- R-br - DINF UFPR

Dúvida de Geoestatística
by Mauro Sznelwar 21 Abr '12

21 Abr '12

Queria saber se a bibliotéca GeoR faz kriging external drift (KED), e se tem o recurso para análise multivariada, onde eu tenho mais de uma variável como variável resposta. Outra coisa, se ela é tridimensional, pois eu tenho as dita cujas em várias camadas, é uma exploração arqueológica. Caso não tenha estes recursos, quais bibliotécas as tem?

2 3

Problema com pacote parallel
by Vanessa Leotti Torman 20 Abr '12

20 Abr '12

Prezados membros da lista, Bom dia. Estou rodando uma simulação bastante complexa, pois para cada replicação tenho que rodar uma cadeia mcmc através do pacote brugs (que necessita do software OpenBUGS). Para que a execução seja mais rápida, estou usando o pacote paralell, mais especificamente a função parCapply deste pacote. Os testes com poucas replicações funcionam perfeitamente. Mas quando coloco para rodar todas (4000), mesmo após várias horas executando, o Windows dá uma mensagem que o R front end parou de funcionar. Eu percebo através do gerenciador de tarefas que apenas um dos núcleos parou de executar, então clico em fechar e acabo perdendo todos os resultados. Já tentei não usar todos os núcleos do processador, mas mesmo assim o problema acontece. Alguém teria alguma sugestão? Abraços, Vanessa

3 5

Dependencias no mclapply
by Junior Beleti 20 Abr '12

20 Abr '12

Olá a todos. Na busca de melhorias no processamento paralelo, estou com uma dúvida quanto a função mclapply do pacote multicore. Benilton já me deu várias dicas de como proceder com o mesmo, mas ainda tenho a seguinte dúvida: - Quanto a questão de dependências dentro das operações do mclapply, por exemplo, nas seguintes instruções: mclapply(1:100, function(i) { g <- mvrnorm(n=1, mat.cokri[[1]],mat.cokri[[2]]) #1 seq1 <- seq(1,nlinhas,by=2) #2 seq2 <- seq(2,nlinhas,by=2) #3 y1 <- g[seq1] #4 y2 <- g[seq2] #5 gerado <- data.frame(y1,y2) #6 compos <- agl(gerado) #7 compos1 <- cbind(compos,compos1) #8 },mc.cores=4 ) - Em minha análise, cada um dos 4 núcleos vai executar todas as instruções dentro da função, ou seja, cada núcleo vai executar as 8 instruções dentro da função. Mas a dúvida surge quanto as dependências, visto que em uma execução sequencial, todas as instruções seriam executadas sequencialmente, e a próxima iteração só iniciaria após o resultado de "compos1" ter sido atribuído. E quanto ao processo paralelo, seria respeitado tal sequencia de instruções, ou seja, a segunda iteração inicia somente após "compos1" ter sido atribuído na primeira iteração? Como o mclapply possui tal controle? Estou ciente que esta questão pode ser mais da implementação do próprio pacote, mas se alguém puder me esclarecer ficaria muito grato. Att, Carlos Beleti.

6 13

Dúvida conectar R com Interbase/firebird
by Marco Pollo 20 Abr '12

20 Abr '12

Caros, Registro os agradecimentos do email anterior, mas, alguém saberia qual seria configuração do ODBC (na plataforma Windows 32bits) para essa base? E como ficaria o comando odbcConnect, considerando minhas tentativas (infrutíferas) registradas abaixo: Configuração do meu ODBC INTERBASE/FIREBIRD : TENTATIVAS NO R: 1ª tentativa: channel <- odbcConnect(SISATER, uid = "SYSDBA", pwd = "masterkey") Erro em paste("DSN=", dsn, sep = "") : objeto 'SISATER' não encontrado 2ª tentativa: channel <- odbcConnect(SISATER.GDB, uid = "SYSDBA", pwd = "masterkey") Erro em paste("DSN=", dsn, sep = "") : objeto 'SISATER.GDB' não encontrado 3ª tentativa: channel <- odbcConnect(C:\SISATER\SISATER.GDB, uid = "SYSDBA", pwd = "masterkey") Erro: entrada inesperado em "channel <- odbcConnect(C:\" Obrigado Marco Pollo

2 1

Re: [R-br] Dependencias no mclapply
by Junior Beleti 20 Abr '12

20 Abr '12

Okay Benilton, entendido.. Obrigado, Carlos Beleti.

1 0

STARMA
by Gilbert Queiroz 20 Abr '12

20 Abr '12

Alguém pode me ajudar a encontrar alguma coisa referente a isto???? Mesmo que ainda não tenha código p/ o R. Abs. Gilbert

3 3

(sem assunto)
by Paulo Ricardo Silva Moreira 19 Abr '12

19 Abr '12

Boa tarde, Estou precisando usar a função tapply. Alguém sabe como utilizá-la? Att, Paulo Ricardo.

3 2

Soma de quadrados de regressão..
by Julia Maria 19 Abr '12

19 Abr '12

Pessoal, como sempre estou com algumas dúvidas básicas. Eu ainda estou na graduação e estou me adaptando ao R. Será que alguem poderia me tirar uma dúvida? Quando faço uma analise de um modelo de regressão no R, por exemplo, do modelo: m1<-lm(Y~-1+x1+x2+x3+I(x1^2) +I(x2^2)+I(x3^2) (as variáveis estao definidas corretamente em um arquivo a parte) e peço anova ele solta as SQs de cada coeficiente. Gostaria de saber se há alguma forma de obter um quadro de análise de variância da regressão, com a soma de quadrados da regressao linear e da regressao quadratica, ao inves de cada coeficiente.

3 2

Fwd: [paleontropica] Macroevolution in R Short Course: Call for Applicants
by D'Apolito 19 Abr '12

19 Abr '12

We are pleased to announce an intensive short course on using R to perform comparative methods to be held in Santa Barbara on June 11th to June 15th. This course is funded by the National Science Foundation, and a number of stipends to cover or defray travel, room, and board are available to qualified students and post-docs. Topics covered will include an introduction to the R programming language, tree manipulation, independent contrasts and phylogenetic generalized least squares, ancestral state reconstruction, models of character evolution, diversification analyses, and community phylogenetic analysis. If you are interested please submit your CV along with a short (maximum 1 page) description of your research interests, background, and reasons for taking the course. Admission is competitive, and the best applications come from students with data sets to analyze. International applicants are welcome. To apply visit this URL: tinyurl.com/macro-in-R Application deadline: April 30th. Individuals from cultural, racial, linguistic, geographic and socioeconomic backgrounds that are currently underrepresented in science are especially encouraged to apply. Please contact the co-organizers, Michael Alfaro (michaelalfaro(a)ucla.edu) and Luke Harmon (lukeh(a)uidaho.edu) with any questions. -- David Bapst Dept of Geophysical Sciences University of Chicago 5734 S. Ellis Chicago, IL 60637 http://home.uchicago.edu/~dwbapst/ http://cran.r-project.org/web/packages/paleotree/index.html _______________________________________________ Paleonet mailing list Paleonet(a)nhm.ac.uk http://mailman.nhm.ac.uk/mailman/listinfo/paleonet __._,_.___ Responder a remitente<alc1006@hotmail.com?subject=RE%3A%20Macroevolution%20in%20R%20Short%20Course%3A%20Call%20for%20Applicants>| Responder a grupo<paleontropica@gruposyahoo.com?subject=RE%3A%20Macroevolution%20in%20R%20Short%20Course%3A%20Call%20for%20Applicants>| Responder mediante la Web<http://espanol.groups.yahoo.com/group/paleontropica/post;_ylc=X3oDMTJxbmVxa…>| Crear un tema nuevo<http://espanol.groups.yahoo.com/group/paleontropica/post;_ylc=X3oDMTJmNWo4a…> Mensajes con este tema<http://espanol.groups.yahoo.com/group/paleontropica/message/1633;_ylc=X3oDM…>( 1) Actividad reciente: Visita tu grupo<http://espanol.groups.yahoo.com/group/paleontropica;_ylc=X3oDMTJmMmg2N3E1BF…> [image: Yahoo! Grupos]<http://espanol.groups.yahoo.com/;_ylc=X3oDMTJldGQxdTA0BF9TAzk3NDkwNDU3BGdyc…> Cambiar a: Solo Texto<paleontropica-traditional@gruposyahoo.com?subject=Change+Delivery+Format:+Traditional>, ReseÃ±a Diaria<paleontropica-digest@gruposyahoo.com?subject=Email+Delivery:+Digest>• Cancelar suscripción<paleontropica-unsubscribe(a)gruposyahoo.xn--com?subject=cancelar+suscripcin-99c>• Condiciones de uso <http://e1.docs.yahoo.com/info/utos.html> . __,_._,___ -- _____________________________________ *Carlos D'Apolito Júnior - Intern* Center for Tropical Paleoecology and Archeology-CTPA Smithsonian Tropical Research Institute-STRI Panama City (507) 212-8019 CV: http://lattes.cnpq.br/4557754746424026

1 0

duvida comando read.fwf
by Alexandre Heinemann 18 Abr '12

18 Abr '12

Caros Colegas, Gostaria de saber se alguem poderia me ajudar a entender por que o comando abaixo não funciona? Abaixo segue exemplo com 1 arquivo, mas tenho mais de 100 arquivos para ler. http://www.datafilehost.com/download-7e562cad.html (link para download do arquivo utilizado como exemplo (somente 1 arquivo)) #codigo nasaAirTempFiles <- file.path("NASA", "Files", paste("temperature", 1:1, ".txt",sep="")) head(nasaAirTempFiles) [1] "NASA/Files/temperature1.txt" tempDF <- read.fwf(nasaAirTempFiles[1],skip=7,widths=c(-12, rep(7, 24))) #esse comando não funciona??? Error in file(file, "rt") : cannot open the connection In addition: Warning message: In file(file, "rt") : cannot open file 'NASA/Files/temperature1.txt': No such file or directory tempDF <- read.fwf("cloudhigh1.txt",skip=7,widths=c(-12, rep(7, 24))) # qdo substituo o nome do arquivo "nasaAirTempFiles[1]" para "cloudhigh1.txt" o nome original do arquivo (link para download) funciona head(tempDF) V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 V10 V11 V12 V13 V14 V15 V16 V17 V18 V19 V20 V21 V22 V23 V24 1 26.0 23 23.0 17.0 19.5 17.0 16.0 16.0 16.0 19.0 18.0 19.0 19.5 19.5 18.0 16.0 14.0 14.0 14.0 18.0 20.5 22.0 25.5 25.5 2 20.0 20 18.5 16.5 18.0 15.0 15.0 15.0 16.0 15.0 15.0 17.5 17.0 17.0 17.0 17.5 17.5 18.0 19.0 19.0 20.0 22.0 23.5 23.5 3 16.0 16 14.0 12.5 13.5 14.5 13.5 13.5 13.5 13.0 13.0 16.5 18.5 20.0 21.0 21.0 21.0 20.5 20.5 19.5 19.0 19.0 19.0 20.5 4 13.0 11 11.0 11.0 14.0 13.5 11.5 12.0 15.0 18.0 18.0 18.5 20.5 20.5 18.5 18.0 17.0 15.0 15.0 14.0 13.0 13.0 13.5 12.5 5 7.5 8 10.5 10.5 15.0 16.5 19.5 20.0 20.5 19.5 17.0 16.0 16.0 16.0 12.5 9.5 8.5 7.5 5.5 4.5 4.5 6.5 6.5 10.0 6 8.0 11 13.0 19.5 19.5 26.0 27.5 25.5 20.0 14.0 9.5 8.5 10.0 8.0 4.5 5.0 5.0 4.5 3.5 2.5 2.5 4.0 8.0 12.5 Att., Alexandre

4 4