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Análise de experimentos em faixas (medidas repetidas no tempo)
by Andre Oliveira 31 Out '18

31 Out '18

bom dia,de todos os métodos análises que busquei em livros, no google e aqui na lista r-br, sempre achei análises de experimento em blocos, achei nas bibliotecas ExDes e na agricalae tal análise, mas, preciso de script para o DIC. Alguém tem alguma dica de material para eu dar uma estudada? Sei que posso usar a lme4, mas, não estou seguro nas testes a posteriori. Grato

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Teste qui-quadrado
by Lucas Stempkowski 30 Out '18

30 Out '18

Boa tarde, Preciso realizar o teste qui-quadrado para comparação de frequências de classes de severidade de doenças, porém não tenho ideia de como fazê-lo utilizando o R. Eu tenho cinco classes de severidade (1 a 5), 4 doses de N e duas cultivares. A intenção é comparar as frequências entre doses e cultivares. Se alguém puder me ajudar agradeço. -- ----------------------------------------------------- Lucas Antonio Stempkowski Eng. Agronômo - UFFS Mestrando em Produção Vegetal CAV/UDESC +55 54 99153-0124/ 98448-4633 --------------------------------------------------

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[off-topic] Divulgação VIII Encontro dos Alunos em Estatística - ESALQ/USP
by Eduardo Junior 25 Out '18

25 Out '18

Prezados(as) redistas, O Programa de Pós-graduação em Estatística e Experimentação Agronômica da ESALQ está organizando o *VIII Encontro dos Alunos em Estatística e Experimentação*. O evento ocorrerá nos dias *21, 22 e 23 de novembro* e contará com minicurso, conferências, mesa redonda e comunicações orais. Nessa edição, o minicurso será "*Modelos de regressão não linear: teoria e aplicações*", ministrado pelo Prof. Dr. *Walmes Zeviani* (LEG/UFPR). As conferências serão proferidas por excelentes pesquisadores da área: Profa. Dra. *Clarice Demétrio* (ESALQ/USP), Prof. Dr. *Afrânio Vieira* (UFSCar), Profa. Dra. *Vera Tomazella* (UFSCar) e Profa. Dra. *Luzia Trinca* (UNESP/Botucatu). Confira os detalhes da programação e demais informações para submissão de trabalhos inscrições no endereço *https://esalq-ppgeea.github.io/encontro2018*/ <https://esalq-ppgeea.github.io/encontro2018/>. Save the date! [image: cartaz.png] -- Eduardo Elias Ribeiro Junior <https://jreduardo.github.io/> Master's candidate in Statistics and Agricultural Experimentation (ESALQ-USP) Statistics and Geoinformation Laboratory (LEG) URL: http://leg.ufpr.br/~eduardojr

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Re: [R-br] COMPARANDO CURVAS [DÚVIDA]
by sznelwar＠uol.com.br 22 Out '18

22 Out '18

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COMPARANDO CURVAS [DÚVIDA]
by Diego Vieira 21 Out '18

21 Out '18

Boa tarde pessoal, Estou querendo fazer a comparação de duas curvas ajustadas utilizando a função "nlsLM" do pacote "minpack.lm". No entanto, não consigo ajustar as duas curvas em um único nlsLM, para depois usar a anova para realizar um teste da razão de verossimilhança para testar a restrição em A, B e C. Alguém pode me ajudar a solucionar esse problema. Desde já agradeço muito a todas as sugestões. Além disso, preciso usar esse pacote por causa do algoritmo de Levenberg-Marquardt. Segue o script reproduzível. if(!require("minpack.lm")){install.packages("minpack.lm",dependencies=T);require("minpack.lm")} if(!require("lattice")){install.packages("lattice",dependencies=T);require("lattice")} d <- expand.grid(parA=c(1,1.99,3,4,5,6,6), sistema = factor(c("TRAT1","TRAT2"))) d$diversidade <- c(55.000, 19.572, 10.231, 7.225, 6.004, 5.4022, 5.0566, 62.000, 31.6952, 21.4178, 17.6125, 15.7654, 14.7072, 14.0334) #ajusta as duas curvas em um unico nlsLM n0 <- nlsLM(diversidade ~ A[sistema]/(1+B[sistema]*exp(-C[sistema]*parA)), data = d, start = list(A = c(-2.790,11.106), B = c(-1.050,-0.821), C = c(-0.090, 0.248))) #Mensagem de erro: # Error in dimnames(x) <- dn : # length of 'dimnames' [2] not equal to array extent # In addition: Warning message: # In matrix(out$hessian, nrow = length(unlist(par))) : # data length [9] is not a sub-multiple or multiple of the number of rows [6] #ajusta o modelo em que A, B e C seja comum aos dois tratamentos n1 <- nlsLM(diversidade ~ A/(1+B*exp(-C*parA)), data = d, start = list(A = 4.158, B = -0.9355, C = 0.079)) anova(n0,n1) -- Diego dos Santos Vieira Engenheiro Florestal - UFRA Mestre em Ciência Florestal - UFVJM Doutorando em Ciência Florestal - UFVJM

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Anova fatorial com medidas repetidas (e aninhamento?)
by Thallita Grande 17 Out '18

17 Out '18

Olá pessoal. Desejo comparar a variável "PC" (variável dependente contínua) entre 3 fatores (variáveis independentes categóricas: rede, ambiente e sensibilidade). Como tenho mais de uma medida para a mesma paisagem, creio que devo fazer uma ANOVA fatorial com medidas repetidas. No entanto, creio que haja um aninhamento entre os níveis da variável "sensibilidade", pois o tipo "sensível" é sempre um subconjunto do tipo "tolerante" (está contido em). Como considero esse aninhamento no teste? Por enquanto, meu código é: resultado=aov(PC ~ rede + ambiente + sensibilidade + Error(factor(paisagem))) paisagem PC rede ambiente sensibilidade 35 238.00 Sim florestal sensivel 35 247.00 Sim florestal tolerante 35 6.76 Sim savanico tolerante 35 228.00 Não florestal sensivel 35 228.00 Não florestal tolerante 35 5.15 Não savanico tolerante 36 113.00 Sim florestal sensivel 36 123.00 Sim florestal tolerante 36 144.00 Sim savanico sensivel 36 160.00 Sim savanico tolerante 36 87.50 Não florestal sensivel 36 87.50 Não florestal tolerante 36 127.00 Não savanico sensivel 36 127.00 Não savanico tolerante Obrigada. ----------------------------- Thallita Grande, M.Sc. Doutorado em Ecologia Instituto de Ciencias Biologicas Universidade de Brasilia - Campus Darcy Ribeiro Skype: thallita.grande CRBio 080256/04-D

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grep e gsub: substituição de linhas
by Elerson 17 Out '18

17 Out '18

Prezados, Tendo criar mais uma coluna em data. data$Var2 <- ifelse(grepl("BARREIRO|CENTRO-SUL|LESTE|NORDESTE|NOROESTE|NORTE|OESTE|PAMPULHA|VENDA NOVA|RMBH|MG|SEM INFORMACAO", data$Var1, ignore.case = TRUE), gsub(".*(BARREIRO|CENTRO-SUL|LESTE|NORDESTE|NOROESTE|NORTE|OESTE|PAMPULHA|VENDA NOVA|RMBH|MG|SEM INFORMACAO).*", "\\1",data$Var1), "OUTRO ESTADO") NOROESTE acaba sendo excluído de Var2, sendo substituído por OESTE. Não quero que isso aconteça. Penso seja por conta do "OESTE" nele contido, já que existe outra palavra OESTE. O restante está exatamente como eu quero. Abaixo, exemplo de como está ficando. Desde já agradeço. *Var1* *Freq* *Var2* SEM INFORMACAO 0,38 SEM INFORMACAO SEM INFORMACAO 0 SEM INFORMACAO BARREIRO 9 BARREIRO CENTRO-SUL 22,18 CENTRO-SUL CIDADE DE CANDEIAS/MG 0 MG CIDADE DE CORONEL FABRICIANO/MG 0 MG CIDADE DE ITABIRA/MG 0 MG CIDADE DE ITABIRITO/MG 0,13 MG GOVERNADOR VALADARES/MG 0 MG LESTE 5,83 LESTE NORDESTE 9,25 NORDESTE NOROESTE 13,05 OESTE NORTE 8,11 NORTE OESTE 7,48 OESTE PAMPULHA 8,87 PAMPULHA RMBH/BETIM 0 RMBH RMBH/BRUMADINHO 0 RMBH RMBH/CONTAGEM 1,01 RMBH RMBH/ESMERALDAS 0 RMBH SEM INFORMACAO 0,89 SEM INFORMACAO VENDA NOVA 13,31 VENDA NOVA

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 94, assunto 9
by Wilson Cohen 13 Out '18

13 Out '18

oi Thallita Você chegou até aqui? > summary(resultado) Error: factor(paisagem) Df Sum Sq Mean Sq ambiente 1 4871 4871 Error: Within Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) rede 1 1432 1432 0.236 0.639 ambiente 1 16179 16179 2.662 0.137 sensibilidade 1 2471 2471 0.406 0.540 Residuals 9 54706 6078 Em sex, 12 de out de 2018 às 12:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Anova fatorial com medidas repetidas (e aninhamento?) > (Thallita Grande) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Fri, 12 Oct 2018 01:22:42 +0000 > From: Thallita Grande <tata9go(a)hotmail.com> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] Anova fatorial com medidas repetidas (e aninhamento?) > Message-ID: > < > DM5PR15MB1659FB0E789FDBAEC3BE7C57FEE20(a)DM5PR15MB1659.namprd15.prod.outlook.com > > > > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Olá pessoal. > > > Desejo comparar a variável "PC" (variável dependente contínua) entre 3 > fatores (variáveis independentes categóricas: rede, ambiente e > sensibilidade). > > > Como tenho mais de uma medida para a mesma paisagem, creio que devo fazer > uma ANOVA fatorial com medidas repetidas. No entanto, creio que haja um > aninhamento entre os níveis da variável "sensibilidade", pois o tipo > "sensível" é sempre um subconjunto do tipo "tolerante" (está contido em). > > > Como considero esse aninhamento no teste? > > > Por enquanto, meu código é: > > > resultado=aov(PC ~ rede + ambiente + sensibilidade + > Error(factor(paisagem))) > > > > paisagem PC rede ambiente sensibilidade > 35 238.00 Sim florestal sensivel > 35 247.00 Sim florestal tolerante > 35 6.76 Sim savanico tolerante > 35 228.00 Não florestal sensivel > 35 228.00 Não florestal tolerante > 35 5.15 Não savanico tolerante > 36 113.00 Sim florestal sensivel > 36 123.00 Sim florestal tolerante > 36 144.00 Sim savanico sensivel > 36 160.00 Sim savanico tolerante > 36 87.50 Não florestal sensivel > 36 87.50 Não florestal tolerante > 36 127.00 Não savanico sensivel > 36 127.00 Não savanico tolerante > > > > > Obrigada. > > ----------------------------- > Thallita Grande, M.Sc. > Doutorado em Ecologia > Instituto de Ciencias Biologicas > Universidade de Brasilia - Campus Darcy Ribeiro > Skype: thallita.grande > CRBio 080256/04-D > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20181012/8c3e0e75/atta… > > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 94, assunto 9 > **************************************** > -- *Prof. MSc. Wilson Martins da Silva* *Mestre em Ecologia Aquática e Pesca - PPGEAP/ICB/UFPA* *Especialista em Biodiversidade Amazônica - UFPA/ATMDepto de Morfologia e Ciências Fisiológicas* *Centro de Ciências Biológicas e da Saúde* *Universidade do Estado do Pará* *Campus IX - Altamira - Pará* http://lattes.cnpq.br/2440617911389759 wilsoncelula(a)gmail.com, wilsoncelula(a)hotmail.com <wilsonms(a)ufpa.br>

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Transcrição de vídeos para textos!
by Andre Oliveira 12 Out '18

12 Out '18

Boa tarde! Tenho algumas entrevistas e preciso fazer uma nuvem de palavras sobre tais entrevistas. Tem algum pacote do R que faça as transcrições do áudio dos vídeos para texto? Grato

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dois gradientes de cores no ggplot2
by Priscila Lemes 10 Out '18

10 Out '18

Olá lista! Alguém saberia como incluir dois gradientes de cores no mesmo conjunto de dados? No ggplot? Tentei dividir o conjunto de dados, mas não rolou. meu codigo foi: > dat1 change values 1 -10 0.00 2 -9 0.50 3 -8 0.20 4 -7 0.30 5 -6 0.00 6 -5 0.00 7 -4 0.61 8 -3 0.40 9 -2 1.00 10 -1 0.80 > dat2 change values 1 5 0.61 2 3 1.00 3 10 0.50 4 2 0.00 5 7 0.00 6 6 0.50 7 8 0.00 8 10 0.30 9 6 0.61 10 6 0.20 p = ggplot() + xlim(-10, 10) + ylim(0,1) + labs(x= "change", y= "values")+ geom_point(data=dat1, aes(x=change, y=value, color=value), shape=19, size=3, alpha=0.5)+ scale_color_gradientn(colours=c("#FC4013","#FED246")) p1 = p+geom_point(data=dat2, aes( x=change, y=value, color=value), shape=19, size=3, alpha=0.5)+ scale_color_gradientn(colours=c("#5CB0FD","#4DE775")) + theme(axis.text.x = element_text(size=18,colour='grey8'), axis.text.y = element_text(size=18,colour='grey8'), axis.title.x = element_text(size=18,colour='grey8'), axis.title.y = element_text(size=20,colour='grey8'), strip.text.x = element_text(size=18,colour='grey8'), strip.background = element_rect(fill="transparent"), legend.position="none", legend.text=element_blank(), legend.title=element_blank(), legend.background = element_rect(fill="grey98", size=1, linetype="solid"), panel.background=element_rect("grey98")) p1 + geom_vline(xintercept = 0,colour="grey68",linetype='twodash', size=2)+ geom_hline(yintercept = 0.5, colour="grey78") -- *Priscila Lemes, * *PhD in Ecology and Evolution* *- UFG* <http://www.wix.com/rdloyola/lab> Post Doctoral, Department of Zoology, IB, UNESP - Rio Claro - São Paulo - Brazil http://lattes.cnpq.br/7228776843625214 Skype: plemes_

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