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Heatmap plot
by Rodrigo Lopez 21 Fev '19

21 Fev '19

Preciso representar uma matriz de correlação (6x6) com um "gráfico de "calor". É possível realizar este procedimento somente com a matriz? Ou terei que usar os dados originais, calculando a correlação pelo R? library(ggplot2); library(reshape2); colnames(componentes)[1:6] = c("TT","RT","NRI","NSI","WTS","SY"); qplot(x=X1, y=X2, data=melt(cor(components [,c(1:6)], use="p")), fill=value, geom="tile") +scale_fill_gradient2(limits=c(-1, 1)); Rodrigo R. Lopes Engenheiro Agrônomo, Dr. CREA RS122642 http://lattes.cnpq.br/7651127569091762

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Acrescentar nomes no eixo x
by Maurício Lordêlo 20 Fev '19

20 Fev '19

Olá! Preciso colocar nomes no eixo X de um gráfico feito usando a função plot(). Cada valor do "y" corresponde a uma estação do ano. Segue o script: estacao = as.factor(c("Outono","Inverno","Primavera","Verão")) x = 1:4 y1 = rnorm(4, 3,1) y2 = rnorm(4, 3, 1) y3 = rnorm(4, 4, 1.5) y4 = rnorm(4, 3.5, 1) data.frame(y1,y2,y3,y4,estacao) plot(y1~x, axes= FALSE,lwd=1,type='b', xlab = 'Estação',ylab ="ETo (mm/d)",ylim=c(0,6)) lines(y2~x,col="red",type="b") lines(y3~x,col="green",type="b") lines(y4~x,col="black",type="b") axis(2) #os dois comandos abaixo foram tentativas que não deram certo: axis(1, names("estacao")) axis(1, at=c("Outono","Inverno","Primavera","Verão")) legend(1.5,6,c("M1","M2","M3","M4"), col = 1:4, lty = rep(1,4), horiz=T, ncol = 1) Agradeço caso tenham alguma sugestão. Maurício

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Variáveis dentro de um pacote
by Cleber Borges 19 Fev '19

19 Fev '19

Boa tarde a todos, Estou criando um pacote do R e gostaria que o mesmo tivesse algumas variáveis. Para algumas informações que são imutáveis eu simplesmente salvei as variáveis no arquivo *sysdata.rda* dentro da pasta R do pacote. Essa estratégia serviu para as variáveis que são estáticas. Porém para as que terão conteúdo realmente variável durante a execução, eu não achei como fazer. Alguém tem alguma indicação de como fazer isso ou alguma referencia para ler? Já agradeço por qualquer ajuda. Obrigado. Cleber Borges

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"probability heat map" no R
by Luiz Leal 18 Fev '19

18 Fev '19

Prezados, bom dia. Tenho o seguinte conjunto de dados (apresentado de forma resumida): | Distance | Position | Friction | | 3450 | -6 | 0,68 | | 3350 | -6 | 0,67 | | 3450 | -3 | 0,7 | | 3350 | -3 | 0,73 | | 3450 | 3 | 0,74 | | 3350 | 3 | 0,74 | | 3450 | 6 | 0,62 | | 3350 | 6 | 0,72 | Eu precisava de um "heat map" que apresentasse os resultados da "Friction" em termos de probabilidade, mas não achei nada na internet que me atendesse (probability map, density heat map, etc).Alguém teria alguma sugestão?Desde já agradeço. Luiz

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 98, assunto 9
by Wilson Cohen 15 Fev '19

15 Fev '19

Erro na função saveWorkbook do pacote openxlsx Um video que fiz de como usar facilmente o OPENXLSX. Nunca me falhou! https://www.youtube.com/watch?v=jJBlIc_nQ6M Um abraço Em sex, 15 de fev de 2019 às 11:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Erro na função saveWorkbook do pacote openxlsx > (Jobenil Luiz Magalhães Júnior) > 2. Re: "probability heat map" no R (Cesar Rabak) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Thu, 14 Feb 2019 14:51:45 -0200 > From: Jobenil Luiz Magalhães Júnior <pjobenil(a)gmail.com> > To: Grupo R-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] Erro na função saveWorkbook do pacote openxlsx > Message-ID: > <CALiz7qqXKtvj0Vz5Vvn+p=84wd6= > qZgtc35Y9wr1OULOq_SRcA(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Prezados(as) > > > > Estou tentando transferir para uma planilha excel o resultado de uma > tabulação que me gera o objeto “table” abaixo. > > >t03 > > > > Filial1 Filial2 Filial3 Filial4 Filial5 > > Concordo 0.6753247 0.5974026 0.5402299 0.7352941 > 0.5595238 > > Discordo 0.1168831 0.1688312 0.2241379 0.1029412 > 0.2321429 > > Não Sei 0.2077922 0.2337662 0.2356322 0.1617647 > 0.2083333 > > > > Filial6 Filial7 Filial8 Filial9 > > Concordo 0.7407407 0.8292683 0.5897436 0.6293103 > > Discordo 0.1018519 0.0000000 0.2307692 0.1896552 > > Não Sei 0.1574074 0.1707317 0.1794872 0.1810345 > > > > Estou empregando o pacote openxlsx e uso os seguintes comandos. > > wb <- loadWorkbook(file = "tab_03_38.xlsx") > > writeData(wb, sheet = "Planilha1", t03, startCol = 1, startRow = 1, > colNames = TRUE, rowNames = TRUE) > > saveWorkbook(wb, "tab_03_38.xlsx", overwrite = TRUE) > > > > Que está me retornando o seguinte erro: > > Error in write_file(head = sprintf("<sst > xmlns=\"http://schemas.openxmlformats.org/spreadsheetml/2006/main\" > count=\"%s\" uniqueCount=\"%s\">", : > > Expecting a single string value: [type=character; extent=0]. > > > > Fiz inúmeras tentativas e procurei por várias soluções nas diversas redes > de conhecimento inclusive no GitHub do criador e não obtive o resultado > esperado. > > Tenho usado há pelo menos 2 anos este pacote para diversos outros trabalhos > e estou preocupado com a possibilidade de ter que refazer todos os scripts > que se repetem ao longo do ano. > > Por acaso alguém conhece como solucionar este problema ou poderia me > oferecer alguma outra orientação sobre como poderei realizar esta > transferência? > > Agradeço desde já seu apoio. > > Att. > > Jobenil Júnior > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20190214/4f3d3e23/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Thu, 14 Feb 2019 14:53:47 -0200 > From: Cesar Rabak <cesar.rabak(a)gmail.com> > To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] "probability heat map" no R > Message-ID: > <CAKrF98= > RquAfGtEjTBzp4gBf6G3z9c37iQntGHvnN5wkgDSKpg(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > E como essa probabilidade seria calculada a partir de "friction"? > > Sendo que "distance" e "position" são dados como você que identificar seus > resultados no *heat map*? > > > On Thu, Feb 14, 2019 at 11:37 AM Luiz Leal por (R-br) < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > > > Prezados, bom dia. Tenho o seguinte conjunto de dados (apresentado de > > forma resumida): > > > > Distance Position Friction > > 3450 -6 0,68 > > 3350 -6 0,67 > > 3450 -3 0,7 > > 3350 -3 0,73 > > 3450 3 0,74 > > 3350 3 0,74 > > 3450 6 0,62 > > 3350 6 0,72 > > Eu precisava de um "heat map" que apresentasse os resultados da > "Friction" > > em termos de probabilidade, mas não achei nada na internet que me > atendesse > > (probability map, density heat map, etc). > > Alguém teria alguma sugestão? > > Desde já agradeço. > > > > Luiz > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20190214/070a2a87/atta… > > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 98, assunto 9 > **************************************** > -- *Prof. MSc. Wilson Martins da Silva* *Mestre em Ecologia Aquática e Pesca - PPGEAP/ICB/UFPA* *Especialista em Biodiversidade Amazônica - UFPA/ATMDepto de Morfologia e Ciências Fisiológicas* *Centro de Ciências Biológicas e da Saúde* *Universidade do Estado do Pará* *Campus IX - Altamira - Pará* http://lattes.cnpq.br/2440617911389759 wilsoncelula(a)gmail.com, wilsoncelula(a)hotmail.com <wilsonms(a)ufpa.br>

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Erro na função saveWorkbook do pacote openxlsx
by Jobenil Luiz Magalhães Júnior 14 Fev '19

14 Fev '19

Prezados(as) Estou tentando transferir para uma planilha excel o resultado de uma tabulação que me gera o objeto “table” abaixo. >t03 Filial1 Filial2 Filial3 Filial4 Filial5 Concordo 0.6753247 0.5974026 0.5402299 0.7352941 0.5595238 Discordo 0.1168831 0.1688312 0.2241379 0.1029412 0.2321429 Não Sei 0.2077922 0.2337662 0.2356322 0.1617647 0.2083333 Filial6 Filial7 Filial8 Filial9 Concordo 0.7407407 0.8292683 0.5897436 0.6293103 Discordo 0.1018519 0.0000000 0.2307692 0.1896552 Não Sei 0.1574074 0.1707317 0.1794872 0.1810345 Estou empregando o pacote openxlsx e uso os seguintes comandos. wb <- loadWorkbook(file = "tab_03_38.xlsx") writeData(wb, sheet = "Planilha1", t03, startCol = 1, startRow = 1, colNames = TRUE, rowNames = TRUE) saveWorkbook(wb, "tab_03_38.xlsx", overwrite = TRUE) Que está me retornando o seguinte erro: Error in write_file(head = sprintf("<sst xmlns=\"http://schemas.openxmlformats.org/spreadsheetml/2006/main\" count=\"%s\" uniqueCount=\"%s\">", : Expecting a single string value: [type=character; extent=0]. Fiz inúmeras tentativas e procurei por várias soluções nas diversas redes de conhecimento inclusive no GitHub do criador e não obtive o resultado esperado. Tenho usado há pelo menos 2 anos este pacote para diversos outros trabalhos e estou preocupado com a possibilidade de ter que refazer todos os scripts que se repetem ao longo do ano. Por acaso alguém conhece como solucionar este problema ou poderia me oferecer alguma outra orientação sobre como poderei realizar esta transferência? Agradeço desde já seu apoio. Att. Jobenil Júnior

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Re: [R-br] (sem assunto)
by barbaramnascimento＠gmail.com 12 Fev '19

12 Fev '19

Quando fui rodar o mesmo gráfico para outra característica, apareceu o seguinte erro: Error using packet 1 missing value where TRUE/FALSE needed E então a grande maioria das linhas não são desenhadas. Eu não tenho no banco de dados nenhum valor zero, então não sei o que pode ter acontecido na leitura. E aproveitando, tem como eu identificar a qual grupo pertece cada linha? Obrigada!! <quote author='R-br mailing list'> Não sou versado em ggplot não, mas acho que utilizando o pacote lattice é muito mais rápido. Acho que o gráfico que você quer é esse library(lattice) xyplot(EBV~slope,groups=pai, type=c("p","smooth"),data=data) xyplot(EBV~slope|pai, type=c("p","smooth"),data=data) xyplot(EBV~slope,groups=pai, type=c("p","r"),data=data) # inclui um linha de regressão linear aos dados On Feb 11 2019, at 10:56 pm, Bárbara Mazetti Nascimento por (R-br) <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > Olá a todos! > > Tenho pouca familiaridade com o R, mas estou tentando utilizá-lo para > criar os gráficos com os resultados das minhas análises de doutorado. > > Eu gostaria de fazer um scatter plot com linhas de tendência para cada > indivíduo. Eu consigo plotar o gráfico, mas não as linhas. O comando que > estou utilizando é o seguinte: > > ggplot(data, aes(x = slope, y = EBV, group = pai)) + geom_point() + > geom_smooth(method = ls) > > O slope é um gradiente que varia de -2 a +2; EBV são os valores que eu > calculei e eu gostaria de uma linha para cada pai, que são os animais > avaliados. Meu interesse não é nem os pontos, mas as linhas (que eu chamo > de normas de reação), que servirão para discutir os resultados. > > Será que alguém pode me ajudar onde está o problema que as linhas não > aparecem? > > Muito obrigada! > -- > _____________________________________________________ > MSc. Bárbara Mazetti Nascimento > PhD student in Animal Science > > Genetic Applied to Animal Breeding Group - GAMA > UFPR - Curitiba - PR - Brazil > > +55 41 99142-9495 > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a > c�digo m�nimo reproduz�vel. > _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. </quote> Quoted from: http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-sem-assunto-tp4668422p4668423.html _____________________________________ Sent from http://r-br.2285057.n4.nabble.com

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Re: [R-br] (sem assunto)
by barbaramnascimento＠gmail.com 12 Fev '19

12 Fev '19

Era isso mesmo que eu precisava! Testei e deu certo! Muito obrigada!! =) _____________________________________ Sent from http://r-br.2285057.n4.nabble.com

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(sem assunto)
by Bárbara Mazetti Nascimento 12 Fev '19

12 Fev '19

Olá a todos! Tenho pouca familiaridade com o R, mas estou tentando utilizá-lo para criar os gráficos com os resultados das minhas análises de doutorado. Eu gostaria de fazer um scatter plot com linhas de tendência para cada indivíduo. Eu consigo plotar o gráfico, mas não as linhas. O comando que estou utilizando é o seguinte: ggplot(data, aes(x = slope, y = EBV, group = pai)) + geom_point() + geom_smooth(method = ls) O slope é um gradiente que varia de -2 a +2; EBV são os valores que eu calculei e eu gostaria de uma linha para cada pai, que são os animais avaliados. Meu interesse não é nem os pontos, mas as linhas (que eu chamo de normas de reação), que servirão para discutir os resultados. Será que alguém pode me ajudar onde está o problema que as linhas não aparecem? Muito obrigada! -- _____________________________________________________ MSc. Bárbara Mazetti Nascimento PhD student in Animal Science Genetic Applied to Animal Breeding Group - GAMA UFPR - Curitiba - PR - Brazil +55 41 99142-9495

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Google
by Edimeire Alexandra Pinto 11 Fev '19

11 Fev '19

Olá pessoal. Gente, alguém, sabe como acessar o botão "Mais" do Google que dá acesso às 10 páginas seguintes. Por exemplo, fixei o nome "Estatística" no Google e tenho a seguinte url https://www.google.com/search?q=%22Estat%C3%ADstica%22&rlz=1C1GCEU_pt-BRBR8… Quero é mudar de página, mas não sei qual é css ou xpath para usar. u<-"https://www.google.com/search?q=%22Estat%C3%ADstica%22&rlz=1C1GCEU_pt-BRBR8…" read_html(u) %>% html_nodes(".fl") %>% html_attrs() Preciso acessar o link "Mais" que dá acesso às dez páginas posteriores. Qualquer ajuda é bem vinda. Obrigada

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