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Regressão logistica (conceito)
by Vinicius Brito Rocha 06 Nov '12

06 Nov '12

Pessoal, preciso tirar uma dúvida a respeito de regressão logistica. Tenho uma conjunto de dados, onde existe um grande desbalanceamento nas classes da variável resposta (meu evento Y=1 a ser modelado, possui poucas observações) O que fiz foi: separei 70% dos dados para amostra treino e 30% para teste. na amostra treino (70%): - utilizei uma re-amostragem, apenas na classe do evento (Y=1) e fiz com que as linhas desta classe fossem re-amostradas até que a classe com resposta Y=1 possui-se a mesma quantidade de linhas da classe (Y=0) - Com minha base de amostra treino balanceada ajustei um modelo de regressão logistica na amostra teste(30%): - calculei minhas probabilidades de respostas a partir das variáveis independentes da amostra teste. - arbitrei um ponto de classificação de P_CHAP>= 0,7 para classificar meu evento como classe (Y_CHAP=1) e P_CHAP<0,7 classificar meu evento como Y_CHAP=0 - Construi uma tabela de confusão comparando os resultados Y_CHAP e Y para comparar minha Sensitividade e 1-Especificidade. Dúvidas: A questão é que meus resultados estão muito ruins. Acredito que é a estrutura de dados. - Estou sendo questionado a respeito da técnica de re-amostragem na amostra treino para equilibrar as classes. Pois o demandante acredita que é necessário algum tipo de correção do modelo(feito a re-amostragem no ajuste da amostra treino) ao aplica-lo no conjunto teste, que não sofreu nenhuma alteração. Alguém tem algum material que justifique o uso de re-amostragem nos dados da amostra treino? Abs. -- *Vinicius Brito Rocha.* *Estatístico e Atuário (IM / UFRJ)** Mestre em Pesquisa Operacional (COPPE / UFRJ)* www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor "Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores." - Albert Einstein.

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[Dúvida] Listar todos os comandos.
by Pedro Rafael 06 Nov '12

06 Nov '12

Pessoal uma dúvida besta. Como faço para listar todos os comandos de um determinado pacote no R? Obrigado deste já. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.

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Gráfico de previsão ARIMA
by kaue veras 06 Nov '12

06 Nov '12

Boa noite Pessoal, Será que vocês poderiam me ajudar, pois estou fazendo meu trabalho de monografia baseado no modelo ARIMA. Alguém saberia como eu poderia gerar um gráfico de previsão do modelo ARIMA? Desde já agradeço. Atenciosamente, Kauê P. Veras da Cunha Estatística - UERJ MSN: kaueveras(a)hotmail.com E-mail: kaueveras(a)gmail.com Cel: (21) 8254-9601

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Dúvida sobre Regressão Logística Condicional
by Victor Eduardo 05 Nov '12

05 Nov '12

Pessoal, estou tentando rodar o script abaixo, mas está apresentando o seguinte erro: clogit(con1$status~con1$tnf+strata(con1$cond),data=con1)Erro em Surv(rep(1, 143L), con1$status) : Invalid status value, must be logical or numeric Tentei rodar sem o argumento data, mas apresentou o mesmo erro. OBS: con1 é o meu banco de dados A classe de cada uma das variáveis são: > class(con$status)[1] "factor"> class(con$tnf)[1] "genotype" "factor" > class(con$cond)[1] "integer" Abraços!

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Duvida, como exibir help-pages do R no navegador usando Ubunto-linux e emacs?
by Augusto Ribas 05 Nov '12

05 Nov '12

Ola colegas, recentemente começei a usar o ubunto e estou tendo algumas dificuldades básicas. Estou tentando usar o emacs como editor para o R e minha duvida é de como fazer para as paginas de documentação, quando se usa o comando ?função aparecam no navegador. Eu não entendi se isso tem que ser configurado no arquivo .emacs ou no arquivo .Rprofile Alias o arquivo .Rprofile não é criado automaticamente quando instalamos o R, ele tem que ser criado manualmente no diretorio home? no arquivo .emacs eu coloquei a seguinte linha: (setq ess-help-own-frame t) Mas somente qd digito por exemplo ?rnorm no buffer que esta o R que abre um novo buffer com o help. Se digito ?rnorm no buffer que estou fazendo um script o help sai na pagina do R. Eu gostaria que de ambas as formas a documentação aparecesse no navegador com hyperlinks. Aproveitando, eu gostaria de saber também como o emacs pode colorir todos os comando do R. Atualmente se eu digito algumas coisas como require no buffer de script e o emacs pinta de azul, mas comando por exemplo rnorm( ele somente mostra os argumentos la em baixo, mas não pinta com uma cor diferente. Vou colar o que ja fiz de modificação no arquivo.emacs: ########################################################################################################################### (require 'ess-eldoc) ;; numeração das linhas na margem esquerda (global-linum-mode 1) ;; inicia Emacs com ctrl-{zxcv} abilitado para desf/recor/cop/colar (cua-mode t) ;; realçador de pareamento de parenteses, chaves, colchetes, aspas... (show-paren-mode 1) ;; tamanho da fonte (120~12pt) ;; comandos C-x C-+ e C-x C-- para aumentar e diminiur a fonte (set-face-attribute 'default nil :height 120) ;;-------------------------------------------------------------------- ;; aux. na identação do código, colunas coloridas após certa distância (require 'whitespace) (setq whitespace-line-column 77) (setq whitespace-style '(face tabs lines-tail trailing)) (global-whitespace-mode t) ;;-------------------------------------------------------------------- ;;;;; create a new frame for each help instance (setq ess-help-own-frame t) ############################################################################################################################ O arquivo .Rprofile eu não achei ainda, ou não criei se eu tenho que criar ele. -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://recologia.blogspot.com.br/<http://augustoribas.heliohost.org> Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

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Re: [R-br] Fw: extrair bordas de arquivos .shp
by Eder Comunello 05 Nov '12

05 Nov '12

Mauro e colegas, boa tarde! As operações com polígonos do {maptools} dependem do pacote {gpclib} que tem licença restrita. Ele é desativado por default, por isso usa-se o gpclibPermit(). Verifique a presença do pacote {gpclib}. Pra funcionar gpclibPermit() deve retornar TRUE. PS: peço enviar as dúvidas diretamente para a lista, assim outras pessoas poderão ajudar ou ter ideias melhores. Saudações, -- ================================================ Éder Comunello Ph.D. Student in Agricultural Systems Engineering (USP/ESALQ) Piracicaba, SP, Brazil [22 42.7'S, 47 37.8'W] Researcher at Embrapa Western Region Agriculture Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] ================================================ UTC-03:00 Em 5 de novembro de 2012 00:57, Mauro Sznelwar <sznelwar(a)uol.com.br<https://mail.google.com/mail/?view=cm&fs=1&tf=1&to=sznelwar@uol.com.br> > escreveu: > ** > Tentei rodar o seu script, mas a partir deste comando dá pau! > > > gpclibPermit() ## para permitir unionSpatialPolygons > [1] FALSE > > borda.spol <- (unionSpatialPolygons(ctba, ID=rep(1, length(ctba)), > avoidGEOS=T)) > Erro: isTRUE(gpclibPermitStatus()) is not TRUE > > borda <- data.frame(borda.spol@polygons[[1]]@Polygons[[1]]@coords<https://mail.google.com/mail/?view=cm&fs=1&tf=1&to=borda.spol@polygons[[1]]…> > ) > Erro em data.frame(borda.spol@polygons[[1]]@Polygons[[1]]@coords<https://mail.google.com/mail/?view=cm&fs=1&tf=1&to=borda.spol@polygons[[1]]…>) > : > objeto 'borda.spol' não encontrado > > >

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Re: [R-br] Eclipse Juno
by Leandro Marino 05 Nov '12

05 Nov '12

*Izidro,* * * *fiz exatamente o que você falou e é o mesmo procedimento que faço no linux. Mas ao fazer a busca no diretorio ele busca este xml que parece estar faltando. * Não sei o que pode estar acontecendo. O interessante é que algumas horas antes havia feito o mesmo procedimento no linux e tudo funcionou perfeitamente. Obrigado pela ajuda! Um abraço, Leandro 2012/11/3 <izidro3.1416(a)gmail.com> > Olá Leandro > > Verifique o endereço! > O endereço correto é http://download.walware.de/eclipse-3.8 > > e NÃO http://download.walware.de/eclipse-3.8/content.xml > > Veja no site da WalWare > http://www.walware.de/goto/statet > > []' > > Izidro >

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Re: [R-br] Material introdutório à geoestatística
by Eder Comunello 04 Nov '12

04 Nov '12

Olá, Ligia! Tem um material que encontrei hoje que está bem didático. É do Prof. Landim, também de Rio Claro. Você consegue o texto completo no link que consta na referência que segue. LANDIM, Paulo M. Barbosa. Sobre Geoestatística e mapas.* Terrae didat.*, Campinas, v. 2, n. 1, 2006 . Disponível em < http://ppegeo.igc.usp.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1980-4407200600…>. acessos em 04 nov. 2012. Boa leitura, -- ================================================ Éder Comunello Ph.D. Student in Agricultural Systems Engineering (USP/ESALQ) Piracicaba, SP, Brazil [22 42.7'S, 47 37.8'W] Researcher at Embrapa Western Region Agriculture Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] ================================================ UTC-03:00

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Re: [R-br] extrair bordas de arquivos .shp
by Eder Comunello 04 Nov '12

04 Nov '12

Olá, pessoal! Tentei dar um 'up' no CMR, seguindo a dica do Walmes... ############################### #install.packages(c("geoR", maptools", "sp"), dep=T) require(geoR); require(maptools); require(sp) ### download direto! ;D ### joga na pasta/dir de trabalho ativa download.file('http://dl.dropbox.com/u/117618178/ctba/bairros.shp', paste(getwd(),'bairros.shp',sep='/'), mode='wb') download.file('http://dl.dropbox.com/u/117618178/ctba/bairros.dbf', paste(getwd(),'bairros.dbf',sep='/'), mode='wb') download.file('http://dl.dropbox.com/u/117618178/ctba/bairros.shx', paste(getwd(),'bairros.shx',sep='/'), mode='wb') ctba <- readShapePoly("bairros.shp", IDvar="CODE") slotNames(ctba) npol <- as.integer(length(ctba@polygons)) ### numero de poligonos for (i in 1:npol){ nsubpol <- length(ctba@polygons[[i]]@Polygons) ### numero de poligonos internos for (ii in 1:nsubpol){ pol <- ctba@polygons[[i]]@Polygons[[ii]]@coords assign(paste("P",formatC(i, flag=0, width=3),ii,sep="-"),pol) } } ### unir todos os poligonos e então exporta uma borda unica gpclibPermit() ## para permitir unionSpatialPolygons borda.spol <- (unionSpatialPolygons(ctba, ID=rep(1, length(ctba)), avoidGEOS=T)) borda <- data.frame(borda.spol@polygons[[1]]@Polygons[[1]]@coords) ############################### Observações sobre o download.file() e Dropbox 1) arquivos locados em um subdiretório da pasta 'Public'; 2) funcionou tanto com http quanto https; 3) precisei definir mode='wb' (modo binário) para não corromper os arquivos na gravação. R version 2.15.2 (2012-10-26) Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) -- ================================================ Éder Comunello Ph.D. Student in Agricultural Systems Engineering (USP/ESALQ) Piracicaba, SP, Brazil [22 42.7'S, 47 37.8'W] Researcher at Embrapa Western Region Agriculture Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] ================================================ UTC-03:00

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Re: [R-br] [Dúvida] Função Gama Incompleta.
by Pedro Rafael 04 Nov '12

04 Nov '12

Mesmo assim deu valores diferentes. hy Mathematica: Gamma[1.5, 0, 0.10] = 0.019861 OBS: O argumento zero é para dizer que estou calculando a gamma inferior, integral de 0 à x; R: pgamma(1.5, .10, lower=FALSE)*gamma(.10) = 0.1079214 Uma outra dúvida que tenho é sobre a função hipergeométrica 2F1. Estou utilizando o pacote hypergeo. A minha função que envolva a função hypergeo é: fda_bllg <- function(par,x){ a <- par[1] b <- par[2] alpha <- par[3] Beta <- par[4] (((x^(-Beta))^(-a))*((1/alpha)^(a*Beta))*Re(hypergeo(a, a+b, 1+a, -(x/alpha)^Beta, tol = 0, maxiter=20000)))/(a*beta(a,b)) } fda_bllg trata-se da função de distribuição acumulada da distribuição Beta Log-Logistica KLL, uma distribuição com 4 parâmetros utilizada em análise de sobrevivência e suporte x>=0. Quando substituo os estimadores de máxima verossimilhança ocorre erro. As EMV da distribuição KLL são: est = c(6.474587e+02,2.043228e+02, 5.867625e-03,1.210073e-01) Seja x = 10. Temos que: fda_bllg(est,10) A mensagem de erro é: [1] Inf Mensagens de aviso perdidas: 1: In i15.3.8(A, B, C) : valor fora de limites em 'gammafn' [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 1 de novembro de 2012 14:41, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho(a)gmail.com > escreveu: > Mesmo assim deu valores diferentes. > hy > > > Mathematica: > Gamma[1.5, 0, 0.10] = 0.019861 > > OBS: O argumento zero é para dizer que estou calculando a gamma inferior, > integral de 0 à x; > > R: > > pgamma(1.5, .10, lower=FALSE)*gamma(.10) = 0.1079214 > > > Uma outra dúvida que tenho é sobre a função hipergeométrica 2F1. Estou > utilizando o pacote hypergeo. A minha função que envolva a função hypergeo > é: > > fda_bllg <- function(par,x){ > a <- par[1] > b <- par[2] > alpha <- par[3] > Beta <- par[4] > (((x^(-Beta))^(-a))*((1/alpha)^(a*Beta))*Re(hypergeo(a, a+b, 1+a, > -(x/alpha)^Beta, tol = 0, maxiter=20000)))/(a*beta(a,b)) > } > > fda_bllg trata-se da função de distribuição acumulada da distribuição Beta > Log-Logistica KLL, uma distribuição com 4 parâmetros utilizada em análise > de sobrevivência e suporte x>=0. Quando substituo os estimadores de máxima > verossimilhança ocorre erro. > > As EMV da distribuição KLL são: > > est = c(6.474587e+02,2.043228e+02, 5.867625e-03,1.210073e-01) > > Seja x = 10. Temos que: > > fda_bllg(est,10) > > A mensagem de erro é: > [1] Inf > Mensagens de aviso perdidas: > 1: In i15.3.8(A, B, C) : valor fora de limites em 'gammafn' > > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 1 de novembro de 2012 06:44, beniltoncarvalho [via R-br] < > ml-node+s2285057n4656804h1(a)n4.nabble.com> escreveu: > > o problema e' q vc vai precisar revisitar as definicoes da funcao gama >> incompleta... ler a documentacao detalhada de pgamma() e comparar com o que >> Gamma[] no Mathematica faz... >> >> o que vc quer e': >> >> pgamma(1.5, .10, lower=FALSE)*gamma(.10) >> >> >> 2012/11/1 Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4656804&i=0> >> > >> >>> Pessoal qual o comando certo ou pacote que trabalha com a função gamma >>> incompleta? Estou obtendo valores muito diferentes da gamma incompleta no R >>> e no mathematica. >>> >>> >>> Por exemplo: >>> >>> No R: pgamma(.10,1.5) = 0.0224107 >>> No Mathematica: N[Gamma[.10, 1.5], 10] = 0.107921 >>> >>> Qual seria o problema que não estou enxergando? >>> >>> [ ], >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4656804&i=1> >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código mínimo reproduzível. >>> >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4656804&i=2> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> >> ------------------------------ >> If you reply to this email, your message will be added to the >> discussion below: >> >> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Funcao-Gama-Incompleta-tp4656… >> To unsubscribe from R-br, click here<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscrib…> >> . >> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_view…> >> > >

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