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ESTIMATIVA DA CONCENTRAÇÃO LETAL MÉDIA (CL 50)
by Tiago Souza Marçal 07 Fev '13

07 Fev '13

Ola pessoal alguém conhece alguma rotina para a estimamação da CL 50 no R? Att. Tiago.

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como contar elementos em um data.frame
by Aline Lipsky 07 Fev '13

07 Fev '13

> Boa tarde, > > Eu tenho um data.frame como o abaixo: > > Data Embarcação Municipio > Jan A RG > Jan B PEL > Jan J PEL > Dez J RG > Mar A RG > Set F PEL > Set G RG > Dez G RG > > > Preciso contar as embarcações por mês e Município e obter uma tabela assim: > > Mês RG PEL > Jan 5 16 > Fev 26 31 > Mar 7 2 > > Grata pela atenção, > > Aline

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Duvida sobre como alterar o contraste no options de "contr.poly" para "contr.sum" e entender o que acontece.
by Augusto Ribas 07 Fev '13

07 Fev '13

Ola caros colegas da lista, eu estava tentando estabelecer a matriz de contrastes para usar na função lm, mas não estou conseguindo entender como as coisas funcionam no R. Eu li um tutorial antigo, esse aqui (http://wwwuser.gwdg.de/~cscherb1/content/Statistics%20Course%20files/Workin…) Eu não entendo se as coisas mudaram desde que esse tutorial foi escrito, mas com matriz de soma como no exemplo acima tudo é simples, mas eu não consigo mais replicar o exemplo no R. Mais precisamente o que eu estava tentando era o seguinte: #Dados de exemplo: variavel<-factor(rep(letters[1:3],each=10)) resposta<-rnorm(30,rep(c(1,1,2),each=10)) #Ai eu ajusto um modelo linear #modelo usando opções default modelo<-lm(resposta~variavel) summary(modelo) #Eu imagino que a matriz que deveria fazer os contrastes como acima seria essa no caso de usar soma como no texto cbind(c(-1,1,0),c(-1,0,1)) Mas o default usa outro esquema de matriz de contrastes, logo so colocar isso nos contrastes não funciona #O default não usa esse sistema certo? options("contrasts") #Eu imaginei que essa opção que fosse a que eu precisaria mudar options("contrasts")$contrasts[2] #Mas tentando mudar de forma simples assim eu obtenho um erro #mas não é uma mudança simples assim, quando eu tento isso: options("contrasts")$contrasts[2]<-"contr.sum" #eu tenho essa mensagem de Erro Erro em options("contrasts")$contrasts[2] <- "contr.sum" : destino da atribuição expande para um objeto fora da linguagem Mas como eu faço ao invéz de escrever isso, contrasts(variavel) #Escrever isso, ou algo assim cbind(c(-1,1,0),c(-1,0,1)) #E obter o mesmo resultado que esta no summary(modelo) la em cima, se não me perdi em algum momento mais para cima. #Porque mesmo a opção contr.sum parece que ele trabalha de outra forma do que estou imaginando. contr.sum(3,contrasts=T,sparse=F) Bem é isso, é apenas uma duvida sobre como o R funciona que não estou conseguir entender, se alguém puder dar uma luz eu serei grato. Abraços Augusto Ribas -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://recologia.wordpress.com/ Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

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Contar sequência de números...
by andrebvs＠bol.com.br 07 Fev '13

07 Fev '13

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percentage de error da predicao de GLM
by Humberto Hazin 07 Fev '13

07 Fev '13

Bom dia Pessoal estou tentando calcular o percentual de predição de erro via boot, porem o resultado final não me parece o que quero (percentual de predição de erro ) alguém poderia me ajudar? train.pos.setbsh data set com ~27000 linhas (https://www.dropbox.com/s/9flxc9tpttq1mru/train.pos.setbsh.csv) test.setbsh data set com ~1433 linhas (https://www.dropbox.com/s/61fbts7bbizb7cr/test.setbsh.csv) bt <- function(formula, data, indices) { d <- data[indices,] fit <- glm(formula,family=gaussian,data=d) pred<-predict(fit,test.setbsh,type="response") error<- (test.setbsh$lgcpue-pred)/test.setbsh$lgcpue return(error) } # bootstrapping with 300 replications results <- boot(data=train.pos.setbsh, statistic=bt, R=300, formula=lgcpue~Y+S+Q+A) boxplot(as.vector(results$t)) abline(0,0) desde já agradeço Humberto Enviado do Email do Windows

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ERRO NA CRIAÇÃO DE UMA MATRIZ
by Tiago Souza Marçal 07 Fev '13

07 Fev '13

Boa noite pessoal, estou tentando criar uma matriz com os intervalos de confiança que eu calculei para os um conjunto de dados. No entanto, os valores calculados para o intervalo de confiança ficaram ocultos na matriz. ic<- function(x, sigma2, conf.level=0.95){ n <- length(x) xbarra <- mean(x) if (!missing(sigma2)){ z <- qnorm((1+conf.level)/2) }else{ sigma2 <- var(x) z <- qt((1+conf.level)/2, n-1) } return(mean(x)+c(-1, 1)*z*sqrt(sigma2)/sqrt(n)) } tr<-gl(3,4)resp<-rnorm(12,30,5)d<-data.frame(tr,resp)int.conf<-tapply(resp,tr,ic)mat<-matrix(int.conf)mat # matriz obtida. [,1] [1,] Numeric,2[2,] Numeric,2[3,] Numeric,2 Agradeço desde já pela ajuda. Att. Tiago.

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Fwd:
by Leonardo Aguirre 06 Fev '13

06 Fev '13

http://www.f4fotografi.it/a00wit.php?s=ot

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Montar expressão da Gama no R...
by andrebvs＠bol.com.br 06 Fev '13

06 Fev '13

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Otimizando um loop
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 06 Fev '13

06 Fev '13

Amigos de R, Gostaria de uma ajuda ara otimizar um loop. Simulei algumas populaçoes com resultados de testes. Agora quero amostrar mil amostras de cada população e cada set de 1000 amostras em algumas condições como tamanho da amostra e prevalencia do evento do interesse. Ao total seriam mais de 1500 amostragens. Por isso, qualquer dica para torna-lo mais rápido e eficiente será bem vinda. Eu sei que faltou diversas populações.... mas é que o arquivo é grande. O script inicial... with <- 250000 without <- 250000 set.seed(as.numeric(Sys.time())) #Population 1: bi-normal distribution with equal varainces # Population 1 with AUC = .9 pop1 <- round(rnorm(without,200,60)) pop1 <- as.data.frame(cbind(0,pop1)) colnames(pop1) <- c('reference','test') # pop1[1:10,];nrow(pop1) pop1temp <- round(rnorm(without,309,60)) pop1temp <- as.data.frame(cbind(1,pop1temp)) colnames(pop1temp) <- c('reference','test') # pop1temp[1:10,]; nrow(pop1temp) pop1_9 <- rbind(pop1,pop1temp) # nrow(pop1) rm(pop1temp,pop1) .... outras populações.... > population <- ls() > samp_size <- c(50,100,150,300,500,1000,3000) > prev <- c(.05,.1,.2,.3,.5,.75) > > conditions <- expand.grid(population,samp_size,prev) > conditions <- cbind(conditions[,1],substr(conditions[,1],1,4),as.numeric(substr(conditions[,1],6,6))/10,conditions[,2:3]) > names(conditions) <- c('dataset','population','auc','samp_size','prevalence') > conditions$dataset <- as.character(conditions$dataset) > head(conditions) dataset population auc samp_size prevalence 1 pop1_6 pop1 0.6 50 0.05 2 pop1_7 pop1 0.7 50 0.05 3 pop1_8 pop1 0.8 50 0.05 4 pop1_9 pop1 0.9 50 0.05 5 pop2_6 pop2 0.6 50 0.05 6 pop2_7 pop2 0.7 50 0.05 > setwd('E:/Banco/cutoff/datasets') # O problema começa aqui onde eu preciso amostrar de diversos bancos de dados em sequencia armazenados na área de trabalho, mas não consigo fazer isso de forma elegante. então eu acabei usando o parse mas antes preciso salvar o nome do banco no disco, e quando consigo fazer isso vem um aviso que não consigo entender. # Aqui deveria começar o loop seguindo as condições do banco conditions. > cat(conditions[1,1],file="expr"); dataux <- eval(parse(file="expr")) Mensagens de aviso perdidas: In readLines(file) : linha final incompleta encontrada em 'expr' > with <- sample(dataux[which(dataux$reference==1),2],ceiling(conditions[1,4]*conditions[1,5]),T) > without <- sample(dataux[which(dataux$reference==0),2],conditions[1,4]*(1-conditions[1,5]),T) > with <- cbind(reference=1,test=with) > without <- cbind(reference=0,test=without) > tempdata <- data.frame(rbind(with,without)) > write.csv2(tempdata,paste0(conditions[1,1],'_',conditions[1,4],'_',substr(conditions[1,5],3,4),'.csv'),row.names = F) > # aqui deveria terminar o loop Abraço, Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Curriculum Lattes: http://lattes.cnpq.br/6597654894290806 Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365, CEP 21040-360, Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil(a)ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil(a)gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.libreoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional

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Re: [R-br] Definir classes no histograma.
by Ivan Bezerra Allaman 06 Fev '13

06 Fev '13

Veja a library fdth, as opções e a qualidade de histogramas é infinitamente melhor do que a "base". (S,f,P) Allaman \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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