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Carregar um pacote executando R online
by Delcio Rudinei Bortolanza 26 Jan '18

26 Jan '18

Como carregar um pacote executando um código R online? Já tentei require() e também library() e em vários sites sem sucesso. Att., Delcio Bortolanza.

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Re: [R-br] previsão utilizando o lasso
by sznelwar＠uol.com.br 26 Jan '18

26 Jan '18

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Inserir espaço após título de um eixo no gráfico
by Yury Duarte 25 Jan '18

25 Jan '18

Bom dia colegas listeiros! Estou encontrando um pequeno problema e gostaria de uma ajuda. Ao executar o comando para gerar gráficos de boxplot, o titulo do eixo y fica muito colado aos valores desse eixo. png(paste0(cidade[city], '.png'), width = 1600, height = 900, res = 196) par(mar=c(5,6,0.25,2)) par(cex=.8) b1 = boxplot(a.box,remove.outlier=NA, las = 1, xlab = 'Semeadura', ylab = expression(Produtividade~atingível~(kg~ha^-1)), ylim = c(0,16000),cex=0.5, pch=16) grid.text(paste0(titulos[city]),x=.5, y=.9) dev.off() Dessa forma, pensei em inserir uma linha em branco entre o título do eixo e o eixo y usando o comando \n png(paste0(cidade[city], '.png'), width = 1600, height = 900, res = 196) par(mar=c(5,6,0.25,2)) par(cex=.8) b1 = boxplot(a.box,remove.outlier=NA, las = 1, xlab = 'Semeadura', ylab = expression('Produtividade atingível (kg ha^-1)\n'), ylim = c(0,16000),cex=0.5, pch=16) grid.text(paste0(titulos[city]),x=.5, y=.9) dev.off() Usar esse comando inseriu a linha em branco mas assim fico com problemas em ajustar a parte sobrescrita da legenda. Dessa forma, gostaria de uma ajuda para executar um comando que me desse esse espaço entre a legenda e o eixo y sem prejudicar o sobrescrito da legenda. Desde já, agradeço pela colaboração de todos! Yury Duarte Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP

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Re: [R-br] Duvidas acerca de teste estatistico.
by sznelwar＠uol.com.br 24 Jan '18

24 Jan '18

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Duvidas acerca de teste estatistico.
by Vinicius Reis 24 Jan '18

24 Jan '18

Boa tarde, Encontrei esta lista de discussões em um website sobre estatística, o que na verdade estava procurando informacoes sobre problemas que venho tenho com testes estatísticos. Minha área é Ciências Biológicas, especificamente Microbiologia. Trabalho com um modelo in vitro de células que são deficientes para um determinado gene e para realizar meus ensaios uso o respectivo tipo selvagem. Ou seja, tenho duas linhagens celulares uma wild-type e uma knockout. Assim sendo, o meu trabalho consiste em analisar se a delecao do dado gene altera a infeccao bacteriana. Nesse caso, fiz o delineamento experimental e pretendo analisar diferentes aspectos da infeccao bacteriana como por exemplo adesão, internalizacao e replicacao. Para fins de analise estatística, os experimentos foram realizados em triplicata e tres experimentos independente. Ao final da coleta de dados, essas amostras foram quantificadas e transformadas em log e assim, apliquei o teste de Mann-Whitney para detectar diferenças entre os grupos. Grosseiramente, em alguns experimentos tenho uma diferença de aproximadamente 0.5 log do grupo wild-type para o grupo knockout. Isso significa que a presença de tal gene influencia a infeccao bacteriana. Entretanto, essa diferença parece ser tao pequena (pra nao dizer miserável) que fica até difícil fazer alguma inferência se essa diferença reflete relevância biológica. Entretanto, o teste de Mann-Whitney demonstrou que essa diferenca é extremamente significante (p=0.0001) ou seja o teste estatístico mostra uma extrema significância. Em ambos os grupos, tenho 9 replicatas (3 experimentos independentes com 3 replicatas cada). Gostaria muito de obter sugestões sobre como proceder nesse caso dos testes estatísticos pois da forma como é mostrado, parece bastante estranho: um gráfico mostrando absolutamente pouca ou nenhuma diferença e um teste estatístico mostrando extrema significância. Alguém pode orientar-me com este tipo de analise? Abaixo, seguem algumas informcoes sobre o teste. Agradeco imensamente qualquer ajuda. P.S.; desculpe a falta de acentuação mas no momento estou no exterior e o teclado não possui tal função. Column A MEF-WT vs.vs, Column B MEF-PPR-/- Mann Whitney test P value 0,0008 Exact or approximate P value? Exact P value summary*** Significantly different? (P < 0.05)Yes One- or two-tailed P value? Two-tailed Sum of ranks in column A,B121,0 , 50,00 Mann-Whitney U 5,000 Difference between medians Median of column A 6,176 Median of column B 5,964 Difference: Actual 0,2125 Difference: Hodges-Lehmann0,2266 96.01% CI of difference0,1040 to 0,3490 Exact or approximate CI? Exact MEF-WT vs MEF-PPR-/- Number of values9 9; Minimum 5,964 5,737; 25% Percentile 6,090 5,835; Median 6,176 5,964; 75% Percentile 6,246 6,035; Maximum 6,313 6,086; Mean 6,158 5,933 Std. Deviation 0,1092 0,1169; Std. Error of Mean 0,03639 0,03898; Lower 95% CI 6,074 5,843; Upper 95% CI 6,242 6,023; Mean ranks13,44 5,556 <https://www.avast.com/sig-email?utm_medium=email&utm_source=link&utm_campai…> Virenfrei. www.avast.com <https://www.avast.com/sig-email?utm_medium=email&utm_source=link&utm_campai…> <#DAB4FAD8-2DD7-40BB-A1B8-4E2AA1F9FDF2>

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Re: [R-br] Acesso à lista
by marcelejc.marinho 23 Jan '18

23 Jan '18

Está tudo certo, Fernando. Obrigada. Enviado do meu smartphone Samsung Galaxy. -------- Mensagem original --------De: Fernando Mayer <fernandomayer(a)gmail.com> Data: 23/01/18 18:40 (GMT-03:00) Para: Marcele de Jesus Correa <marcelejc.marinho(a)gmail.com>, "a lista Brasileira oficial de discussão do programa R." <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Assunto: Re: [R-br] Acesso à lista Marcele, o que exatamente não consegue acessar? O seu email foi enviado para a lista. Para se inscrever cadastre seu email em: https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br (se der aviso de conexão não privada pode prosseguir no seu navegador). O histórico da lista pode ser acessado via nabble: http://r-br.2285057.n4.nabble.com/ --- Fernando de Pol MayerLaboratório de Estatística e Geoinformação - LEGDepartamento de Estatística - DESTUniversidade Federal do Paraná - UFPRURL: http://leg.ufpr.br/~fernandomayere-mail: fernando.mayer [@] {gmail.com, ufpr.br} On Fri, Jan 19, 2018 at 5:52 PM, Marcele de Jesus Correa via R-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: Olá, Não consigo acessar a lista de discussão. Marcele Correa.GeographerMaster Student in Climate SciencesResearch Line - Bioclimatology and Climatic ChangesAdvisor - Kellen Carla LimaFederal University of Rio Grande do Norte - UFRN / Brazil. _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

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Acesso à lista
by Marcele de Jesus Correa 23 Jan '18

23 Jan '18

Olá, Não consigo acessar a lista de discussão. Marcele Correa. Geographer Master Student in Climate Sciences Research Line - Bioclimatology and C limatic C hanges Advisor - Kellen Carla Lima Federal University of Rio Grande do Norte - UFRN / Brazil.

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Criar coluna de identificação de observações
by Fernando Souza 23 Jan '18

23 Jan '18

Caros amigos Como faço para criar uma coluna ID no data frame abaixo que identifique as observações de um indivíduos com um único numero. Cada linha representa uma observação em um indíviduo que recebeu um tratamento. Cada indivíduo teve 6 observações (SEMANA). Desejo identificar as observações que pertencem a cada indivíduo, sequencialmente, indiferente do tratamento por exemplo as seis observações do indivíduo 1, serão identificadas na coluna ID como 1; as seis do indivíduo 2 como 2 ...... C <- expand.grid(PESO=rnorm(10),SEMANA=1:6,TRAT=c("a","b","c")) -- ========================================= Fernando Souza Zootecnista, DSc. Produção e Alimentação Animal Celular: (31)99796-8781 (Vivo) E-mail:nandodesouza@gmail.com <e-mail%3Anandodesouza(a)gmail.com> Lattes: http://lattes.cnpq.br/6519538815038307 Blog: https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ ==========================================

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Ordernar eixo y (indivíduos) em gráfico xyplot Lattice
by Fernando Souza 23 Jan '18

23 Jan '18

Caros amigos, no exemplo abaixo, como faço para colocar as identificações do indivíduo em ordem crescente? att library(nlme) library(lattice) install.packages("tidyr") library(tidyr) DADOS.CURTO <- read.csv("https://www.dropbox.com/s/b4cckybgrcg86me/ galinhas.csv?raw=1 <https://n1.nylas.com/link/MESSAGE_ID/0?redirect=https%3A%2F%2Fwww.dropbox.c…>",head = TRUE) head(DADOS.CURTO) colnames(DADOS.CURTO) <- c("0","1","2","3","4","5","6","TRAT") DADOS<- DADOS.CURTO %>% gather('0','1','2','3','4','5','6',key ="SEMANA",value = "PESO", -TRAT) head(DADOS) str(DADOS) ID <-rep(seq(1,370), times=7) DADOS<-cbind(ID,DADOS) DADOS <- transform(DADOS, SEMANA = as.numeric(SEMANA),ID=factor(ID)) modelo1.list <- nlsList(PESO ~ a * exp(-b * exp( -c * SEMANA)),start = c(a = 4.10,b = 4.53,c = 0.37 ),na.action=na.omit,data =DADOS) modelo.nlme.0<-nlme(modelo1.list) modelo.nlme.2<-update(modelo.nlme.0,fixed=list(a~TRAT,b + c~1),start=c(4.10,0,0,4.77,0.34),control=controle2) (corr2 <- plot(ACF(modelo.nlme.2,resType="pearson"),alpha = 0.05,ylab="autocorrelação",col = "gray",main = "B")) MM3.3<- update(modelo.nlme.2,weights = varExp(form = ~fitted(.)|SEMANA),correlation = corARMA(form = ~SEMANA |ID,q = 4)) #-------------------Gráfico---------------------------------------------------------------- s <- seq(1, nlevels(GALINHA$ID), by = 10) (RANDOMEFFECTS <- plot(ranef(MM3.3),id=0.05,idResType="normalized",layout=c(3,1),scales = list(y = list(tck = 1, at = s, labels = levels(GALINHA$ID)[s]),x=list(relation="free")),abline=c(v=0),ylab="Indivíduo",strip=TRUE)) -- ========================================= Fernando Souza Zootecnista, DSc. Produção e Alimentação Animal Celular: (31)99796-8781 (Vivo) E-mail:nandodesouza@gmail.com <e-mail%3Anandodesouza(a)gmail.com> Lattes: http://lattes.cnpq.br/6519538815038307 Blog: https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ ==========================================

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Como trabalhar com medida repetida para um mesmo indivíduo
by Carlos Peixoto Neto 23 Jan '18

23 Jan '18

Caros colegas, busco ajuda para gerar uma análise no R. Estou iniciando o uso do software. Tenho um conjunto de dados e investigo o que segue: se o efeito da interação entre tamanhos diferentes de uma espécie de peixe - tamanhos "grande" e "pequeno" - pode afetar a altura de alimentação em lâminas dispostas em tanques. Também inseri uma outra especie de peixe com tamanho padronizado para ver interação interespecífica. Os tratamentos são o focal separado, exemplo: 1- peixe grande focal sozinho. Os demais tratamentos são par-a-par : 2- peixe grande focal com outro peixe grande e 3- mesmo peixe focal grande com um peixe pequeno. 4- peixe focal grande com peixe de outra espécie. O mesmo esquema é reproduzido para os peixe focais pequenos. Obs 1: Os peixes mesma espécie não são irmãos. Obs 2 : Durante os testes alguns peixes focais de ambos os tamanhos não foram as lâminas isso deixou células vagas na tabela de dados. Qual análise posso usar tendo em vista medidas repetidas de um mesmo animal (peixes focais)? Como lidar com os dados ausentes na tabela (missing data)? Imputação? Segue exemplo de dados: https://drive.google.com/open?id=18rIlIO1HtrjSlX1mKIzDauoxWhJ37EHu *Carlos Alberto Algarves Peixoto Neto* Biólogo | Universidade Federal do Maranhão - UFMA Laboratório de Herpetologia e Ecologia Aplicada a Conservação - LHEAC/UFMA Programa de Pós-Graduação em Biodiversidade e Conservação - PPGBC/UFMA Lattes: http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4303028A6 __ "O amor de Deus: Cristo morrer em nosso favor quando ainda éramos pecadores." Romanos cap. 5: vers. 8 (NVI)

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