André,
Parabéns por não se conformar com o qui-quadrado. Há um bom tempo o valor p não é suficiente numa publicação biomédica, e você está certo em procurar extrair mais informação de seus dados. Do ponto de vista estatístico, a razão de chances (odds ratio) se ajusta melhor para dados dessa natureza, mas a razão de prevalência (razão de proporções) e a diferença de proporções podem ser mais interpretáveis.
O pacote PropCIs e, provavelmente, um ou mais pacotes voltados para a epidemiologia incluem funções para tudo isso; além do prop.diff(), que já vem de fábrica. (Alternativamente, você poderia transformar essa tabela num data frame com duas variáveis dicotômicas (crytposporidium e giardia), e gerar as medidas de associação através de regressão linear generalizada (função glm()).)
Mas, pelo que entendi, sua primeira dificuldade é conceitual. Se os livros de estatística ao seu alcance não o ajudarem, recomendo abrir um livro de epidemiologia, especialmente nos capítulos sobre medidas de ocorrência (aparentemente, prevalência) e as medidas de associação cabíveis.
Dependendo dos objetivos de sua investigação, você pode estar interessado em uma medida de associação entre criptospídeos e giárdias ajustada para os fatores citados (período climático, etc.). Para isso, vai precisar ler sobre análise estratificada (ou, alternativamente, regressão múltipla). Alguns livros de epidemiologia tratam bem o suficiente disso, mas acho ser mais provável que você encontre uma boa explicação num livro de estatística.
Espero ter ajudado!
Att,
Em Ter 3 nov. 2015, às 16:19, André Lucas de Oliveira Moreira escreveu:
Prezados membros da lista R-br,
Solicito a ajuda de vocês para resolver o seguinte problema:
Tenho duas espécies de parasitas e alguns fatores que podem estar associados a incidência deles, como o período climático e a própria presença de um dos parasitas. Então executei o qui-quadrado para os seguintes dados:
| Giardia negativa
| Giardia positiva
|
Cryptosporidium negativo
| 79,9% (250/313)
| 4,8% (15/313)
|
Cryptosporidium positivo
| 10,9% (34/313)
| 4,5% (14/313)
|
O resultado do chi-quadrado é siginificativo, mas como interpretar/extrair mais informações além do fato de os fatores estarem associados? O teste fala que há associação, mas apenas 4,5% das amostras continham os dois parasitas ao mesmo tempo.
Pesquisei bastante sobre isso e o que achei foi algo muito sucinto sobre odds ratio, mas não entendi, nem saberia fazer no R.
Agradecido,
André
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MSc. André Lucas de O. Moreira
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