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coeficiente AC1 de concordancia entre observações - os que dominam SAS ou VBA podem ajudar
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 13 Set '11

13 Set '11

Amigos de R, Estou interessado em estimar medidas de concordancia de sinais e sintomas de uma doença que foram medidos por dois observadores. Acontece que alguns dados que eu tenho são muito desviados ou com prevalencia do evento muito pequena o que causa problemas com o Kappa. >kap.2.raters(ecg$Q15.E1,ecg$Q15.E2) rater2 rater1 Sim Não Ignorado Sim 0 1 0 Não 0 304 0 Ignorado 0 0 0 Observed agreement = 99.67 % Expected agreement = 99.67 % Kappa = 0 Depois de fuçar por ai um pouco, achei esse texto aqui que talvez me ajude: http://www.agreestat.com/research_papers/bjmsp2008_interrater.pdf O desenvolvedor fez uma planilha em excel e disponibilizou aqui: http://www.agreestat.com/agreestat.html. Baixei a planilha do amigo mas nao consegui fazer funcionar de jeito algum (windows 7 home e Excel 2003 - macros habilitados) . No entanto, percebi que o amigo tambem disponibilizou alguns macros em SAS que estão no mesmo site. Fucei mais um pouco e descobri dois sujeitos que perguntaram por essa função na lista do R no ano passado mas sem resposta. Então tudo indica que essa função não exite disponível em R. Então estou apelando para os super usuarios da lista que tambem conhecem SAS, se poderiam ajudar a traduzir essa função do SAS para R?!??! Ou se alguem puder fazer funcionar a planilha em excel ou dar uma dica de como desproteger a planilha pra eu poder olhar os códigos está valendo. Se não puder eu agradeço assim mesmo. ;-) , Abraço forte e que a força esteja com você, Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365, CEP 21040-360, Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil(a)ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil(a)gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.libreoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional

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[OFF TOPIC] Epidemiologia - Colaboração acadêmica
by Marcelo Luiz de Laia 12 Set '11

12 Set '11

Prezado, Estou propondo um projeto de pesquisa para estudo de uma doença de plantas. Iremos buscar genes de resistência, analisar genótipos para identificar aqueles mais resistentes e analisar o patógeno para ver quais isolados são mais virulentos. Uma outra parte do projeto é tentar associar áreas de plantio ao risco de ocorrência da doença. Teremos dados de solo (química e física), dados da ocorrência da doença nos últimos anos (ocorrência e severidade), raças do patógeno, genótipos vegetais plantados, pluviosidade e outros, por cada área (fazenda, gleba, etc). Com isso, queremos correlacionar ou associar a ocorrência da doença causada por uma dada raça do patógeno com as características ambientais e, como produto final, mapear as áreas de risco para a doença, indicando os genótipos a serem plantados e aqueles que não devem ser plantados em uma dada área. Isso será a última parte de uma dissertação de mestrado. No início, a mestranda coletará todas as informações de campo, por um ano, fará o isolamento do patógeno a partir de solo, de tecido infectado e outros, analisará a variabilidade genética do patógeno por meio de marcadores microssatélites, identificará quais isolados são mais virulentos e identificará quais são os genótipos de plantas mais sensíveis e mais resistentes a cada isolado (10 mais virulentos). Logicamente, ela terá a ajuda de mais alunos, principalmente IC. Se você tem interesse em uma cooperação para a modelagem estatística, por favor, entre em contato comigo por e-mail (marcelolaia(a)gmail.com) Não há pagamentos para isso. Possivelmente teremos um artigo publicado e, caso tenha título de doutor, poderás participar da Banca de Defesa. Trata-se de trabalho acadêmico dentro de um programa de pós-graduação. Não responda para a lista, por favor! -- Marcelo Brazil Linux user number 487797

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União de poligonos
by Jose Vilton Costa 12 Set '11

12 Set '11

Pessoal,Gostaria de saber como faço para unir poligonos de um mapa e mante-los agregado no mapa. Explicando melhor, o meu mapa está subdividido em 49 regiões (id=1...49) e preciso unir os poligonos "24" e "36" em um único poligono, bem como, os poligonos "26" e "46". Desta forma o meu mapa deverá ter 47 regiões. No final de tudo, gostaria de ter um novo id para os poligonos que foram unidos". Para ler o meu mapa estou usando o seguinte código: mapa=readShapePoly("CS-region.shp",ID="ID", proj4string=CRS("+proj=utm +zone=23 +datum=SAD69")) Att,José Vilton

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Ajuda na construção de uma função
by Marcelo Cardoso mello 12 Set '11

12 Set '11

Olá pessoal. Envio um exemplo muito simples (abaixo). Preciso de ajuda para criar uma função “geral” para aplicar em matrizes e obter um resultado igual ao x abaixo (quadrado da distância euclidiana). Alguém poderia me dar algumas dicas. Grato. m1<-matrix(c(20,40,30,10,20,30), nc=3) m1 m11<-m1[1,]-m1[1,] m12<-m1[1,]-m1[2,] m21<-m1[2,]-m1[1,] m22<-m1[2,]-m1[2,] x<-matrix(c(t(m11)%*%m11,t(m12)%*%m12, t(m21)%*%m21, t(m22)%*%m22), nc=nrow(m1)) x # como criar uma função para combinar todas as linhas de m1? f1<-function(x) {x[row(x)== 1]-x[row(x)== 2]} f1(m1)

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Como combinar linhas de uma matrix?
by Marcelo Cardoso mello 12 Set '11

12 Set '11

Como eu posso realizar o procedimento abaixo de forma generalizada em uma matrix de “m” linhas? Obrigado. m1<-matrix(c(10,26,56,42,13,13), nc=3) m1 m11<-m1[1,]- m1[1,] m12<-m1[1,]- m1[2,] m21<-m1[2,]- m1[1,] m22<-m1[2,]- m1[2,]

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Eficiênica de algoritmo
by Mauro Sznelwar 12 Set '11

12 Set '11

Pessoal, eu tenho esta simulação que quero testar a eficiência em relação ao rchisq, mas não estou chegando no resultado do livro. Alguém poderia dizer o que estou fazendo de errado? U=runif(3*10^4) U=matrix(data=U,nrow=3) #matrix for sums X=-log(U) #uniform to exponential X=2* apply(X,2,sum) #sum up to get chi squares test1=X test2=rchisq(10^4,df=6) system.time(test1);system.time(test2) usuário sistema decorrido 0 0 0 usuário sistema decorrido 0 0 0 No livro tem este resultado: system.time(test1());system.time(test2()) user system elapsed 0.104 0.000 0.107 user system elapsed 0.004 0.000 0.004

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R2 em nls
by Stephan M. CARVALHO 11 Set '11

11 Set '11

Pessoal, Sou novo no grupo e gostaria de uma ajuda! Existe alguma maneira de obter o valor do R2 em um modelo nls (pred~beta1/(1+exp(beta2+beta3*X))? Obrigado Stephan -- *************************************************** STEPHAN M. CARVALHO "Honeybee protection and ecotoxicology" Universidade Estadual Paulista Centro de Estudo de Insetos Sociais Av. 24A, 1515 Bela Vista 13506-900 Rio Claro/SP Brazil smalfitano(a)uol.com.br msn: pefasmc(a)hotmail.com / Skype: smalfitano +55 19 3526-4284 (university) +55 19 3534-8523 (fax) +55 35 9103-9822 (mobile) +55 19 8161-9905 (mobile) Antes de imprimir, pense no meio ambiente! Before printing, think in the environment! Avant d'imprimer, pensez à l'environnement! ***************************************************

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Erro ao Instalar pacote no usando Emacs!
by Nory 11 Set '11

11 Set '11

Boa tarde pessoal, Há poucos dias eu instalei o Emacs no macbook e aprincípio tudo ia bem, porém, ao tentar instalar algum pacote ele mostra esse erro: > install.packages("scatterplot3d") Warning: unable to access index for repository http://brieger.esalq.usp.br/CRAN/bin/macosx/leopard/contrib/2.13 Warning message: In getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) : package 'scatterplot3d' is not available (for R version 2.13.1) Alguns dos senhores teriam alguma sugestão de ajuda? Forte abraço à todos!!! -- Nory Daniel de Carvalho Erazo Técnico em Sistemática Vegetal/Herbário Coordenação de Pesquisas em Biodiversidade Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia-INPA Av. André Araújo, 2936, Aleixo, CEP 69060-001, Manaus-AM Fone: (92) 3643-3125 Celular: (92) 9378-7592 E-mail: norydaniel(a)gmail.com <norydaniel(a)gmail.com>nory(a)inpa.gov.br

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Re: [R-br] ajuda soft R
by Walmes Zeviani 10 Set '11

10 Set '11

Fernando, Ao declarar a fórmula do modelo na função glm(), a matriz de delineamento (X) é construída de acordo com uma restrição paramétrica (por padrão zerar o efeito associado ao primeiro nível do fator) que torna não singular a matriz X'X. Você não precisa se preocupar com isso. É só declarar a fórmula do modelo na glm(), conhecer a restrição paramétrica usada que fica fácil interpretar a solução pedindo um summary(). Veja esse exemplo mediocre mas que ilustra o que falei, tr <- gl(3,4) y <- rbinom(length(x), size=50, prob=0.5) m0 <- glm(cbind(y, 50-y)~tr, family=binomial) summary(m0) # solução model.matrix(m0) # matriz de delinamento X contrasts(tr) # tipo de restrição Aconselho que envie suas mensagens para a nossa lista de discussão sobre R. Mais pessoas podem contribuir com você, com respostas objetivas e rápidas. Informações de cadastro, envio e etiqueta disponíveis em http://www.leg.ufpr.br/doku.php/software:rbr À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== 2011/9/10 Fernando Antonio de souza <nandodesouza(a)gmail.com> > Caro Prof. Walmer, > > Eu preciso fazer uma análise de regressão linear com efeitos fixos > (Y~X+Z+X:Z), porém a matriz X é singular e eu necessito fazer a inversa > generalizada para que eu possa encontrar uma solução. Estou utilizando a > função glm do software R. A pouco tempo descobri que no pacote (MASS) há uma > função chamada GINV o qual gera a inversa generalizada porém não sei como > colocá-la dentro do modelo para obter a solução. Você pode me orientar, como > fazer isto? > > Grato pela atenção > > Fernando > Zootecnista, Mestre em Nutrição de Ruminantes >

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metamodelagem
by Edmar Alino 09 Set '11

09 Set '11

Srs, boa noite, Estou tentando usar o R para metamodelagem. Quero usar redes neurais RBF, MLP e tambem gostaria de usar GASP. Sou iniciante no R e qualquer ajuda seria muito bemvindo! Grato desde ja pela atencao, Edmar Alino

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