- R-br - DINF UFPR

Ensaios clínicos
by Rodrigo Pereira 09 Jun '11

09 Jun '11

Caros Colegas, boa tarde. Existe algum pacote do R que faça testes de não-inferioridade, superioridade e equivalência em ensaios clínicos controlados? No caso há alguns ensaios que podem ser feitos utilizando um delineamento crossover ou paralelo, mas no momento preciso saber de algum que faça a análise para o delineamento paralelo. Desde já obrigado. Abraço! Rodrigo Pereira (31)9326 3139

4 4

Re: [R-br] Legenda com gradientes-valores em superfície resposta!
by Ivan Bezerra Allaman 09 Jun '11

09 Jun '11

Mauro, O Walmes já cantou a pedra. É necessário instalar a library(plotrix) para que a função seja reconhecida. Walmes, Você é chato com esta lattes!(brincadeirinha), mas tenho que reconhecer, o gráfico ficou mil vezes melhor com a lattes. Abraços! Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

1 0

Re: [R-br] Legenda com gradientes-valores em superfície resposta!
by Ivan Bezerra Allaman 08 Jun '11

08 Jun '11

Walmes! Valeu pela dica, mais meu sangue não bate com a lattes. rsrsrsrsrs. Bem, eu encontrei uma solução com a graphics. Segue abaixo para aqueles que se interessarem. layout(matrix(c(1,2),1,2,byrow=T),widths=c(4,1)) x <- seq(-1.95, 1.95, length = 30) y <- seq(-1.95, 1.95, length = 35) z <- outer(x, y, function(a,b) a*b^2) nrz <- nrow(z) ncz <- ncol(z) # Create a function interpolating colors in the range of specified colors jet.colors <- colorRampPalette( c("blue", "green") ) # Generate the desired number of colors from this palette nbcol <- 100 color <- jet.colors(nbcol) # Compute the z-value at the facet centres zfacet <- z[-1, -1] + z[-1, -ncz] + z[-nrz, -1] + z[-nrz, -ncz] # Recode facet z-values into color indices facetcol <- cut(zfacet, nbcol) persp(x, y, z, col=color[facetcol], phi=30, theta=-30) col.labels <- c("0.0","0.2","0.4","0.6","0.8","1.0")#intervalo de valores do Z. plot(0:10,type="n",axes=FALSE,xlab="",ylab="") color.legend(1,1.5,9,8,col.labels,color,gradient="y",align="rb") Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

3 2

Legenda com gradientes-valores em superfície resposta!
by Ivan Bezerra Allaman 08 Jun '11

08 Jun '11

Boa tarde senhores! Gostaria de saber se é possível criar uma legenda com gradiente-valores em um gráfico de superfície resposta? Vejamos o seguinte CMR. par(bg = "white") x <- seq(-1.95, 1.95, length = 30) y <- seq(-1.95, 1.95, length = 35) z <- outer(x, y, function(a,b) a*b^2) nrz <- nrow(z) ncz <- ncol(z) # Create a function interpolating colors in the range of specified colors jet.colors <- colorRampPalette( c("blue", "green") ) # Generate the desired number of colors from this palette nbcol <- 100 color <- jet.colors(nbcol) # Compute the z-value at the facet centres zfacet <- z[-1, -1] + z[-1, -ncz] + z[-nrz, -1] + z[-nrz, -ncz] # Recode facet z-values into color indices facetcol <- cut(zfacet, nbcol) persp(x, y, z, col=color[facetcol], phi=30, theta=-30) Aqui é criado um gráfico de superfície resposta, com cores que vão do azul ao verde. Vejamos outro CMR, para chegarmos onde eu quero. library(fields) loc <- make.surface.grid(list( seq(1,dim(z)[1],length=500), seq(1,dim(z)[2],length=500) )) r <- interp.surface( list(x=1:dim(z)[1], y=1:dim(z)[2], z=z), loc ) op <- par(mfrow=c(2,1)) image.plot(z, main="Raw data") image.plot(as.surface(loc,r), main="Linear interpolation") par(op) Percebam que aqui, é criado um gráfico com uma legenda indicando cores que correspondem a determinados valores. O que eu quero é justamente esta legenda no gráfico do primeiro CMR. É possível? Desde já agradeço a atenção de todos. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

2 1

Re: [R-br] lillie.test vs ks.test
by Cristiano Melo 08 Jun '11

08 Jun '11

Texto da ajuda do R The Lilliefors (Kolomorov-Smirnov) test is the most famous EDF omnibus test for normality. Compared to the Anderson-Darling test and the Cramer-von Mises test it is known to perform worse. Although the test statistic obtained from lillie.test(x) is the same as that obtained from ks.test(x, "pnorm", mean(x), sd(x)), it is not correct to use the p-value from the latter for the composite hypothesis of normality (mean and variance unknown), since the distribution of the test statistic is different when the parameters are estimated. Minha base de dados consiste de uma amostra de tempos de reparo de equipamentos e tempos de operação (um vetor para cada). Neste caso o mais adequado é o lillie.test?

3 3

Semelhança de textos
by Leandro Marino 08 Jun '11

08 Jun '11

Caros, Alguém saberia me dizer se o R tem alguma função implementada que forneça um percentual de concordância de textos dentro de um determinado data.frame? Preciso testar todos contra todos, em geral, são diversos conjuntos de 15 a 20 pequenos textos. Na realidade estou preparando uma função para encontrar registros duplicados que possam ter pequenas diferenças de grafia. Atenciosamente, Leandro Lins Marino Centro de Avaliação Fundação CESGRANRIO Rua Santa Alexandrina, 1011 - 2º andar Rio de Janeiro, RJ - CEP: 20261-903 ( (21) 2103-9600 R.:236 * <mailto:leandro@cesgranrio.org.br> leandro(a)cesgranrio.org.br P Antes de imprimir pense em sua responsabilidade e compromisso com o MEIO AMBIENTE Esta mensagem, incluindo seus anexos, pode conter informacoes privilegiadas e/ou de carater confidencial, nao podendo ser retransmitida sem autorizacao do remetente. Se voce nao e o destinatario ou pessoa autorizada a recebe-la, informamos que o seu uso, divulgacao, copia ou arquivamento sao proibidos. Portanto, se você recebeu esta mensagem por engano, por favor, nos informe respondendo imediatamente a este e-mail e em seguida apague-a.

7 11

gráfico de médias com desvio determinado pelo usuário
by Rodrigo Plei 08 Jun '11

08 Jun '11

Prezados, Gostraia de fazer um gráfico mostrando a média de porcentagem larvas transportadas por localidade, tendo como a linha de desvio o intervalo de confianca 95% (± 95% IC) da média dos mínimos quadrados (least square means) É possível fazer isso usando os recursos gráficos do R? A base de dados que tenho é assim: Local propLarvasTransp 1 0.75 1 0.37 1 0.42 1 0.25 2 0 2 0.22 2 0.15 2 0.05 3 0.11 3 0.14 3 0.07 3 0.16 . . . Encontrei em livros e na internet como plotar todos os tipos de desvios, menos esse bendito intervalo de confiança. Agradeço qualquer ajuda desde logo. Rodrigo -- =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8--> Rodrigo Silvestre Martins, PhD Bolsista FAPESP Pós-Doutorado Laboratório de Ecossistemas Pesqueiros (LabPesq) Universidade de São Paulo, Instituto Oceanográfico Praça do Oceanográfico, 191. Cidade Universitaria (sala 107-A/B) Butantã - São Paulo/SP, Brasil 05508-900 Tel: +55 11 3091 6549 Email: rodrigo.plei(a)gmail.com ; ocersm(a)lycos.com; rsmartins(a)usp.br CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777

2 2

sobre a utilização da função expression
by Antonio Silva 07 Jun '11

07 Jun '11

Olá, Quero escrever a equação de von Bertalanffy como um legenda em um gráfico. Utilizo o R no Ubuntu. A forma mais adequada de escrever a equação é Li=L∞×[1-e-k×(t-t0)], sendo "i" e "∞" subscritos e "-k×(t-t0)" sobrescrito. O "0" do "t0" também é subscrito. Para tal escrevi: legend(locator(1),bty="n",expression(L[i]==L["\U221E"]%*%(1-e^{-k%*%(t-t[0])})),cex=1.5) Notem que não consegui colocar os colchetes, repito os parêntesis ... Tentei várias formas como "[" ou mesmo "\U005B" mas não deu certo. Agradeço qualquer dica. Abraços, Antônio -- Antônio Olinto Ávila da Silva Biólogo / Oceanógrafo Instituto de Pesca (Fisheries Institute) São Paulo, Brasil

4 8

Criando arquivo com dados - Extracão
by Luciano Ramos Gonçalves 06 Jun '11

06 Jun '11

Tenho um arquivo com 11 colunas. A coluna 2 (V2) tem aproximadamente 300 /levels/. O que eu pretendo é separar todo o arquivo conforme esses leveis. Ou seja, sendo o level 1 "AAA", eu quero extrair todas as linhas cujo valor na segunda coluna seja "AAA" e gravar em um novo arquivo, usando "sink()" por exemplo. Como selecionar as linhas conforme o valor do level da segunda coluna? Grato, Luciano.

4 7

Integração Numérica - Método de Filon
by Tiago Vieira 06 Jun '11

06 Jun '11

Olá caros colegas, Estou com uma "quase árdua" tarefa de implementar no R uma função do Método de Filon para resolver integrais numericamente, mas estou com dificuldades para encontrar materiais (livres) que abordem o assunto de um modo prático. Alguém tem alguma bibliografia que me sugira, ou que possa me disponibilizar. Desde já agradeço! Att, Tiago Vieira. Obs.: Já tentei acessar o texto oficial de proposição do método, mas faltou $$$$$$...

1 0