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máximo e mínimo de uma matriz de distancia.
by Rodrigo Lima 11 Set '17

11 Set '17

Prezados blogueiros Bom diaz Estou com uma dúvida básica no R e preciso da ajuda de vocês. Eu tenho uma matriz de distância genética entre centenas de indivíduos (parte dela abaixo) e quero identificar a combinação linha x coluna com máximo valor e a combinação linha x coluna com mínimo valor eliminando a diagonal, pois essa tem valor zero. Vamos imaginar que o mínimo é 5.075. Logo, quero saber esse valor e posição dele, por por exemplo. Os nomes da coluna e diagonal são de acesso de germoplasma. 4 5 5.075 1 2 3 4 5 1 0 86.441 63.108 120.692 21.903 2 86.441 0 7.663 39.936 39.71 3 63.108 7.663 0 30.014 32.262 4 120.692 39.936 30.014 0 97.077 5 86.463 5.358 5.075 40.632 41.155 6 58.086 22.672 5.571 20.989 43.635 7 160.623 84.723 99.275 59.463 121.871 8 149.096 78.921 107.048 104.64 94.213 Grato. Rodrigo. -- Prof. Rodrigo Oliveira de Lima Federal University of Viçosa Department of Plant Sciences Viçosa, MG, Brazil, 36570-900, Phone: +55(31)3899-2781/3247 Fax: +55(31)3899-2614 Email: rodrigoodelima(a)ufv.br CV: http://lattes.cnpq.br/2761299616351806

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Modelo Misto - plot (augPred()) mensagem de erro
by Fernando Souza 09 Set '17

09 Set '17

Caros colegas ao rodar a função augPred {nlme} recebo a seguinte mensagem: "Error in tapply(as.character(object[[nm]]), groups, FUN[[dClass]]) : arguments must have same length" Meus dados possuem diferentes números de individuos por tratamento e há alguns NA's. Acredito que é por isso que nao funciona. Há uma forma de contornar essa questão #install.packages("tidyr") #install.packages("nlme") library(tidyr) #pacote para organizar seu banco de dados library(nlme) DADOS <- read.csv(" https://www.dropbox.com/s/b4cckybgrcg86me/galinhas.csv?raw=1",head = TRUE) colnames(DADOS) <- c("0","1","2","3","4","5","6","TRAT") DADOS <- DADOS %>% gather('0','1','2','3','4','5','6',key ="SEMANA",value = "PESO", -TRAT) ID <-rep(seq(1,370), times=7) DADOS<-cbind(ID,DADOS) GALINHA <- groupedData(PESO~SEMANA |ID,data = DADOS) #------------------------------------------------------------------------------------------------------- install.packages("nlme") library(nlme) modelo1.list <- nlsList(PESO ~ a * exp(-b * exp( -c * SEMANA)),start = c(a = 4.10,b = 4.53,c = 0.37 ),na.action=na.omit,data =GALINHA) modelo.nlme.0<-nlme(modelo1.list) plot(augPred(modelo.nlme.0)) o plot acima retorna a seguinte mensagem de erro, que é devido a função augPred " Error in tapply(as.character(object[[nm]]), groups, FUN[[dClass]]) : arguments must have same length" -- ========================================= Fernando Souza Zootecnista, DSc. Produção e Alimentação Animal Celular: (31)99796-8781 (Vivo) E-mail:nandodesouza@gmail.com <e-mail%3Anandodesouza(a)gmail.com> Lattes: http://lattes.cnpq.br/6519538815038307 Blog: https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ ==========================================

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R com rpi3 server linux
by Leonardo Ferrão 07 Set '17

07 Set '17

Boa tarde listeiros, Estou executando a seguinte rotina para obter os parâmetros de weibull num dado intervalo de velocidades de vento.Fiz um servidor linux numa placa raspberry pi3 e estou usando MySQL, R, PHP e hospedando um site onde retorno os valores calculados. A questão é que demora demais para calcular, quase um minuto e meio.No computador é menos de 10s. Entendo que existe questões de memória e processamento.Hoje o intervalo de busca no banco de dados é fixo, futuramente vai ser variável, logo, a cada busca demorará 1:30 min para ter a resposta.A questão é, existe forma de agilizar esse cálculo? Pensei até em criar um server exclusivo para R, mas não encontrei muito material a respeito. library(DBI, quietly = TRUE)library(fitdistrplus, quietly = TRUE)library(RMySQL, quietly = TRUE) mydb = dbConnect(MySQL(), user=.........., password=......., dbname=......., host=...................)rs = dbSendQuery(mydb, "SELECT vento_12m FROM weibull_points WHERE vento_12m >=0 AND vento_12m < 15.75 ORDER BY datetime DESC")data = fetch(rs, n=-1) fw = fitdistr(as.numeric(data$vento_12m), densfun = "weibull", lower = 0)forma= fw$estimate[1]escala = fw$estimate[2] query <- paste0("INSERT INTO weibull_curva_12m (fator_forma_k, fator_escala_c) VALUES ('",fw$estimate[1],"','", fw$estimate[2],"')")grava = dbSendQuery(mydb, query)dev.off() --Leonardo de Oliveira FerrãoEletrotécnico - CREA/RS 198702Administrador - CRA/RS 049456 Engenheiro de Controle e AutomaçãoUniversidade Federal de Santa Maria - UFSM Skype: leonardo.ferraoCelular (55) 99715-0343Residencial (55) 3221-6743

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Como ver o que uma função faz
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 03 Set '17

03 Set '17

Amigos de R, Gostaria de poder ver a sequencia de operações que uma função faz. Na maioria das funções, basta digitar o nome da função no console, por exemplo > trimws function (x, which = c("both", "left", "right")) { which <- match.arg(which) mysub <- function(re, x) sub(re, "", x, perl = TRUE) if (which == "left") return(mysub("^[ \t\r\n]+", x)) if (which == "right") return(mysub("[ \t\r\n]+$", x)) mysub("[ \t\r\n]+$", mysub("^[ \t\r\n]+", x)) } <bytecode: 0x0000000002fdbd78> <environment: namespace:base> No entanto, algumas funções não seguem essa regra e eu não sei como fazer. Por exemplo library(Hmisc) > Function function (object, ...) UseMethod("Function") <environment: namespace:Hmisc> Alguma dica pra conseguir enxergar as operações dessa função? Abraço forte, Pedro Brasil

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Barplot com dois eixos
by Diogo Jerônimo 02 Set '17

02 Set '17

Prezados, bom dia!!! Estou fazendo um barplot, cujos dados estão estruturados no R em forma de matriz como no exemplo abaixo: dados=data.frame(y1=c(110,120,115,130,125),y2=c(102,105,104,103,107)) dadosest=as.matrix(dados) barplot(dadosest,ylim=c(0,150),beside=TRUE) Eu gostaria de criar um novo eixo (à direita), com os valores correspondentes a y1 e y2 plotados como "bolinhas", e se possível com uma reta unindo essas "bolinhas"... Alguém teria sugestão de como se fazer isso? Eu empreguei a função par(new=T), mas no meu teste, o novo gráfico ficou muito desproporcional. Se alguém souber e puder ajudar... agradecido desde já!!! Diogo JerônimoBacharel em Ciências Estatísticas - ENCE/IBGEMestre em Metrologia - PUC-Rio/PósMQICONRE: 8514 - SÉRIE ACel:(21)99680-8535Email: diogojose21@yahoo.com.brhttp://lattes.cnpq.br/8996149312896520

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 80, assunto 18
by Carolina Pena 30 Ago '17

30 Ago '17

Quando eu peço para compilar no R-Studio (knit) eu sempre seleciono "UTF8". Outra coisa que notei é que se eu comentar a linha: # kable_styling(latex_options = c("repeat_header")) o código funciona com o caption com acento. Porém ele não repete o cabeçalho da tabela na próxima página. Em 30 de agosto de 2017 12:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. R Markdown - uso de acento no caption do kable (Carolina Pena) > 2. Re: R Markdown - uso de acento no caption do kable > (Elias T. Krainski) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Wed, 30 Aug 2017 10:15:14 -0300 > From: Carolina Pena <carolinasend(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] R Markdown - uso de acento no caption do kable > Message-ID: > <CANwSsyBguzrhi4HJHXEoSP4g9p_gnTF2yrTAwH7NQyZjgiyavw@mail. > gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Bom dia, > > Estou trabalhando com o R Markdown e preciso fazer uma tabela longa > parecida com o exemplo abaixo. > O problema é que aparentemente o caption = "Número de registros" está > gerando um erro. Ao retirar o acento, ou seja, escrever caption = "Numero > de registros" o código funciona. Porém não gostaria de retirar os acentos. > Alguém já teve esse tipo de problema? > > > ```{r, echo=FALSE, result = 'asis'} > library(kableExtra) > library(knitr) > options(knitr.table.format = "latex") > > long_dt <- rbind(mtcars, mtcars) > kable(long_dt, longtable = T, booktabs = T, caption = "Número de > registros") %>% > add_header_above(c(" ", "Group 1" = 5, "Group 2" = 6)) %>% > kable_styling(latex_options = c("repeat_header")) > > ``` > > No cabeçalho o R Markdown incluí os seguintes pacotes do Latex, mas o erro > se manteve. > > --- > output: > pdf_document: > keep_tex: true > fig_caption: true > latex_engine: pdflatex > header-includes: > - \usepackage[brazilian]{babel} # idioma > - \usepackage[utf8]{inputenc} # acento > -- > > Muito obrigada, > > Carolina Pena > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ > 20170830/b2a9153e/attachment-0001.html> > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Wed, 30 Aug 2017 10:33:12 -0300 > From: "Elias T. Krainski" <eliaskrainski(a)yahoo.com.br> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] R Markdown - uso de acento no caption do kable > Message-ID: <308aa375-a3d5-9a75-9e5e-756a218b474f(a)yahoo.com.br> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed" > > Quando vc coloca > > \usepackage[utf8]{inputenc} > > o que você colocar entre [] deve ser o mesmo que o locale do seu sistema. > > Elias > > > On 30/08/2017 10:15, Carolina Pena via R-br wrote: > > Bom dia, > > > > Estou trabalhando com o R Markdown e preciso fazer uma tabela longa > > parecida com o exemplo abaixo. > > O problema é que aparentemente o caption = "Número de registros" está > > gerando um erro. Ao retirar o acento, ou seja, escrever caption = > > "Numero de registros" o código funciona. Porém não gostaria de retirar > > os acentos. Alguém já teve esse tipo de problema? > > > > > > ```{r, echo=FALSE, result = 'asis'} > > library(kableExtra) > > library(knitr) > > options(knitr.table.format = "latex") > > > > long_dt <- rbind(mtcars, mtcars) > > kable(long_dt, longtable = T, booktabs = T, caption = "Número de > > registros") %>% > > add_header_above(c(" ", "Group 1" = 5, "Group 2" = 6)) %>% > > kable_styling(latex_options = c("repeat_header")) > > > > ``` > > > > No cabeçalho o R Markdown incluí os seguintes pacotes do Latex, mas o > > erro se manteve. > > > > --- > > output: > > pdf_document: > > keep_tex: true > > fig_caption: true > > latex_engine: pdflatex > > header-includes: > > - \usepackage[brazilian]{babel} # idioma > > - \usepackage[utf8]{inputenc} # acento > > -- > > > > Muito obrigada, > > > > Carolina Pena > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a > c�digo m�nimo reproduz�vel. > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ > 20170830/9c234a9e/attachment-0001.html> > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 80, assunto 18 > ***************************************** > -- Carolina Pena Diretoria de Processos Seletivos Pró-Reitoria de Graduação Setor de Estatística Contato: (31) 3409-4543 Contato Cel: (31) 8456-7052

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R Markdown - uso de acento no caption do kable
by Carolina Pena 30 Ago '17

30 Ago '17

Bom dia, Estou trabalhando com o R Markdown e preciso fazer uma tabela longa parecida com o exemplo abaixo. O problema é que aparentemente o caption = "Número de registros" está gerando um erro. Ao retirar o acento, ou seja, escrever caption = "Numero de registros" o código funciona. Porém não gostaria de retirar os acentos. Alguém já teve esse tipo de problema? ```{r, echo=FALSE, result = 'asis'} library(kableExtra) library(knitr) options(knitr.table.format = "latex") long_dt <- rbind(mtcars, mtcars) kable(long_dt, longtable = T, booktabs = T, caption = "Número de registros") %>% add_header_above(c(" ", "Group 1" = 5, "Group 2" = 6)) %>% kable_styling(latex_options = c("repeat_header")) ``` No cabeçalho o R Markdown incluí os seguintes pacotes do Latex, mas o erro se manteve. --- output: pdf_document: keep_tex: true fig_caption: true latex_engine: pdflatex header-includes: - \usepackage[brazilian]{babel} # idioma - \usepackage[utf8]{inputenc} # acento -- Muito obrigada, Carolina Pena

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não paramétrica - anova de friedman
by Ana Maria Nievas 28 Ago '17

28 Ago '17

Olá pessoal! Preciso fazer a anova de friedman, porém estou com dificuldade em como deve ser a estrutura do dataframe. Podem me ajudar? Obrigada!

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Re: [R-br] não parametrica - kruskal e dunn
by Emerson Cotta Bodevan 26 Ago '17

26 Ago '17

Prezados, Aproveitando... o teste kruskal é o equivalente não paramétrico da ANOVA one-way. E qual seria o equivalente não paramétrico do ANOVA two-way? E o teste post-hoc, no caso two-way, seria o teste Dunn? Obrigado, Em 25 de ago de 2017 11:10 PM, "Graciliano Galdino via R-br" < r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: Olá Cristina, Eu uso o comando kruskal.test (de pacote básico do R, o stats) e o teste de Dunn do pacote PMCMR (o comando é posthoc.kruskal.dunn.test). É funcional e tem um output bem mais agradável de ver que o "listão" do TukeyHSD da ANOVA. 2017-08-25 9:30 GMT-03:00 Christina Grupioni via R-br < r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br>: > > Bom dia, listeir@s! > > Estou com um conjunto de dados cujos resíduos não tem distribuição normal. > Sendo assim, necessito fazer analise não-paramétrica. Kruskal-wallis, > seguida do teste de Dunn. Alguém pode me orientar em como fazer essas > análises no R, por gentileza? > Desde já, agradeço, > -- > Na escuta, > > > CHRISTINA GRUPIONI > Engenheira Agrícola e Ambiental- CREA BA: 84142 > *OCA (Organização Cooperativa de Agroecologia**)* > *Tecnologias Ecológicas e Sociais* > (31) 8863-0005, (31) 3892-2236 > *skype:chrisgrupioni@gmail.com <chrisgrupioni(a)gmail.com>* > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -- Graciliano Galdino A. dos Santos Biólogo Doutorando em Ciências Florestais - PPGCF Universidade Federal Rural da Amazônia - UFRA _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

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não parametrica - kruskal e dunn
by Christina Grupioni 26 Ago '17

26 Ago '17

Bom dia, listeir@s! Estou com um conjunto de dados cujos resíduos não tem distribuição normal. Sendo assim, necessito fazer analise não-paramétrica. Kruskal-wallis, seguida do teste de Dunn. Alguém pode me orientar em como fazer essas análises no R, por gentileza? Desde já, agradeço, -- Na escuta, CHRISTINA GRUPIONI Engenheira Agrícola e Ambiental- CREA BA: 84142 *OCA (Organização Cooperativa de Agroecologia**)* *Tecnologias Ecológicas e Sociais* (31) 8863-0005, (31) 3892-2236 *skype:chrisgrupioni@gmail.com <chrisgrupioni(a)gmail.com>*

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