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Dúvida- resposta do Walmes
by Fernando A. Souza 13 Set '12

13 Set '12

Caro walmes, Ha algum tempo atras postei uma dúvida a respeito de testes de comparações multiplas para dados desbalanceados. E você então postou a seguinte resposta a qual reproduzo novamente abaixo e que foi de grande ajuda. Depois de entender tudo que você postou fiquei com a seguinte dúvida: Em seu exemplo no final da resposta, vc executa a função glht do pacote multicomp, baseado em seu contraste de interesse. A função acima utiliza o procedimento step-one (Default), o qual segundo o autor do livro do pacote multicomp é um procedimento conservador. Com base em sua abordagem como fica esta questão de escolher um teste menos conservador (ex. SNK) ou mais conservador (Ex.Tukey)?Não importa mais qual o tipo de teste utilizado, desde que ele controle a taxa de erro? grato pela atenção "Eu prefiro usar a multcomp porque lá eu tenho controle total das comparações que quero fazer. Eu aprendi a usá-la antes de pacotes mais dedicados estarem disponíveis. Basicamente, qual o problema das comparações múltiplas? É o fato de você testar muitas hipóteses e isso elevar rapidamente a taxa de erro tipo I global. Qual a solução? Lançar mão de métodos que mantenham essa taxa global próximo do valor nominal, na sua maioria 5%. Tudo o que se conhece sobre testes de comparações múltiplas são conceitualmente maneiras de fazer isso. Cada um lança mão de um princípio para fazê-lo e por isso possem alguma divergência. Alguns deles se baseiam no fato das estimativas terem mesma precisão e serem independentes, o que ocorre em todo experimento de fatores categóricos completamente cruzados e balanceado. Nesses casos a matriz de covariância das estimativas das médias é diagonal. Com fatores cruzados mas não balanceado (diferente número de repetições), será diagonal com precisões diferentes para cada nível do fator. Com cruzamento incompleto, chamado de perda de caselas, você terá elementos fora da diagonal não nulos. É importante que você entenda que médias amostrais só são estimadores admissíveis para médias (parâmetro) em raras situações. Deve usar médias obtidas matricialmente, que foi batizado por aí de médias ajustadas. Eu pessoalmente não vejo porque o uso da palavra ajustado se de fato é o procedimento correto, o caso geral para estimar uma média. As médias amostrais é que deviam ser chamadas de "médias possivelmente desajustadas/viesadas". Eu gosto da multcomp porque o que tá implementado lá resolve todos os casos e faz o que tem que fazer, controlar a taxa nominal de significância (conduza um estudo de simulação e verifique se for o caso). Os tipos de somas de quadrados em si não têm importância porque as incertezas sobre as médias estão na matriz de covariância das estimativas e são invariantes a soma de quadrado. Além do mais, essa coisa de soma de quadrado é particular da anova e comparações múltiplas de estimativas podem ser aplicadas em qualquer situação, seja em GLM e até mesmo para parâmetros em modelos de regressão não linear. Esqueça uso de letras seguindo as médias. Faça um gráfico dos contrastes do teu interesse e verifique se o valor nulo está contido no intervalo de confiança. Para ilustrar, rode o CMR #------------------------------------------------------------------------------------------ require(doBy) # caso 1 # experimento balanceado e completamente cruzados níveis de bloc e trat da <- expand.grid(trat=gl(3,1), bloc=gl(2,2)) da$y1 <- rnorm(nrow(da), 10, 0.1) str(da) m0 <- lm(y1~bloc+trat, da) ctr <- popMatrix(m0, effect="trat") dim(ctr) V0 <- vcov(m0) dim(V0) vm0 <- ctr%*%V0%*%t(ctr) vm0 # mesma precisão e sem correlação #------------------------------------------------------------------------------------------ # caso 2 # experimento desbalanceado e completamente cruzados níveis de bloc e trat da$y2 <- da$y1 da$y2[1:2] <- NA # trat 1 e 2 têm apenas 2 repetições (desbalanceamento) m1 <- lm(y2~bloc+trat, da) V1 <- vcov(m1) vm1 <- ctr%*%V1%*%t(ctr) vm1 # trat 1 e 2 tem maior variância mas fora da diagonal é zero! #------------------------------------------------------------------------------------------ # caso 3 # experimento desbalanceado e completamente cruzados níveis de bloc e trat da$y3 <- da$y1 da$y3[c(1,4,9,12)] <- NA # trat 1 não observado no bloc 1 (perda completa de combinação) m2 <- lm(y3~bloc+trat, da) V2 <- vcov(m2) vm2 <- ctr%*%V2%*%t(ctr) vm2 # diferença de precisão round(cov2cor(vm2),3) # agora tem presença de correção devido não ortogonalidade #------------------------------------------------------------------------------------------ # em qualquer caso, multcomp pode comparar as médias, escolha 1 deles e faça comb <- combn(1:nlevels(da$trat), 2) # 1 vs 2, 1 vs 3, 2 vs 3 mcomp <- ctr[comb[1,],]-ctr[comb[2,],] # matriz de contrastes 2 a 2 require(multcomp) g0 <- glht(m2, linfct=mcomp) summary(g0) plot(g0) # diferenças nas amplitudes refletem o número de repetições #------------------------------------------------------------------------------------------ À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br <mailto:walmes@ufpr.br> twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes <http://www.leg.ufpr.br/%7Ewalmes> linux user number: 531218

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Auto-correlação residual utilizando a gnls
by Tales Fernandes 13 Set '12

13 Set '12

Olá Pessoal, gostaria de contar com a experiência de vocês. Estou com problemas no momento de estimar o parâmetro de auto-correlação residual utilizando a gnls. Fiz o teste Durbin-Watson e como conclusão os resíduos são dependentes. Mas quando estimo os parâmetros de acordo com a fórmula abaixo a função me retorna que a estimativa do parâmetro de autocorrelação, "Phi1", é zero. Minha variável independente é daf e a variável dependente é mfs2. reg3=gnls(mfs2~((alfa)/(1 + exp(beta - gama*daf))), start=c(alfa=1.5,beta=3,gama=0.015), weights=varExp(form=~daf),correlation=corAR1(form=~daf)) Li a documentação da "nlme" mas não consigo compreender a diferença de declarar a correlação de outras formas, como por exemplo: reg2=gnls(mfs2~((alfa)/(1 + exp(beta - gama*daf))), start=c(alfa=1.5,beta=3,gama=0.015), weights=varExp(form=~daf),correlation=corAR1(form=~1|daf)) reg3=gnls(mfs2~((alfa)/(1 + exp(beta - gama*daf))), start=c(alfa=1.5,beta=3,gama=0.015), weights=varExp(form=~daf),correlation=corAR1()) Se possível alguém poderia esclarecer qual eu deveria utilizar e qual a diferença entre estas formas. DETALHE: Apenas na reg3 o parâmetro Phi1 é diferente de zero, mas utilizando este método ele dá diferente de zero mesmo quando os resíduos são independentes. Grato. Tales Jesus Fernandes Doutorando em Estatística UFLA Universidade Federal de Lavras

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[Dúvida] Pacote em R.
by Pedro Rafael 13 Set '12

13 Set '12

Pessoal a pessoa que cria ou mantém algum pacote no R ou qualquer outra linguagem/software terá esse trabalho reconhecido em concursos assim como uma publicação em revista? Existe algum reconhecimento de pontuação para esses trabalhos? Falo mais com respeitos à concursos acadêmicos. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.

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Re: [R-br] Ajuda com substituição de valores em um data frame
by Walmes Zeviani 12 Set '12

12 Set '12

Olá. É mais interessante que você envie suas dúvidas para a lista pois (1) você pode obter diversas soluções (2) você pode ser respondida em menos tempo (3) sua mensagem pode interessar a mais pessoas (4) ela fica no histórico da lista para consulta futura. Segue uma possível solução usando match(). da <- matrix(sample(c("a","c","g","t"), 20, replace=TRUE), ncol=5) da typeof(da) # matrix de character, converter seu data.frame para matriz com as.matrix() atual <- c("a","c","g","t") recod <- c(1,2,1,2) data.frame(atual, recod) indic <- match(da, atual) # matriz de indices db <- matrix(recod[indic], nrow=nrow(da)) db # matriz recodificada, as.data.frame(db) # pode ser convertida para data.frame com as.data.frame À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br skype: walmeszeviani twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== 2012/9/11 <elisabpereira(a)gmail.com> > Olá, > > tudo bem? > Desculpe enviar um e-mail diretamente para você, mas já enviei minha > dúvida para o fórum do R e não consegui resolver meu problema. Vi que vc > ajuda muitas pessoas por aqui, e se não for pedir muito, também queria uma > ajudinha. > > Tenho um data frame de 21 linhas e 329 colunas. As células do data frame > são compostas pelos caracteres "a", "c", "g" ou "t". Quero fazer com que as > células preenchidas pelos caracteres "a" ou "g" sejam substituídas pelo > numeral 1, e as células com os caracteres "c" ou "t" sejam substituídas por > 2. > > Quando uso: > ifelse(dataframe=="a",1,0) > > Nesse caso, as células com "a" são substituídas pelo valor 1 e as demais > são substituídas por 0. > Tem alguma forma de fazer com q elas sejam substituídas por 1 e que o > restante permaneça como está? Desta forma eu poderia usar o ifelse quatro > vezes, uma para cada caracter. > Também tentei usar: > if (dataframe=="a") {1} else > if (dataframe=="g") {1} else > if (dataframe=="t") {2} else > if (dataframe=="c") {2} > Mas recebo o seguinte warning: "a condição tem comprimento > 1 e somente o > primeiro elemento será usado" > > Também tentei usar o recode, mas não consegui fazer funcionar. > > Muito obrigada pela ajuda!!! >

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título Gráfico para dois graficos ou mais
by Edson Lira 12 Set '12

12 Set '12

Pessoal, tenho três gráficos em uma mesma janela. Vejam a rotina abaixo: y<-c(1,2,3,4,5) x<-c(2,3,4,5,6) par(mfrow=c(1,2)) plot(y,main="y") plot(x,main="x") tenho os dois gráficos lado a lado com seus títulos respectivos. Como faço para incluir um título para os dois, tipo: Valores de X e Y, centralizado entre os dois gráfics. Boa noite Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Combinar listas...
by andrebvs 12 Set '12

12 Set '12

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Edição de figuras no R
by Ari Clecius 11 Set '12

11 Set '12

Prezados colegas, estou submetendo um artigo em uma revista que pede que as figuras sejam editáveis, mas o formato fornecido pelo R não permite, alguém teria alguma solução? Att, Ari Clecius Alves de Lima Engenheiro Químico Me. Engenharia Civil (085)87687786 (085)33669042

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OT Fwd: Edital de Seleção Mestrado ENCE
by Leandro Marino 11 Set '12

11 Set '12

Enviado de um dispositivo móvel. Sent from a mobile device. ---------- Mensagem encaminhada ---------- De: "Suzana Cavenaghi" <suzana_cavenaghi(a)uol.com.br> Data: 10/09/2012 23:49 Assunto: Edital de Seleção Mestrado ENCE Para: <cpgence(a)ibge.gov.br> Colegas, Envio o Edital de Seleção do Mestrado em Estudos Populacionais e Pesquisas Sociais, para Turma 2013, da ENCE e peço colaboração para ampla divulgação em listas que possam ter interessados. Caso tenham dificuldades em abrir os arquivos anexos, estes estão disponíveis em http://www.ence.ibge.gov.br/web/ence/processo-seletivo-mestrado. Muito obrigada. Abraços. Suzana

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Re: [R-br] Problemas com rgl!
by Ivan Bezerra Allaman 10 Set '12

10 Set '12

Boa tarde Oswando! Fiz aquilo que recomendastes, não entanto não surgiu nenhum efeito, veja: ivan-Inspiron-N5110 ivan # sudo apt-get build-dep r-cran-rgl Lendo listas de pacotes... Pronto Construindo árvore de dependências Lendo informação de estado... Pronto A escolher 'rgl' como pacote pacote de código fonte em vez de 'r-cran-rgl' 0 pacotes atualizados, 0 pacotes novos instalados, 0 a serem removidos e 0 não atualizados. Outra sugestão? Grato! \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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Re: [R-br] Erro GVim+R
by Roney Fraga 09 Set '12

09 Set '12

Jakson, Acabei optando pelo plugin do R para o gedit. Obrigado novamente pela ajuda e pela elaboração tando do vim-r quanto do Rgedit. Atenciosamente -- Roney

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