- R-br - DINF UFPR

Retornando médias de tabela para tabela no R
by Emmanuel Arnhold 25 Abr '11

25 Abr '11

Pessoal, se eu tenho um objeto no R (tabela lida de um read.table) onde a primeira coluna são fatores (tratamentos) e as demais os dados (numéricos). Qual a maneira mais fácil ou se existe uma função para retornar a média das culunas numéricas dentro de cada categoria do fator. Gostaria de saber se é possível retornar as médias em tabela semelhante a forma original, mas somente com as médias (sem as repetições de tratamentos) dentro de cada categoria de meu fator. Agradeço desde já qualquer dica. Emmanuel

3 3

Problema com sample()
by Alexandre dos Santos 25 Abr '11

25 Abr '11

Bom Dia Pessoal, Tenho um banco de dados com três variáveis parc (número da parcela), mont2(número de insetos), dead2 (mortalidade), com 108 dados, estou tentando fazer uma amostragem com a função sample(), para um n da amostra igual a 30, ate ai tudo bem, mas quando repito a função sample() para um número de vezes superior ao n da amostra começam a aparecer NA nos sorteio, porque isso poderia estar acontecendo, uma vez que estou utilizando a função com reposição, fiz: > nde<-read.table("Tout_NDE.txt",header=T)# Todos os dados > # > dead2<-nde$Mortalite[nde$Temps==2]-nde$Mortalite[nde$Temps==1]# Mortalidade no segundo mês > mont2<-nde$Monticules[nde$Temps==2]-nde$Monticules[nde$Temps==1]# Número de insetos no segundo mês > parc<-1:108 # Número da parcela no campo > mois2<-cbind(parc,mont2,dead2) > # > nparc=30# Tamanho da amostra independente a ser sorteada com sample () > Nsim=31# Numero de simulações da função sample > > RES=NULL > > for(i in 1:Nsim){ + + res=NULL + spl=sample(parc,nparc, replace = TRUE) + resspl=mois2[spl[1:30],] + my.mont=mean(resspl[,2][i]) + my.dead=mean(resspl[,3][i]) + result=rbind(res,c(my.mont,my.dead,i)) + #print(result) + RES=rbind(RES,result) + colnames(RES)=c("monticule","mortalite","simulation") + } > print(RES) monticule mortalite simulation [1,] 5 4.000000 1 [2,] 0 0.000000 2 [3,] 1 12.000000 3 [4,] 1 5.263158 4 [5,] 0 0.000000 5 [6,] 0 0.000000 6 [7,] 2 9.090909 7 [8,] 0 0.000000 8 [9,] 1 0.000000 9 [10,] 0 0.000000 10 [11,] 1 11.764706 11 [12,] 3 6.451613 12 [13,] 3 12.000000 13 [14,] 3 4.545455 14 [15,] 1 3.225806 15 [16,] 0 0.000000 16 [17,] 3 4.545455 17 [18,] 1 0.000000 18 [19,] 5 13.636364 19 [20,] 2 12.121212 20 [21,] 2 6.896552 21 [22,] 1 5.263158 22 [23,] 2 0.000000 23 [24,] 10 8.333333 24 [25,] 5 14.285714 25 [26,] 8 10.000000 26 [27,] 8 10.000000 27 [28,] 3 4.761905 28 [29,] 0 0.000000 29 [30,] 1 3.571429 30 [31,] NA NA 31 > Obrigado, Alexandre dos Santos Ingenieur forestier, Msc. INRA- Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP) Domaine Saint-Paul Site Agroparc 84914 - Avignon - France Tél. : +33 (0)6 87 95 16 29

3 6

(sem assunto)
by Juraci Mendes Moreira 25 Abr '11

25 Abr '11

Estou tentando rodar esta rotina no R mas esta dando este erro e tambem ele não esta estimando b2, poderiam me ajudar? lrp.fit<-nls(cv ~ (b0 + b1*x + b2*I(x^2))*(x<=x0p) +(b0 + b1*x0p + b2*x0p^2)*(x>x0p), start=list(b0=10, b1=7, b2=15, x0p=5), trace=F) Erro em nls(cv ~ (b0 + b1 * x + b2 * I(x^2)) * (x <= x0p) + (b0 + b1 * : gradiente singular

2 1

dificuldade em ajustar um quadratica a um plato de resposta linear
by Juraci Mendes Moreira 25 Abr '11

25 Abr '11

Estou tentando rodar esta rotina no R mas esta dando este erro e tambem ele não esta estimando b2, poderiam me ajudar? lrp.fit<-nls(cv ~ (b0 + b1*x + b2*I(x^2))*(x<=x0p) +(b0 + b1*x0p + b2*x0p^2)*(x>x0p), start=list(b0=10, b1=7, b2=15, x0p=5), trace=F) Erro em nls(cv ~ (b0 + b1 * x + b2 * I(x^2)) * (x <= x0p) + (b0 + b1 * : gradiente singular

1 0

Re: [R-br] Fatorial com reptições perdidas
by Thiago De paula protásio 25 Abr '11

25 Abr '11

Ok Walmes........ Rodei aqui e deu td certo!!! Vou estudar os seus comandos com calma.......... Abraço! Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

1 0

Re: [R-br] Fatorial com reptições perdidas
by Thiago De paula protásio 25 Abr '11

25 Abr '11

Walmes; Eu não estou conseguindo reproduzir o exemplo que vc indicou na página do LEG! Dê uma olhada no erro que apareceu....... Obrigado!!! Este exemplo será muito útil, pois tb tenho que avaliar um experimento com repetições perdidas....... # lista com as matrizes dos contrastes que específicam o desdobramento A dentro de B > > c.X <- sapply(jj, simplify=FALSE, + function(j){ + sapply(1:nrow(p.contr), + function(i){ + c.contr <- contrast(m0, + list(A=p.contr[i,1], B=j), + list(A=p.contr[i,2], B=j)) + c.contr$X + })}) Erro em library(sandwich) : não há nenhum pacote chamado 'sandwich' > c.X Erro: objeto 'c.X' não encontrado > > #------------------------------------------------------------------------------------------ > # usando a glht para desdobrar, cada entrada da lista é um nível de B > > mc.contr <- sapply(c.X, simplify=FALSE, + function(X){ + summary(glht(m0, linfct=t(X))) + }) Erro em is.vector(X) : objeto 'c.X' não encontrado > mc.contr Erro: objeto 'mc.contr' não encontrado > Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

2 1

Axelrod's Tournaments
by Augusto Ribas 24 Abr '11

24 Abr '11

Alguem saberia dizer se existe uma função para o R que replica o Axelrod's Tournaments? Ele vem do artigo: Robert Axelrod & William D. Hamilton 1981, "The Evolution of Cooperation", Science 211: 1390–96 Naquele documentario da BBC Nice Guys Finish First falam bastante desse artigo. Eu vi um programa que replica o torneio: http://www2.econ.iastate.edu/tesfatsi/demos/axelrod/axelrodt.htm Mas dei uma procurada e não encontrei nenhuma função pronta no R. -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org/ http://dhost.info/augusto/ Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

1 0

Re: [R-br] [R_STAT] Seleção de Quadrados Médios
by Greice Laureano 23 Abr '11

23 Abr '11

Fernando, (agora mandei para a lista nova :P) O problema é que o comando aov() não aceita esse procedimento... Se eu faço uma Anova do fit ele da a seguinte mensagem de erro: > anova(fit) Erro em UseMethod("anova") : método não aplicável para 'anova' aplicado a um objeto de classe "c('aovlist', 'listof')" 2011/4/23 Fernando Henrique Toledo <fernandohtoledo(a)gmail.com> > > > Greice, bom dia. > > Acesse: > > anova(fit)[,3] > > Isso resultará no vetor dos quadrados médios! a 1ª coluna é dos graus de > liberdade, a segunda das somas de quadrados, 3ª dos quadrados médios ... > > PS: Mudamos de lista, mude p/ a "r-br", esta em breve será desativada! > > att, > FH > > 2011/4/23 greice.laureano <greice.laureano(a)gmail.com> > > >> >> Bom dia, >> >> Gostaria de ajuda para extrair os quadrados médios de uma Anova. >> O banco de dados está abaixo assim como o código para fazer a Anova. >> Muito Obrigado; >> >> Greice. >> >> Dados: >> >> sujeito aferidor tempo valor >> 1 1 1 -2 >> 1 1 2 0 >> 1 1 3 1 >> 1 2 1 2 >> 1 2 2 1 >> 1 2 3 1 >> 2 1 1 16 >> 2 1 2 16 >> 2 1 3 15 >> 2 2 1 12 >> 2 2 2 14 >> 2 2 3 13 >> 3 1 1 5 >> 3 1 2 6 >> 3 1 3 6 >> 3 2 1 4 >> 3 2 2 4 >> 3 2 3 4 >> 4 1 1 11 >> 4 1 2 10 >> 4 1 3 10 >> 4 2 1 9 >> 4 2 2 7 >> 4 2 3 8 >> 5 1 1 7 >> 5 1 2 8 >> 5 1 3 6 >> 5 2 1 5 >> 5 2 2 6 >> 5 2 3 6 >> 6 1 1 -7 >> 6 1 2 -8 >> 6 1 3 -8 >> 6 2 1 -9 >> 6 2 2 -10 >> 6 2 3 -9 >> 7 1 1 18 >> 7 1 2 19 >> 7 1 3 19 >> 7 2 1 17 >> 7 2 2 17 >> 7 2 3 17 >> 8 1 1 4 >> 8 1 2 5 >> 8 1 3 5 >> 8 2 1 5 >> 8 2 2 5 >> 8 2 3 5 >> 9 1 1 0 >> 9 1 2 -3 >> 9 1 3 -2 >> 9 2 1 -7 >> 9 2 2 -6 >> 9 2 3 -5 >> 10 1 1 0 >> 10 1 2 0 >> 10 1 3 -2 >> 10 2 1 1 >> 10 2 2 2 >> 10 2 3 1 >> 11 1 1 -3 >> 11 1 2 -2 >> 11 1 3 -2 >> 11 2 1 -4 >> 11 2 2 -3 >> 11 2 3 -3 >> 12 1 1 3 >> 12 1 2 -1 >> 12 1 3 1 >> 12 2 1 -1 >> 12 2 2 -2 >> 12 2 3 1 >> 13 1 1 7 >> 13 1 2 9 >> 13 1 3 9 >> 13 2 1 4 >> 13 2 2 4 >> 13 2 3 2 >> 14 1 1 -6 >> 14 1 2 -7 >> 14 1 3 -6 >> 14 2 1 -8 >> 14 2 2 -10 >> 14 2 3 -9 >> 15 1 1 1 >> 15 1 2 1 >> 15 1 3 0 >> 15 2 1 -2 >> 15 2 2 -2 >> 15 2 3 -3 >> 16 1 1 -13 >> 16 1 2 -14 >> 16 1 3 -14 >> 16 2 1 -12 >> 16 2 2 -12 >> 16 2 3 -12 >> 17 1 1 2 >> 17 1 2 1 >> 17 1 3 0 >> 17 2 1 -1 >> 17 2 2 0 >> 17 2 3 0 >> 18 1 1 4 >> 18 1 2 4 >> 18 1 3 3 >> 18 2 1 7 >> 18 2 2 6 >> 18 2 3 4 >> 19 1 1 -10 >> 19 1 2 -9 >> 19 1 3 -10 >> 19 2 1 -10 >> 19 2 2 -11 >> 19 2 3 -10 >> 20 1 1 8 >> 20 1 2 9 >> 20 1 3 8 >> 20 2 1 2 >> 20 2 2 8 >> 20 2 3 8 >> 21 1 1 7 >> 21 1 2 6 >> 21 1 3 7 >> 21 2 1 8 >> 21 2 2 7 >> 21 2 3 7 >> 22 1 1 -3 >> 22 1 2 -2 >> 22 1 3 -4 >> 22 2 1 -5 >> 22 2 2 -5 >> 22 2 3 -5 >> 23 1 1 -5 >> 23 1 2 -5 >> 23 1 3 -7 >> 23 2 1 -6 >> 23 2 2 -8 >> 23 2 3 -7 >> 24 1 1 5 >> 24 1 2 5 >> 24 1 3 5 >> 24 2 1 3 >> 24 2 2 4 >> 24 2 3 4 >> 25 1 1 0 >> 25 1 2 -1 >> 25 1 3 -1 >> 25 2 1 -4 >> 25 2 2 -3 >> 25 2 3 -4 >> 26 1 1 7 >> 26 1 2 6 >> 26 1 3 6 >> 26 2 1 4 >> 26 2 2 4 >> 26 2 3 4 >> 27 1 1 -8 >> 27 1 2 -8 >> 27 1 3 -8 >> 27 2 1 -10 >> 27 2 2 -11 >> 27 2 3 -10 >> 28 1 1 1 >> 28 1 2 1 >> 28 1 3 2 >> 28 2 1 1 >> 28 2 2 -1 >> 28 2 3 0 >> 29 1 1 -3 >> 29 1 2 -3 >> 29 1 3 -3 >> 29 2 1 -5 >> 29 2 2 -4 >> 29 2 3 -5 >> >> sj=as.factor(dados$sujeito) >> af=as.factor(dados$aferidor) >> tempo=as.factor(dados$tempo) >> >> fit <- aov(dados$valor ~ sj*af + sj:tempo:af + Error(sj/af)) >> summary(fit) >> >> > __._,_.___ > > <fernandohtoledo@gmail.com?subject=Res%3A%20Re%3A%20%5BR_STAT%5D%20Sele%E7%E3o%20de%20Quadrados%20M%E9dios>| através > de email<R_STAT@yahoogrupos.com.br?subject=Res%3A%20Re%3A%20%5BR_STAT%5D%20Sele%E7%E3o%20de%20Quadrados%20M%E9dios>| Responder > através da web<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJyNWprYWVzBF9TAzk3N…>| Adicionar > um novo tópico<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJmNDRncmJ1BF9TAzk3N…> > Mensagens neste tópico<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/message/16039;_ylc=X3oDMTM3N2Q4Y2Vi…>( > 2) > Atividade nos últimos dias: > > - Novos usuários<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/members;_ylc=X3oDMTJnNmk2bWJoBF9TAz…> > 2 > > Visite seu Grupo<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT;_ylc=X3oDMTJmbDdmMWM3BF9TAzk3NDkwND…> > Não deixe de ir atrás da pessoa dos seus sonhos!<http://global.ard.yahoo.com/SIG=15me74fii/M=758712.14532720.14422460.129601…> > [image: Yahoo! Grupos]<http://br.groups.yahoo.com/;_ylc=X3oDMTJlc2RmczJyBF9TAzk3NDkwNDM1BGdycElkAz…> > Trocar para: SÃ³ Texto<R_STAT-traditional@yahoogrupos.com.br?subject=Mudar+Formato+de+Envio:+Tradicional>, > Resenha DiÃ¡ria<R_STAT-digest@yahoogrupos.com.br?subject=Envio+de+email:+Resenha>• Sair > do grupo <R_STAT-unsubscribe(a)yahoogrupos.com.br?subject=Sair+do+grupo> • Termos > de uso <http://br.yahoo.com/info/utos.html> > . > > __,_._,___ >

3 5

Sweave Mostrar Codigo R
by eder＠leg.ufpr.br 23 Abr '11

23 Abr '11

Pessoal, Preciso que no documento final seja mantido o codigo R bem como os resultados processados por ele, por exemplo o arquivo .Rnw abaixo: \documentclass[a4paper]{article} \usepackage{Sweave} \title{Estimativa via verossimilhança} \author{Éder David Borges da Silva} \begin{document} \maketitle \section{Distribuição} <<echo=TRUE>>= ###---------------------------------------------------------------------------### dbetabinom1 <- function(x, size, prob, theta, log=FALSE) { alpha <- prob / theta beta <- (1 - prob) / theta dens <- lchoose(size,x) + lbeta(x+alpha,size-x+beta) - lbeta(alpha,beta) if (!log) dens <- exp(dens) return(dens) } rbetabinom1 <- function(n, size, prob, theta) { # n é o número de elementos da amostra # size, prob e theta os parâmetros da densidade r <- function(x) sample(0:x[1], size=1, replace=TRUE, prob=dbetabinom1(0:x[1], size=x[1], prob=x[2], theta=x[3], log=FALSE)) if (length(n)>1) n <- length(n) return(new("numeric", sapply(data.frame(rbind(size, prob, theta, rep(1,n))), r))) } ###---------------------------------------------------------------------------### @ \end{document} Em minha cabeça eu lembrava que o echo=TRUE fazia isso, ou seja mantinha o codigo, porem isso não esta acontecendo, quando compilo não aparece nada do codigo R. Onde será que estou errando? Att

3 3

Removendo pontos dentro de um grid
by Alexandre dos Santos 22 Abr '11

22 Abr '11

Bom dia pessoal, Estou criando uma malha de pontos da seguinte forma: p0<- c(15,15)#Ponto inicial malha10<- expand.grid(xp=seq(p0[1], by=10, length.out=20), yp=seq(p0[2], by=10, length.out=20))#Criando um grid de pontos a cada 10 metros plot(malha10)# Visualizando a malha de postos Agora, gostaria das coordenadas dos pontos a cada 20m, à partir de p0, mas gostaria de manipular o objeto já criado malha10, sem ter que fazer um novo objeto expand.grid(... by=20), na verdade, gostaria de criar um novo objeto malha20, mas fazendo malha20=malha10 e após remover as coordenadas dos pontos do objeto malha10 que não satisfaçam a condição , tentei um outer() para descobrir as distancias entre todos os pontos e após impor uma condição =20, mas não estou conseguindo não, alguem poderia dar um help, Obrigado, Alexandre dos Santos Ingenieur forestier, Msc. INRA- Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP) Domaine Saint-Paul Site Agroparc 84914 - Avignon - France Tél. : +33 (0)6 87 95 16 29

3 5