- R-br - DINF UFPR

Re: [R-br] Resíduos intrigantes entre modelo ponderado e não-ponderado!
by Ivan Bezerra Allaman 24 Set '11

24 Set '11

Não diria que está errado, mais cautela! Realmente não é a mesma metodologia que o R utiliza para calcular resíduos padronizados, que segundo Cook & Weisberg (1982), Cox & Reid (2000), Weisberg (2005) e outros, temos: h <-lm.influence(mod)$hat s <- summary(mod)$sigma respadR <- residuals(mod)/(s*sqrt(1-h)) que é o resíduo que a lm utiliza na análise de resíduos. Equivalentemente, rstandard(mod) E isso descobri agora!! O método que utilizei para o cálculo dos resíduos padronizados, foi segundo Dean & Voss (1999), Montgomery (2001), http://www.leg.ufpr.br/~paulojus/embrapa/Rembrapa/Rembrapase25.html#x27-178… e outros. O que estava me intrigando era isso, que o meu resíduo padronizado estava diferente do resíduo padronizado da lm. O fato do modelo ponderado ter produzido os mesmos coeficientes do modelo não poderado não me espantou, uma vez que as estimativas do modelo ponderado estavam com um menor erro padrão, o que era de se esperar pela ponderação. (S,f,P) Allaman \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5076 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

5 5

Multiplos Plots
by Ricardo Fernandes Campos Junior 24 Set '11

24 Set '11

Olá, Pessoal. Estou com um problema que não consigo resolver. Estou tentando plotar duas linhas de densidade em um mesmo dispositivo gráfico. Preciso que as escalas fiquem fixas, então estou delimitando os eixos com xlim e ylim. O problema é que quando faço isso, as curvas de densidades não são plotadas. Segue um código reproduzível ### Assim funciona, já que não delimito os limites x=rnorm(1000,10,1) y=runif(1000,20,200) z=runif(1000,30,50) plot(density(x,weights=y,from=min(x),to=max(x)),main="Density") plot(density(x,weights=z,from=min(x),to=max(x)),main="Density") #mas assim não! plot(density(x,weights=y,from=min(x),to=max(x)),main="Density",xlim=range(x),ylim=range(c(y,z))) Já tentei em outro computador, dá a mesma coisa. Já usei a interface GUI do R (Eu uso Rstudio), e também não dá. Já tentei criar um plot pra delimitar os eixos e depois adicionar as curvas com lines(), mas o problema continua. Quem puder me ajudar, agradeço muito. -- Abraços, Ricardo Fernandes Campos Junior Departamento de Genética e Biologia Evolutiva Universidade de São Paulo

2 1

Re: [R-br] Matriz de variância/covariância
by Thiago De paula protásio 24 Set '11

24 Set '11

Obrigado Walmes...... A sua dica me ajudou muito. Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

1 0

Re: [R-br] Multiplos Plots
by Ivan Bezerra Allaman 24 Set '11

24 Set '11

Não há nada de errado, pois a função está retornando a densidade no domínio da função requerida! par(mfrow=c(2,2)) plot(density(x,weights=y,from=min(x),to=max(x)),main="Density") plot(density(x,weights=y,from=min(x),to=max(x)),main="Density",xlim=range(x),ylim=range(c(y,z))) plot(density(x,weights=y,from=min(x),to=max(x)),main="Density",xlim=range(x),ylim=c(35000,40000)) plot(density(x,weights=y,from=min(x),to=max(x)),main="Density",xlim=range(x),ylim=c(0,100)) Talvez esteja interessado nisso! plot(density(x,weights=y,from=min(x),to=max(x)),main="Density", xlim=range(x),ylim=c(0,40000)) par(new=TRUE) plot(density(x,weights=z,from=min(x),to=max(x)),main="Density", xlim=range(x),ylim=c(0,40000),col='red') \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5076 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

1 0

Matriz de variância/covariância
by Thiago De paula protásio 23 Set '11

23 Set '11

Pessoal; Novamente peço a ajuda de vcs.Preciso obter uma MANAVA e estimar a matriz de covariância entre médias de tratamentos.Preciso dessa matriz para fazer as correlações canônicas fenotípicas entre médias de tratamento. Alguém pode me ajudar?Muito obrigado! Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

2 1

Re: [R-br] Função estimate para o R
by Fernando Antonio de souza 23 Set '11

23 Set '11

> Caro Walmes, Os comando utilizados até agora foram os seguintes > > > > RegFixo<-glm(Y~-1+as.factor(estudo)/X,family=gaussian(),data=Pierre3)#considera > os efietos fixos porém considere o efeito do estudo > library("car") > Anova(RegFixo,type="III",test.statistic="F") #produz a soma de quadrados > tipo III > anova(RegFixo,test="F")#produz a soma de quadrados tipo I > summary(RegFixo) > > > Acontece que necessito estimar o modelo baseado nos erros padrões estimados > pela função glm e assim obter o intercepto total e a inclinação total do > modelo. E não sei qual função ou como fazer isto. > > > Eu anexei o artigo para q você olhe caso seja necessário. trata-se de um > passo a passo apresentado pelo autor para a realização de meta-analises.Ele > fornece o banco de dados utilizado bem como apresenta os comando utilizados > no SAS por ele. Eu estou repetindo os passo a passos para compreender o > pensamento por trás deste tipo de análise, porém quero realizá-los no R! > > > Abaixo segue o banco de dados (também coloquei em anexo em formato csv) > > > > Base de dados > > > > > > > obs estudo > X Y > > > > > > 1 1 1.16391 -2.92296 > 2 1 1.94273 -1.03365 > 3 1 2.50229 -1.00383 > 4 1 3.98627 1.33325 > 5 1 4.36177 1.13752 > 6 1 4.98954 1.59278 > 7 2 2.1091 -1.33751 > 8 2 2.28976 -1.14376 > 9 2 2.45645 -1.09304 > 10 2 4.95084 1.4274 > 11 2 5.92572 2.99572 > 12 3 2.09605 -0.70073 > 13 3 2.30059 -1.11007 > 14 3 3.90388 0.17334 > 15 3 5.15574 2.38882 > 16 3 5.57553 1.78167 > 17 3 5.60523 3.09353 > 18 4 3.1955 0.18097 > 19 4 4.32691 0.7431 > 20 4 5.04092 1.947 > 21 4 5.17521 1.07029 > 22 4 5.57254 2.71423 > 23 4 5.59532 2.43982 > 24 5 2.31878 0.26487 > 25 5 4.06027 1.99979 > 26 6 2.48122 1.31151 > 27 6 2.73224 1.32218 > 28 6 3.66628 2.52286 > 29 6 4.15568 2.83423 > 30 6 4.57694 2.99086 > 31 6 4.86356 3.90049 > 32 7 2.767 1.18358 > 33 7 2.79859 1.70206 > 34 7 2.97074 1.84639 > 35 7 3.85289 3.13155 > 36 7 6.24981 5.27271 > 37 7 6.80389 5.85844 > 38 8 2.74107 -0.26691 > 39 8 3.72445 1.32567 > 40 8 4.51721 1.04086 > 41 8 5.18536 2.40105 > 42 9 3.24046 3.12334 > 43 9 3.2864 3.52558 > 44 9 4.52824 4.29043 > 45 9 5.10468 4.04917 > 46 9 5.40578 5.55135 > 47 9 7.25461 7.2311 > 48 10 3.09531 3.31464 > 49 10 3.13951 2.5785 > 50 10 3.86928 4.0819 > 51 10 6.40856 6.6731 > 52 10 7.35976 6.8001 > 53 10 7.95716 8.2098 > 54 11 3.24974 2.8825 > 55 11 3.25369 4.8511 > 56 11 4.4005 4.3538 > 57 11 4.74897 6.076 > 58 11 4.96576 5.9062 > 59 12 3.00403 2.5733 > 60 12 3.1542 3.9324 > 61 12 4.95652 5.8456 > 62 12 5.35746 5.2066 > 63 12 5.62651 6.3312 > 64 12 6.53297 6.6019 > 65 12 6.6958 6.9498 > 66 12 7.83844 8.1031 > 67 13 5.44713 6.4838 > 68 13 5.82682 6.2341 > 69 13 6.76986 7.8937 > 70 13 6.87949 6.9477 > 71 13 8.47819 8.1336 > 72 14 4.31493 5.228 > 73 14 5.70501 6.0941 > 74 14 6.70113 7.6858 > 75 15 4.11223 5.2129 > 76 15 4.55329 5.2169 > 77 15 4.75641 6.1755 > 78 15 5.0742 5.7492 > 79 15 5.90125 6.5407 > 80 15 6.84886 6.7004 > 81 15 8.87813 10.2425 > 82 16 4.25114 5.3359 > 83 16 6.50762 9.1897 > 84 16 6.52857 8.4259 > 85 16 6.67694 8.2782 > 86 16 6.79539 8.3206 > 87 16 8.62833 10.4385 > 88 17 6.47237 7.6132 > 89 17 6.73826 7.7381 > 90 17 7.57947 8.5328 > 91 17 8.11267 8.9045 > 92 17 9.18169 9.7732 > 93 18 5.49319 6.6492 > 94 18 5.62711 6.4464 > 95 18 6.67182 8.5909 > 96 18 7.4494 9.2077 > 97 18 8.13165 9.365 > 98 18 8.31896 9.5025 > 99 18 8.74606 10.3598 > 100 18 8.92038 9.4361 > 101 18 9.43227 11.0051 > 102 19 6.06067 7.9306 > 103 19 7.98874 10.1887 > 104 19 8.35784 10.9856 > 105 19 9.52789 11.507 > 106 19 9.68213 12.6051 > 107 20 7.15668 9.9928 > 108 20 9.61256 > 12.2149 > > > > grato pela atenção > > > >

2 2

Transformar em mintuos diferença de horas
by Edson Lira 23 Set '11

23 Set '11

Gente, tenho os dados abaixo: DIA SAIDA CHEGADA 1 09/09/2011 08:11 11:20 2 09/09/2011 08:17 08:25 3 09/09/2011 08:45 09:05 4 09/09/2011 09:15 09:20 5 09/09/2011 09:30 09:35 6 09/09/2011 09:50 10:15 7 09/09/2011 10:40 10:55 8 12/09/2011 08:25 11:05 9 12/09/2011 08:30 08:45 10 12/09/2011 09:25 09:40 Como faço a diferença entre os tempos em horas e minutos transformando os resultados em minutos? []'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

2 1

Erro em função
by Carlos Mendonça 23 Set '11

23 Set '11

Caros, estou utilizando a função abaixo que calcula os quartis ponderados que funcionou muito bem até agora. tmp = subset(arq1, select=c(codigo, qtd, val)) equantileByCounts <- function(x, counts, qs){ tot <- sum(counts) i <- order(x) x <- x[i] counts <- counts[i] partial <- cumsum(counts) qsObs <- qs*tot start <- floor(qsObs) end <- ceiling(qsObs) i <- length(qs) aux1 <- sapply(1:i, function(.x, start, end, x){ coord <- c(start[.x], end[.x]) bins <- c(1, partial) grps <- cut(coord, bins, labels=FALSE, include.lowest=T) mean(x[grps]) }, start=start, end=end, x=x) names(aux1) <- names(qs) return(aux1) } aux1 <- do.call(rbind, lapply(split(tmp, tmp$codigo), function(y) equantileByCounts(y$qtd, y$val, c(.25, .75)))) O meu processamento é por trimestres e em apenas um deles deu a seguinte mensagem de erro: "Erro em cut.default(coord, bins, labels = FALSE, include.lowest = T) : 'breaks' não são únicos" Alguém saberia me dizer o que posso fazer? Um abraço, Carlos Mendonça.

2 14

Simulação de dados de um modelo linear
by Greice Laureano 23 Set '11

23 Set '11

Bom dia, Tenho uma duvida a respeito de uma simulação de um modelo linear Two-way com os efeitos fatorias aleatorios (sujeito, aferidor e interação) A questão é: Quero gerar vários bancos de dados (y) para realizar a simulação de diversos métodos de estimação para o coeficiente de correlação intraclasse. Eu gerei os efeitos fatoriais uma vez e a partir dessa geração geramos os y do modelo linear... Minha dúvida é se preciso gerar os efeitos fatoriais novamente a cada vez que gero um y ou se posso fazer como disse anteriormente, minha maior preocupação é perder informação dos efeitos fatorias ao gerar os mesmos a cada vez que montar um banco de dados!!! Obrigado! Saudações Greice. Abaixo esta o programa no R # Tamanho de amostra n.af=2 n.suj=29 rep=3 repl=5 ntot=174 var.af=0.915544 var.sj=51.987741 var.sjaf=1.215483 var.erro=0.8563 theta = -1.24795 ### Dados sujeito = rep(1:n.suj,each=(n.af*rep)) aferidor = rep(rep(1:n.af,each=rep),n.suj) interacao = rep(1:(n.af*n.suj),each=rep) ### Efeitos aleatórios set.seed(123) ef.aferidor = rnorm(n.af,0,sqrt(var.af)) ef.sujeito = rnorm(n.suj,0,sqrt(var.sj)) ef.inter = rnorm((n.suj*n.af),0,sqrt(var.sjaf)) ef.suj.rep = rep(ef.sujeito,each=(n.af*rep)) ef.af.rep = rep(rep(ef.aferidor,each=rep),n.suj) ef.inter.rep = rep(ef.inter,each=rep) ### modelo linear media = theta + ef.suj.rep + ef.af.rep + ef.inter.rep ### Geração dos dados #### y = replicate(repl,rnorm(ntot,media,sqrt(var.erro)))

2 2

RKward no UBUNTU 11.04
by Marley Saraiva 23 Set '11

23 Set '11

Olá! Estou começando a utilizar o R no ubuntu e instalei seguindo as instruções no site do R. Além disso instalei o RKWard. Alguém tem alguma dica ou comentário que possa evitar problemas futuros. Até o momento não tive problemas. Marley Apolinario Saraiva

1 0