Antes de mais nada, quero cumprimentá-lo pela iniciativa, e propor alguns pensamentos em "voz alta".
A obtenção do número de bibliotecas (até certo ponto) pode ser aferido pela disponibilidade delas a partir de cada versão ("incidência" em termos epidemiológicos) e sua continuidade ("prevalência", idem) nas versões subsequentes até que elas sejam indicadas com deprecadas, etc.
Contudo, essa estatística pode ser ilusória, pois há casos de pacotes que há sugestão de migração para novas implementações porém as antigas ficam, alguns pacotes são publicados atrelados a artigos ou teses mas não "decolam" na comunidade de usuários, etc. Uma forma de verificação cruzada seria ver as publicações de código exemplo no n sites de "divulgação".
Ainda assim, pode haver "inflação" devido a mais de um pacote propor-se a fazer mais ou menos a mesma coisa (que pode ser vendida como algo Bom para o R, mas deve ser considerado nessas estatísticas).
meus 0,0199999...
[] e HTH
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Cesar Rabak