- R-br - DINF UFPR

Relação de similaridade entre a variância e probabilidade de dados binomiais
by ASANTOS 02 Jul '14

02 Jul '14

Boa noite prezados, Gostaria de saber se alguém sabe me explicar por que a variância de dados binomiais é tão similar a relação de probabilidades dado por p[1-p]. Segundo meu exemplo: var.H.termes<-c(0.07692308,0.20923521,0.24819625,0.03059211,0.03995434,0.11122031, 0.25221018,0.1343785,0.09014085,0.07893114,0.23298351,0.10613884,0.01098901,0.10188088,0.25029985)##Vetor de variâncias p.H.termes<-c(0.08333333,0.29292929,0.56565657,0.03125,0.04109589,0.12612613, 0.50909091,0.15789474,0.09859155,0.08571429,0.36206897,0.11904762,0.01098901,0.11363636,0.45689655)##Vetor de probabilidades var.H.termes #é similar a p.H.termes<-p.H.termes*(1-p.H.termes) p.H.termes Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

2 1

Como fazer cokrigagem
by Jacqueline Cantú 02 Jul '14

02 Jul '14

Olá pessoal, Alguém saberia me ajudar em como fazer cokrigagem.. Deste já agradeço a atenção. Grata, Jacqueline

2 2

Classificação por intervalo de confiança
by ASANTOS 02 Jul '14

02 Jul '14

Bom dia Pessoal, Tenho duas variáveis artificiais, sendo: z1<-rnorm(n=100, mean=0.73436, sd=0.104739) z2<-rnorm(n=100, mean=0.69173, sd=0.104492) Depois fiz a concatenação delas: z<-c(z1,z2) Agora gostaria de criar uma nova coluna de classificação onde os valores que estiverem dentro do intervalo de confiança 0.69173±0.008838306, fossem classificados como "atacado" e fora dele como "sadio", alguém poderia me dar uma luz? Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

3 5

MULTIPLICAÇÃO DE MATRIZES DE ORDEM 3000 x 3000
by Ze Henrique 02 Jul '14

02 Jul '14

Boa tarde pessoal, estou trabalhando com matrizes de dimensão de 3000 x 3000 em um processo iterativo e a multiplicação das mesmas tem tomado muito tempo. Tentei utilizar a biblioteca RcppArmadillo mas não obtive ganhos de tempo. Alguém sabe me dizer o porque? Toda ajuda é bem vinda para acelerar a multiplicação destas matrizes. Segue abaixo um CMR: require(Rcpp) require(RcppArmadillo) cppFunction(depends = "RcppArmadillo", 'arma::mat prodM(arma::mat& a, arma::mat& b) { return(a * b); }' ) mat <- matrix(rnorm(9e+06,30),nc=3000) #Código em C system.time(prodM(mat,mat)) #Código em R system.time(mat%*%mat) -- *José Henrique Soler Guilhen* Graduando em Agronomia Universidade Federal do Espírito Santo - CCAUFES

3 5

Função 'getManyCsv"
by Leonardo Monteiro 01 Jul '14

01 Jul '14

Boa tarde, Estou tentando usar a função "getManyCsv", a qual estaria dentro do pacote "ChemoSpec", porém estou recebendo a mensagem: "Error, could not find function "getManyCsv" " Alguem saberia alguma solucao? obrigado, Leonardo.

2 1

Problema em abrir conexão com source() do Dropbox/Public
by walmes . 01 Jul '14

01 Jul '14

Saudações, Muitas das funções que disponibilizo em cursos eu hospedo na pasta pública do Dropbox (Dropbox/Public). O procedimento para mim e também para os alunos sempre funcionou usando o link que o Dropbox dá ao clicar com o botão direito do mouse "Dropbox > Copy Public Link". O link vem com https e o "s" tem que ser removido. Isso sempre funcionou mas desse a última sexta-feira pra cá não funcionou mais. O erro que dá é mostrado no código abaixo. Googlei e os erros apontam problemas de proxy (praticamente em windows). Não creio que seja meu caso. Tentei algumas soluções lidas mas não deu. Alguém experimentou algo semelhante e/ou tem alguma indicação? > url <- "http://dl.dropboxusercontent.com/u/48140237/aac.R" > browseURL(url) > download.file(url, basename(url)) trying URL 'http://dl.dropboxusercontent.com/u/48140237/aac.R' Error in download.file(url, basename(url)) : *cannot open URL* 'http://dl.dropboxusercontent.com/u/48140237/aac.R' > source(url) Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : *cannot open the connection* > sessionInfo() R version 3.1.0 (2014-04-10) Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) locale: [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C [3] LC_TIME=pt_BR.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8 [5] LC_MONETARY=pt_BR.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 [7] LC_PAPER=pt_BR.UTF-8 LC_NAME=C [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C [11] LC_MEASUREMENT=pt_BR.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base loaded via a namespace (and not attached): [1] grid_3.1.0 lattice_0.20-29 nlme_3.1-117 > Grato. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 skype: walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================

5 6

combinar Cluster e Ordination (PCA)
by Jackson Rodrigues 01 Jul '14

01 Jul '14

Olá todos, Gostaria de uma ajuda para plotar Principal Components Analysis (PCA) e clusters juntos. Possuo dados ambientais de 25 locais espalhados em 5 diferentes ecossistemas que quando agrupados em 5 clusters, locais de ecossitemas diferentes se juntam no mesmo grupo. Logo, uma bagunça. Assim, quero plotar os 2 juntos (PCA e Clusters) de maneira que, locais pertencentes ao mesmo ecossistema possuam as mesmas CORES, e locais agrupados no mesmo cluster, possuam mesma FORMA. Por exemplo: 1 local da Floresta de Araucária e 1 local da Floresta Decidual (logo com cores diferentes azul e verde respectivamente) estão no mesmo cluster (logo, representados pela mesma figura, triângulo). Como fazer essa combinação? Abaixo segue os comandos que estou usando para fazer minhas combinação, no entanto. Nesse código, consigo juntar PCA e Cluster. no entanto sem diferenciar as cores de cada local de acordo com eu ecossistema. #PCA mydata.pca<-rda(mydata) #Cluster mydata.w <- hclust(dist(Sqchord.mydata), "ward") plot(mydata.w, hang=-1) rect.hclust(mydata.w, 5) # Cut the dendrogram to yield 5 groups gr <- cutree(mydata.w, k=5) grl <- levels(factor(gr)) # Get the site scores, scaling 1 sit.sc1 <- scores(mydata.pca, display="w", scaling=3) # Plot the sites with cluster symbols and colours (scaling 3) p <- plot(mydata.pca, display="wa", scaling=3, type="n", main="Mydata PCA and clusters") abline(v=0, lty="dotted") abline(h=0, lty="dotted") for (i in 1:length(grl)) { points(sit.sc1[gr==i,], pch=(14+i), cex=2.5, col=i+1)} text(sit.sc1, row.names(Pre_euro_veg.1.all), cex=0.7, pos=3) # Add legend interactively legend(locator(1), paste("Cluster", c(1:length(grl))), pch=14+c(1:length(grl)), col=1+c(1:length(grl)), pt.cex=2) Desde já, agradeço por qualquer ajuda. Jackson M. Rodrigues

2 1

Re: [R-br] Questão de concurso verossimilhança...
by Leal 30 Jun '14

30 Jun '14

Está errado o gabarito. É uma distribuição uniforme. Lambada emv = máximo, neste caso 24. Conectado pela Motorola andrebvs(a)bol.com.br escreveu: >_______________________________________________ >R-br mailing list >R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

4 3

Re: [R-br] Anosim_dúvidas (Silma Leite Rocha)
by Marcos Vital 30 Jun '14

30 Jun '14

Olá, Silma A anosim é um teste de aleatorização de matrizes (mais ou menos parecido com o teste de Mantel, que é bem mais conhecido) que "pergunta" se em uma matriz de distância (ou de similaridade, tanto faz), as distâncias dentro de uma classe é diferente das distâncias entre diferentes classes. Em que contexto você precisa usar a análise? Ela é muito usada em ecologia de comunidades, quando temos uma matriz de distância entre unidades amostrais com dados de presença ou abundância de espécies. A matriz é normalmente construída com uma métrica apropriada para este tipo de dados (Jaccard, Bray-Curtios, etc), e as unidades amostrais pertencem a diferentes classes (estações, tipos de ambiente, etc). A análise pode ser feita pelo comando anosim() do pacote vegan. Você irá precisar de dois objetos: a matriz, que poderá ser criada com um comando como dist() ou vegdist() (este último contem boa parte das métricas típicas da ecologia de comunidades); e um vetor que contenha todas as classes, para cada unidade amostral. Veja o exemplo a seguir, com dados inventados, para ter uma ideia de como funciona: ####Início do Script#### library(vegan) dados<-structure(list(UA = 1:8, Ambiente = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("A", "B"), class = "factor"), sp1 = c(2L, 0L, 3L, 1L, 3L, 1L, 3L, 0L), sp2 = c(1L, 4L, 1L, 4L, 0L, 3L, 4L, 5L), sp3 = c(1L, 0L, 5L, 0L, 4L, 4L, 3L, 1L), sp4 = c(1L, 3L, 2L, 3L, 0L, 0L, 3L, 5L), sp5 = c(5L, 2L, 3L, 4L, 2L, 5L, 4L, 4L)), .Names = c("UA", "Ambiente", "sp1", "sp2", "sp3", "sp4", "sp5"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -8L)) dados #Apenas para visualizar matriz<-vegdist(dados[,3:7], method="bray") classes<-dados$Ambiente anosim(matriz, classes) ####Fim do Script#### Recomendo que você dê uma olhada no material do pacote vegan que está no CRAN, pois ele apresenta um manual bem detalhado. Espero ter ajudado Atenciosamente Marcos Em 30 de junho de 2014 11:17, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Anosim_dúvidas (Silma Leite Rocha) > 2. Re: Questão de concurso verossimilhança... (Leal) > 3. Re: Questão de concurso verossimilhança... (Leal) > 4. Re: Questão de concurso verossimilhança... (Paulo Justiniano) > 5. Função 'getManyCsv" (Leonardo Monteiro) > 6. Resíduos agrupados dataset: Iris (Helder Gramacho) > 7. Re: Resíduos agrupados dataset: Iris > (Leonardo Ferreira Fontenelle) > 8. combinar Cluster e Ordination (PCA) (Jackson Rodrigues) > 9. Re: Resíduos agrupados dataset: Iris (Vinicius Brito Rocha) > 10. Re: Resíduos agrupados dataset: Iris (Helder Gramacho) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Sun, 29 Jun 2014 15:39:05 -0300 > From: Silma Leite Rocha <silmalrocha22(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] Anosim_dúvidas > Message-ID: > <CAKsbjo59LB33j= > TsL2cdtU5enRReUETTMonf2Sz+ZpHK+e41-g(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Boa tarde, > > preciso aprender a fazer uma análise - Anosim. Dei uma olhadinha no grupo e > vi que já fizeram uma postagem sobre isso mas não entendi muito. Por > exemplo: uma pessoa cita que são necessárias duas tabelas, o que seria essa > outra tabela? > Alguém teria o script para me ajudar? > Nunca trabalhei com este tipo de análise. Fiz os meus testes utilizando o > G-test em um artigo, e o referee solicitou que eu substituísse a análise > pela Anosim. > > Desde já agradeço o auxílio. > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140629/001bc91c/atta… > > > -- Marcos Vinícius Carneiro Vital Universidade Federal de Alagoas Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde Setor de Biodiversidade e Ecologia

2 1

Resíduos agrupados dataset: Iris
by Helder Gramacho 30 Jun '14

30 Jun '14

Bom dia pessoal, Estava realizando um tutorial que utilizava o dataset: Iris. Após a análise de regressão o gráfico dos resíduos x valores ajustados mostrava que os pontos estavam dois grupos separados, como na figura abaixo: [image: Imagem inline 2] Gostaria de saber quando este gráfico apresenta este padrão, quais seriam as causas e quais as possíveis soluções. Segue o cmr: ### <code r> data(iris) attach(iris) iris.lm<-lm(Petal.Width ~ Petal.Length, data=iris) iris.lm summary(iris.lm) confint(iris.lm) par(mfrow=c(2,2),xpd=F) plot(iris.lm) ### </code> Desde já agradeço as contribuições, *Hélder Gramacho * Recife-PE / *agrohelder(a)gmail.com <agrohelder(a)hotmail.com>*

3 3