Bom dia Hélio,
Estou rodando a rotina novamente no R 3.1.2 e 3.0.2 em windows e não estou conseguindo replicar o seu erro,
Abraço,
-- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) [hidden email] [hidden email] Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================
Em 15/09/2015 08:57, Hélio Gallo Rocha escreveu:
Alexandre, bom dia.
Não consegui identificar essa msg de erro, que ocorre após executar a ultima linha:
x_hm <- heatmap(cr, Rowv=FALSE, Colv=FALSE, dendrogram="none",col=paleta,trace="none", cellnote=xval, notecol="black", notecex=0.8)
msg de erro:Error in hclustfun(distfun(x)) :NA/NaN/Inf em chamada de função externa (argumento 11)
OBS: retirei o ".2" após a função heatmap, poiis com esse dois, não rodava.
abraço
Em 14 de setembro de 2015 21:15, ASANTOS [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Agora sim Hélio,
Agora com correlação direta e inversa e com cores, segue CRM:
#Pacote
require(gplots)
#Variáveis artificiais
dados<-runif(1000)
dados<-(dados*100)+c(1:500, 500:1)
dados<-matrix(dados,nrow=100,ncol=10)
dados<-as.data.frame(dados)
names(dados)<-c("var1", "var2","var3","var4","var5","var6","var7","var8","var9","var10")
#Função by Walmes
pn <- function(X){crossprod(!is.na(X))}
cor.prob <- function(X){
pair.SampSize <- pn(X)
above1 <- row(pair.SampSize) < col(pair.SampSize)
pair.df <- pair.SampSize[above1] - 2
R <- cor(X, use="pair")
above2 <- row(R) < col(R)
r2 <- R[above2]^2
Fstat <- (r2 * pair.df)/(1 - r2)
R[above2] <- 1 - pf(Fstat, 1, pair.df)
R
}
correla <- round(cor.prob(dados),4)
#Função by Helio
sig<-0.05## Significância pos
rP<-0.50 ## Correlação positiva
rN<--0.50## Correlação negativa
cor.probC <- function(x){
results <- x
ifelse(row(x)< col(x),ifelse(x<=sig,NA,x),ifelse(x<=rP&x>=rN,NA,x))
}
cr <- cor.probC(correla)
colnames(cr) <- names(dados)
rownames(cr) <- names(dados)
cr
#
#Plota a matriz
paleta<- colorRampPalette(c(rgb(0.96,0.96,1), rgb(0.1,0.1,0.9)), space = "rgb")
xval <- formatC(cr, format="f", digits=2)
x_hm <- heatmap.2(cr, Rowv=FALSE, Colv=FALSE, dendrogram="none",col=paleta,
trace="none", cellnote=xval, notecol="black", notecex=0.8)
#
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Em 02/09/2015 22:29, Hélio Gallo Rocha escreveu:
Alexandre. Estou num celular, mas acho que incluindo o caracter & no campo relativo a correlação, vai funcionar
Em 02/09/2015 22:36, "ASANTOS [via R-br]" <[hidden email]> escreveu:
Fone: <a moz-do-not-send="true" href=<a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="tel:%28%2B55%29%2065%208132-8112">"tel:%28%2B55%29%2065%208132-8112" value="<a moz-do-not-send="true" href="tel:%2B556581328112" value="+556581328112" target="_blank">+556581328112" target="_blank"><a moz-do-not-send="true" href="tel:%28%2B55%29%2065%208132-8112" value="+556581328112" target="_blank">(+55) 65 8132-8112 (TIM) <a moz-do-not-send="true" href=<a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="tel:%28%2B55%29%2065%209686-6970">"tel:%28%2B55%29%2065%209686-6970" value="<a moz-do-not-send="true" href="tel:%2B556596866970" value="+556596866970" target="_blank">+556596866970" target="_blank"><a moz-do-not-send="true" href="tel:%28%2B55%29%2065%209686-6970" value="+556596866970" target="_blank">(+55) 65 9686-6970 (VIVO)Boa noite Helio,
O problema é que a função some também com variáveis
significantes mas inversamente correlacionadas, se altero
ifelse(x>=0.08,NA,x), tenho o problema inverso. Veja as alterações que
fiz, também criei uma estrutura de correlação um pouco melhor nos dados
artificiais. Outro problema para colorir estão sendo os NA's, mas acho
que estamos chegando lá, segue o CRM:
#Variáveis artificiais
dados<-runif(1000)
dados<-(dados*100)+c(1:500, 500:1)
dados<-matrix(dados,nrow=100,ncol=10)
dados<-as.data.frame(dados)
names(dados)<-c("var1",
"var2","var3","var4","var5","var6","var7","var8","var9","var10")
#Função by Walmes
pn <- function(X){crossprod(!is.na(X))}
cor.prob <- function(X){
pair.SampSize <- pn(X)
above1 <- row(pair.SampSize) < col(pair.SampSize)
pair.df <- pair.SampSize[above1] - 2
R <- cor(X, use="pair")
above2 <- row(R) < col(R)
r2 <- R[above2]^2
Fstat <- (r2 * pair.df)/(1 - r2)
R[above2] <- 1 - pf(Fstat, 1, pair.df)
R
}
correla <- round(cor.prob(dados),4)
#Função by Helio
sig<-0.05## Significância
r<-0.30 ## Correlação
cor.probC <- function(x){
results <- x
ifelse(row(x)< col(x),ifelse(x<=sig,NA,x),ifelse(x<=r,NA,x))
}
cr <- cor.probC(correla)
colnames(cr) <- names(dados)
rownames(cr) <- names(dados)
cr
#
Abraço,
--
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Alexandre dos Santos
Proteção Florestal
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Campus Cáceres
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Em 02/09/2015 12:09, Hélio Gallo Rocha escreveu:
> var1<-sort(rnorm(30,1), decreasing = TRUE)
> var2<-rnorm(30,10)
> var3<-sort(rnorm(30,22))
> var4<-sort(rnorm(30,10))
> var5<-sort(rnorm(30,0.5), decreasing = TRUE)
> var6<-sort(rnorm(30,25), decreasing = TRUE)
> var7<-rnorm(30,10)
> dados<-cbind(var1,var2,var3,var4,var5,var6,var7)
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