m0401, extent=1)" em seguida criei uma função no R "extract(m0401)" para extrair tudo em coluna Lat, Long, Parametro...

hdf4to5("S20040012004031.hdf");m0401 <- satinGet("S20040012004031.hdf5",lats=c(10, -30), lons=c(-20, -50), itype="oceancolor")
 m0401<-(simplifySat(m0401, extent=1));m0401<-extract(m0401);m0401<-data.frame(m0401);m0401$mes<-1; m0401$year<-2004

 hdf4to5("S20040322004060.hdf");m0402 <- satinGet("S20040322004060.hdf5",lats=c(10, -30), lons=c(-20, -50), itype="oceancolor")
 m0402<-(simplifySat(m0402, extent=1));m0402<-extract(m0402);m0402<-data.frame(m0402);m0402$mes<-2; m0402$year<-2004

Eu não sei se ficou mais claro agora!

Humberto


Em 3/29/2012 9:25 PM, Benilton Carvalho escreveu:

Sim, alguem pode te ajudar... mas depende muito de vc ajudar o alguem primeiro.... Qual o truque para sair de S20040322004060 para "mes 2"? (minha bola de cristal diz que o ano corresponde aos 4 primeiros digitos apos S, mas isso eh soh uma hipotese, jah que vc nao disse explicitamente)

b

2012/3/29 Humberto Hazin <hghazin@hotmail.com>

Prezados,

Venho mais uma vez pedir ajuda a voces para resolver um problema!

baixei uma série de images de satelite, por ano e mes (2004 a 2010) totalizando 163 arquivos ate ai tudo bem! Por termos de comodidade gostaria de criar um loop para nao ter que digitar essas 163 linhas ou mais para extrair latitude, longitude e SST. conforme o codigo abaixo:

hdf4to5("S20040012004031.hdf");m0401 <- satinGet("S20040012004031.hdf5",lats=c(10, -30), lons=c(-20, -50), itype="oceancolor")
 m0401<-(simplifySat(m0401, extent=1));m0401<-extract(m0401);m0401<-data.frame(m0401);m0401$mes<-1; m0401$year<-2004

 hdf4to5("S20040322004060.hdf");m0402 <- satinGet("S20040322004060.hdf5",lats=c(10, -30), lons=c(-20, -50), itype="oceancolor")
 m0402<-(simplifySat(m0402, extent=1));m0402<-extract(m0402);m0402<-data.frame(m0402);m0402$mes<-2; m0402$year<-2004

Alguem poderia me ajudar!

Nao coloquei o arquivo pois é muito grande quase 36gigas porém caso precisem posso colocar o parte do codigo para baixarem um ou mais arquivos e testarem

Humberto

_______________________________________________
R-br mailing list
R-br@listas.c3sl.ufpr.br
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

_______________________________________________
R-br mailing list
R-br@listas.c3sl.ufpr.br
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.