Leonard,

Eu não sabia que tinha como colocar essas restrições. Se você consegue fazer no TeX então conseguirá via Rmd, já que o arquivo passa por LaTeX antes de virar PDF. Então é só dar um jeito de fazer aparecer o que você precisa no preambulo. As opções seriam:

1) faça o seu próprio template LaTeX e inclua nele o código do qual precisa para fazer as restrições: "template: " (http://rmarkdown.rstudio.com/pdf_document_format.html#includes)
2) faça um pequeno preambulo e carregue ele via opções do YAML para ser incluído ao final do preambulo do template default: "includes: > in_header:" (mesmo link do anterior).
3) use a opção "header-includes: ": exemplo em https://tex.stackexchange.com/questions/171711/how-to-include-latex-package-in-r-markdown.

À disposição.
Walmes.