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Formatar base de dados
by Andre Oliveira 01 Abr '18

01 Abr '18

bom dia, tenho vetor muito grande e preciso fazer como fiz manualmente neste CMR. notas =c(2, 3, 20, 4, 8, 9, 2, 20, 4, 4)notas[notas == 2 ] <- "A"notas[notas == 3 ] <- "B"notas[notas == 20 ] <- "C"notas[notas == 4 ] <- "D"notas[notas == 8 ] <- "E"notas[notas == 9 ] <- "F"notas Resolveu, mas é cansativo! Se alguém tiver algo melhor e puder compartilhar! gratoAndré

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dificuldade em carregar pacote já instalado
by Ana Maria Nievas 01 Abr '18

01 Abr '18

Bom dia! Nunca havia enfrentado esse problema antes, mas nos últimos dias não tenho conseguido carregar pacotes já instalados. Na tentativa de nova instalação e carregamento, obtive o seguinte: > utils:::menuInstallPkgs() tentando a URL ' https://vps.fmvz.usp.br/CRAN/bin/windows/contrib/3.3/ggplot2_2.2.1.zip' Content type 'application/zip' length 2760677 bytes (2.6 MB) downloaded 2.6 MB package ‘ggplot2’ successfully unpacked and MD5 sums checked The downloaded binary packages are in C:\Users\Ana Maria\AppData\Local\Temp\RtmpYdZpFs\downloaded_packages > library(ggplot2) Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : there is no package called ‘Rcpp’ Erro: package or namespace load failed for ‘ggplot2’ Acho que esse problema tem a ver com a pasta onde estão sendo salvos os arquivos de instalação, mas não sei como consertar. Alguém poderia me ajudar? Obrigada. -- *Ana Maria Nievas* Mestre em Ecologia Aplicada Doutoranda em Psicobiologia Laboratório de Etologia e Bioacústica - EBAC Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto - FFCLRP/USP Lattes: http://lattes.cnpq.br/3529613851615012

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 87, assunto 22
by Alice Peres 29 Mar '18

29 Mar '18

Consegui resolver sim, obrigada. Em qui, 29 de mar de 2018 11:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. IC para a diferença de médias de dois grupos independentes > (Alice Peres) > 2. Re: IC para a diferença de médias de dois grupos > independentes (Rodrigo Araújo e Castro) > 3. Re: IC para a diferença de médias de dois grupos > independentes (Rodrigo Araújo e Castro) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Wed, 28 Mar 2018 21:13:18 -0400 > From: Alice Peres <neves.peres135(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] IC para a diferença de médias de dois grupos > independentes > Message-ID: > <CAJ+iSzAVPzA2WPfPTgtF= > ByBJL5RzaezOCiA8TTB7wSV2kJ_MA(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Olá, boa noite. Eu estou com dificuldade para gerar o intervalo de > confiança para a diferença de média dos dois seguintes grupos. Lembrando > que são independentes. Eu calculei o teste t no R, mas está dando um erro. > Preciso instalar algum pacote ? > > > grupo1=c(4.81,4.17,4.41,3.59,5.87,3.83,6.03,4.98,4.90,5.75,5.36,3.48,4.69,4.44,4.89,4.71,5.48,4.32,5.15,6.34) > > > grupo2=c(4.17,3.05,5.18,4.01,6.11,4.10,5.17,3.57,5.33,5.59,4.66,5.58,3.66,4.50,3.90,4.61,5.62,4.53,6.05,5.14) > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20180328/4ae22e59/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Thu, 29 Mar 2018 05:34:35 +0000 (UTC) > From: Rodrigo Araújo e Castro <roacastro87(a)yahoo.com.br> > To: Alice Peres via R-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] IC para a diferença de médias de dois grupos > independentes > Message-ID: <1943970344.734841.1522301675527(a)mail.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Boa noite, > com base nos conjuntos de dados executei o comando t.test (grupo1,grupo2) > para executar o teste T (não necessita de pacote) e não deu erro. O > resultado foi o seguinte: > Welch Two Sample t-test > > data: grupo1 and grupo2 > t = 0.50985, df = 37.711, p-value = 0.6131 > alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0 > 95 percent confidence interval: > -0.3967069 0.6637069 > sample estimates: > mean of x mean of y > 4.8600 4.7265 > > > Se ainda quiser calcular o intervalo de confiança de cada grupo, pode > utilizar, pode exemplo, o pacote Publish (após instalar) da sequinte forma: > install.packages("Publish", dependencies=T) > require(Publish) > > ci.mean(grupo1) > ci.mean(grupo2) > Conseguiu resolver seu problema? Se não, favor detalhar o que faltou para > que possamos ajudá-lo. > att,Rodrigo > Em quarta-feira, 28 de março de 2018 22:13:33 BRT, Alice Peres via > R-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > > Olá, boa noite. Eu estou com dificuldade para gerar o intervalo de > confiança para a diferença de média dos dois seguintes grupos. Lembrando > que são independentes. Eu calculei o teste t no R, mas está dando um erro. > Preciso instalar algum pacote ? > > grupo1=c(4.81,4.17,4.41,3.59,5.87,3.83,6.03,4.98,4.90,5.75,5.36,3.48,4.69,4.44,4.89,4.71,5.48,4.32,5.15,6.34) > > grupo2=c(4.17,3.05,5.18,4.01,6.11,4.10,5.17,3.57,5.33,5.59,4.66,5.58,3.66,4.50,3.90,4.61,5.62,4.53,6.05,5.14)_______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a > c�digo m�nimo reproduz�vel. > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20180329/44dadb48/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 3 > Date: Thu, 29 Mar 2018 05:38:22 +0000 (UTC) > From: Rodrigo Araújo e Castro <roacastro87(a)yahoo.com.br> > To: Alice Peres via R-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] IC para a diferença de médias de dois grupos > independentes > Message-ID: <39593106.754027.1522301902990(a)mail.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Alice, > se quiser algum material de referência, sugiro estes a seguir, dentre > outros: > > http://staff.pubhealth.ku.dk/~tag/Teaching/share/R-tutorials/ConfidenceInte… > R Handbook: Confidence Intervals > Interval Estimation of the Population Mean > > | > | > | | > Interval Estimation of the Population Mean > > Interval estimation of the population mean can be computed from the > functions of the following R packages:stats ... > | > > | > > | > > > > > > | > | > | | > R Handbook: Confidence Intervals > > Clear examples in R. Confidence intervals for means; Confidence intervals > by bootstrap; Exercises D > | > > | > > | > > > > > att,Rodrigo > Em quinta-feira, 29 de março de 2018 02:34:35 BRT, Rodrigo Araújo e > Castro <roacastro87(a)yahoo.com.br> escreveu: > > Boa noite, > com base nos conjuntos de dados executei o comando t.test (grupo1,grupo2) > para executar o teste T (não necessita de pacote) e não deu erro. O > resultado foi o seguinte: > Welch Two Sample t-test > > data: grupo1 and grupo2 > t = 0.50985, df = 37.711, p-value = 0.6131 > alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0 > 95 percent confidence interval: > -0.3967069 0.6637069 > sample estimates: > mean of x mean of y > 4.8600 4.7265 > > > Se ainda quiser calcular o intervalo de confiança de cada grupo, pode > utilizar, pode exemplo, o pacote Publish (após instalar) da sequinte forma: > install.packages("Publish", dependencies=T) > require(Publish) > > ci.mean(grupo1) > ci.mean(grupo2) > Conseguiu resolver seu problema? Se não, favor detalhar o que faltou para > que possamos ajudá-lo. > att,Rodrigo > Em quarta-feira, 28 de março de 2018 22:13:33 BRT, Alice Peres via > R-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > > Olá, boa noite. Eu estou com dificuldade para gerar o intervalo de > confiança para a diferença de média dos dois seguintes grupos. Lembrando > que são independentes. Eu calculei o teste t no R, mas está dando um erro. > Preciso instalar algum pacote ? > > grupo1=c(4.81,4.17,4.41,3.59,5.87,3.83,6.03,4.98,4.90,5.75,5.36,3.48,4.69,4.44,4.89,4.71,5.48,4.32,5.15,6.34) > > grupo2=c(4.17,3.05,5.18,4.01,6.11,4.10,5.17,3.57,5.33,5.59,4.66,5.58,3.66,4.50,3.90,4.61,5.62,4.53,6.05,5.14)_______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a > c�digo m�nimo reproduz�vel. > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20180329/b879499f/atta… > > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 87, assunto 22 > ***************************************** >

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IC para a diferença de médias de dois grupos independentes
by Alice Peres 29 Mar '18

29 Mar '18

Olá, boa noite. Eu estou com dificuldade para gerar o intervalo de confiança para a diferença de média dos dois seguintes grupos. Lembrando que são independentes. Eu calculei o teste t no R, mas está dando um erro. Preciso instalar algum pacote ? grupo1=c(4.81,4.17,4.41,3.59,5.87,3.83,6.03,4.98,4.90,5.75,5.36,3.48,4.69,4.44,4.89,4.71,5.48,4.32,5.15,6.34) grupo2=c(4.17,3.05,5.18,4.01,6.11,4.10,5.17,3.57,5.33,5.59,4.66,5.58,3.66,4.50,3.90,4.61,5.62,4.53,6.05,5.14)

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Erro ao fazer boxplot - Arquivo SPSS
by Edmar Caldas 27 Mar '18

27 Mar '18

Bom Dia! estou trabalhando com um arquivo SPSS. Ao fazer um boxplot aparece essa mensagem. Error: 'x' and labels' must be same type. Edmar

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Dúvida TRUE/FALSE
by Danielle Tamaki 23 Mar '18

23 Mar '18

Boa tarde, estou com uma dúvida na linguagem R e precisava de uma ajuda! Preciso fazer a comparação dos valores de um vetor se eles são maiores que um determinado valor. Porém, ele não faz a comparação e me retorna um erro: Error in if ((aux <= limiteinferior) == TRUE) { : valor ausente onde TRUE/FALSE necessário Como posso solucionar este problema? Obrigada pela ajuda! -- -- *Danielle Mayumi Campos Tamaki* Doutoranda em Engenharia de Produção (UNIFEI) Mestre em Engenharia de Produção (UNIFEI) Bacharel em Ciência da Computação (UNIFEI) *Celular:* +55 35 9222 2746 *Skype:* danielle.tamaki *Outro Email:* danimayu88(a)gmail.com

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Erro no truncamento da query ODBC
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 23 Mar '18

23 Mar '18

Amigos de R, Começo pedindo desculpas porque não sei como postar um script que reproduza o erro que estou encarando. Estou tentando fazer uma consulta numa base SQL, e preciso consultar muitas e muitas colunas de uma vez. Muitos nomes de colunas são longos. o fim da linha de erro que encontro é... failed with -1 error code. Error on Job: ODBC statement error -1 :[Microsoft][ODBC SQL Server Driver]Truncamento Error in doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler) : ODBC statement error -1 :[Microsoft][ODBC SQL Server Driver][SQL Server]Unable to launch runtime for 'R' script. Please check the configuration of the 'R' runtime. Depois de muito fuçar, vi em alguns lugares que o driver do SQL usado na conexão possui uma limitação de 4096 caracteres na query. Contei aqui as minhas querys e todas possuem mais de 4700 caracteres. Antes de sair cortando as colunas da query e fatiar a tarefa, alguem saberia se há alguma possível configuração do driver do SQL que aumente essa limitação de caracteres? Abraço forte, Pedro Brasil

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Oportunidade para estudantes: desenvolvimento de projeto durante o GSOC com o InterMineR
by Marcos Vital 19 Mar '18

19 Mar '18

Oi, pessoal! Recebi no Twitter, e repasso aqui. Não estou por dentro dos detalhes, então qualquer dúvida deveria ser tirada diretamente com os responsáveis, ok? A equipe do InterMineR (https://github.com/intermine/InterMineR) está procurando estudantes que queriam contribuir com o projeto durante o Google Summer of Code. Um dos objetivos é construir um aplicativo Shiny para o pacote. A chamada está aqui: http://intermine.org/gsoc/project-ideas/2018/#interminer-a-client-library-f… E nela estão os emails dos responsáveis, para o caso de alguém se interessar e quiser entrar em contato. Abraços! -- Marcos Vinícius Carneiro Vital Universidade Federal de Alagoas Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde Setor de Biodiversidade e Ecologia

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Modelo geoestatístico sobre condição, jogo SUDOKU
by Wagner Wolff 19 Mar '18

19 Mar '18

Olá pessoal da lista! Estou lidando com um problema de certa forma parecido com o jogo SUDOKU. Resumindo nesse jogo tem uma área subdividida em quadriculas ou células que devem ser preenchidas seguindo condições de que os números de 1 a 9 não se repitam nas colunas e linhas. No meu caso, eu preciso interpolar espacialmente uma variável chamada de intensidade da chuva, entretanto, eu tenho a média dessa variável entre dois pontos que ligando eles formam uma linha, figura abaixo. A questão é a seguinte, como a partir da média eu obtenho os dados pontuais sobre as linhas que satisfaça a condição de que a média permaneça até mesmo nos pontos onde as linhas se cruzam. Ou seja, onde elas se cruzam precisa ser um valor que satisfaça a média da linha 1 e da linha 2. Depois disso preciso interpolar espacialmente esses pontos na área toda. Eu obtive uma solução, mas não sei se é a mais adequada e talvez para uma banco de dados maior ela pode ser impraticável. Resumindo, eu simulei valores nas linhas com a função grf() do geoR e depois com a função optim() variei as células (pixels) até que as condições sejam satisfeitas. Segue o código reproduzível e em anexo os arquivos referente ao shapefile que representa as linhas. proj="+proj=sterea +lat_0=52.15616055555555 +lon_0=5.38763888888889 +k=0.9999079 +x_0=155000 +y_0=463000 +ellps=bessel +units=km +no_defs " ## Colocar os arquivis anexados na mesma pasta da código R Links2l <- spTransform(readOGR("Links2l.shp"), CRS(proj)) Rmean <- c(2.9424, 4.3982) ## Criando uma imagem raster vazia ras <- raster(Links2l, res=0.1, ext=extent(Links2l)); ras[] <- rep(NA, ncell(ras)) ## Celulas (pixels) interceptadas pelas links cells_links <- cellFromLine(ras, Links2l) cells <- unique(unlist(cells_links)) ## Celulas compartilhadas entre os links cells_links[[1]][which(cells_links[[1]] %in% cells_links[[2]])] ## Simulando valores a partir da media nas celulas interceptadas pelas links set.seed(234) for(i in 1:nrow(Links_ams)){ ras[cells_links[[i]]] <- apply(grf(length(cells_links[[i]]), grid=xyFromCell(ras, cells_links[[i]]), nsim=10, mean = Rmean[i],cov.pars = c(3.7, 18.7), nugget = 0.37)$data, 1, mean) } plot(ras, col = gray.colors(10, start = 0.3, end = 0.9, gamma = 2.2, alpha = NULL)) lines(Links2l) ## Funcao de otimizacao opt <- function(par, Rmean){ res <- c() for(i in 1:length(Rmean)){ res[i] <- sum(mean(par[cells %in% cells_links[[i]]])-Rmean[i])^2 } sum(res) } ## Definir espaco de iteracao lower <- list() upper <- list() for(i in 1:nrow(Links_ams)){ lower[[i]] <- rep(mean(ras[cells_links[[i]]])-3.7^0.5, ncell(cells_links[[i]])) upper[[i]] <- rep(mean(ras[cells_links[[i]]])+3.7^0.5, ncell(cells_links[[i]])) } lower <- ifelse(unlist(lower)<0, 0, unlist(lower)) upper <- ifelse(unlist(upper)<0, mean(unlist(upper))+sd(unlist(upper)), unlist(upper)) ## Otimizar e atualizar as celulas para resolver a condicao cell_upd <- optim(par=ras[cells], fn=opt,lower = lower, upper=upper, Rmean=Rmean,method="L-BFGS-B")$par ras_old <- ras ras[cells] <- cell_upd ## Comparando celulas antigas com as novas, apenas a célula compartilhada entre os links nao é linear plot(ras_old[cells_links[[1]]], ras[cells_links[[1]]], ann=T) abline(a=0, b=1) plot(ras_old[cells_links[[2]]], ras[cells_links[[2]]], ann=T) abline(a=0, b=1) ## Verificando se as condicoes foram satisfeitas mean(ras[cells_links[[1]]]) Rmean[1] mean(ras[cells_links[[2]]]) Rmean[2] ## Resultado, valores iguais "SUDOKU" resolvido! ###################################################### ## Interpolacao das celulas pts <- rasterToPoints(ras) plot(pts) boxcox(pts~1) geo_link <- as.geodata(pts, coords.col = 1:2, data.col = 3) plot(geo_link, low =T) plot(geo_link, trend='1st', low =T) plot(geo_link, trend='2nd', low =T) vario <- variog(geo_link,max.dist=10,uvec=seq(0, 10, by=0.01)) plot(vario) link_fit <- list() link_fit$cte <- likfit(geo_link, cov.model="exp", trend ="cte",ini=c(0.5,5), nugget = 0.1) link_fit$lon <- likfit(geo_link, cov.model="exp", trend =geo_link$coords[, 1],ini=c(0.5,5), nug=0.1) link_fit$st <- likfit(geo_link, cov.model="exp", trend ="1st",ini=c(0.5,5), nug=0.1) link_fit$nd <- likfit(geo_link, cov.model="exp", trend ="2nd",ini=c(0.5,20), nug=0.1) sapply(link_fit, AIC) summary(link_fit$st) ## Predição na área krigagem grid <- xyFromCell(ras, 1:ncell(ras)) link_fit$st kr.link <- krige.conv(geo_link, loc=grid, krige=krige.control(obj=link_fit$st)) ras[] <- kr.link$predict image(ras) contour(ras, add=T) lines(Links2l, col=3, lwd=2) ## Krigagem ordinaria é BLUE, consequentemente condicoes sao satisfeitas mean(ras[cells_links[[1]]]) Rmean[1] mean(ras[cells_links[[2]]]) Rmean[2] Att. Abraco -- *Wagner Wolff, **PhD* "*Luiz de Queiroz**" College of Agriculture,* University of São Paulo Pádua Dias avenue11 | 13418-900| Piracicaba-SP| Brazil Phone: +55 19 982385582 <+55%2019%2098238-5582> http://orcid.org/0000-0003-3426-308X https://github.com/wwolff7 http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4463141A1

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comparação entre: ginv(x) com solve( t(x)%*% x ) %*% t(x)
by Cleber N.Borges 17 Mar '18

17 Mar '18

olá a todos Ainda que a dúvida seja mais conceitual do que do R propriamente.... peço ajuda aqui Minha pergunta é: Até que ponto eu posso usar essa igualdade?? Ou mesmo se posso considerar isso igual... ############################################# library( MASS ) # para usar a função ginv x <- matrix( runif(100*100), 100, 100 ) all.equal( ginv(x), solve( t(x)%*% x ) %*% t(x) ) # TRUE ############################################# O motivo de minha dúvida e vontade de usar isso nos modelos lineares com variáveis linearmente dependentes do tipo de misturas químicas, onde a soma das proporções logicamente sempre tem que ser 100%. Por hora, exponho somente essa dúvida (entre tantas :-) ) Agradeço antecipadamente por qualquer indicação nesse tema de 'ginv' Muito Obrigado Cleber Borges --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. https://www.avast.com/antivirus

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