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odds ggplot2
by geovane barbosa 11 Ago '14

11 Ago '14

Ola pessoal boa tarde Estou tentando fazer o gráfico do odds de acordo com a tabela abaixo. var or lclucl A 1.5521.4011.719 B1.7891.4912.146 C 1.5611.2871.893 D1.4321.2371.658 E 1.2591.0251.548 F1.3631.1121.671 G1.5541.2581.920 H2.1571.7562.651 com o seguinte comando. dat <- read.table("tabela1.txt", header = T) ggplot(dat, aes(x = variaveis, y = or, ymin = lcl, ymax = ucl))+ ylab("Odds ratio & 95% CI") + geom_hline(aes(yintercept = 1)) + scale_color_discrete(name = "Lag") + xlab("") Erro em as.environment(where) : 'where' faltante Ele da o erro acima, o que eu faço? abraços

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correção de erro package DEMEtics
by Marco Aurélio 11 Ago '14

11 Ago '14

Boa tarde, Alguém poderia me auxiliar a corrigir o erro abaixo. library(DEMEtics) D.Jost("genotipagemgerais", bias = "correct", object = FALSE, format.table = TRUE, pm = "pairwise", statistics = "CI", bt = 1000) Error in file(file, "rt") : cannot open the connection In addition: Warning message: In file(file, "rt") : cannot open file 'genotipagemgerais': No such file or directory Att., Marco Aurélio Desimoni Dias Zootecnista/UFLA Mestre em Produção e Nutrição de Não-Ruminantes/UFLA Doutorando em Produção e Nutrição de Não-Ruminantes/UFLA

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Re: [R-br] Integral dupla no R
by Artur Lourival da Fonseca Machado 11 Ago '14

11 Ago '14

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Integral dupla no R
by Jodavid Ferreira 11 Ago '14

11 Ago '14

estou precisando fazer uma integral de uma distribuição conjunta no R, e para isso é necessário fazer uma integral dupla. Alguém saberia me responder como posso calcular integral dupla no R? -- Jodavid Ferreira Responsável pela comissão de Comunicação do MJ da RCCPB - http://rccpbjovem.com Membro da equipe Estadual do Ministério de Comunicação da RCCPB - http://rccpb.com.br Bacharelando em Estatística - Universidade Federal da Paraíba - www.de.ufpb.br Estagiário no Laboratório de Estatística Aplicada ao Processamento de Imagens e Geoprocessamento - http://de.ufpb.br/~leapig Site Pessoal - http://blog.jodavidferreira.com Twitter - @JodavidFerreira <http://twitter.com/JodavidFerreira>

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Calcular distância entre cidades usando o nome (ASANTOS)
by João Augusto Batista 10 Ago '14

10 Ago '14

Olá Alexandre! estava imaginando > criar uma lista com dois objetos, na primeira com nomes de cidades que > corresponde a city from e um segundo objeto city to e a combinação > destes me dariam as distâncias. > Creio que existam 2 maneiras, uma por força bruta e outra mais inteligente. Veja nesta discussão <http://stackoverflow.com/questions/17361909/determing-the-distance-between-…> um código com ggmaps e busca por ZIP code nos EUA. Pode ser um bom ponto de partida. Do lado da força bruta, eu posso te dizer o meu passo a passo (não tenho mais o código, já tem tempo!). Quando tive esse problema, gerei um código que media a distância entre cidades a partir dos dados do IBGE e de uma fórmula simples, que você encontra na internet facilmente (existem duas, mas acho essa a melhor <http://staff.on.br/jlkm/geopath/>). Os arquivos shape do IBGE sobre os municípios possuem as coordenadas das cidades. Extrai essa informação em um data frame com 4 variáveis (coord x e y, nome da cidade e nome da UF). Depois, o script gerava um data frame com cada combinação possível de pares de cidades (sim, é gigantesco) e calculava a distância. Boa sorte e diga se deu certo! Abraços, *João Augusto P. B.* +55 21 992 453 599 FGV - Rio de Janeiro - Brazil LinkedIn Profile <http://www.linkedin.com/in/joaoaugustopb/en>

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Fwd: Análise de componentes principais (PCA) - ajuda
by Bianca Schindler 10 Ago '14

10 Ago '14

Olá pessoal! Meu nome é Bianca Schindler, sou mestranda em Engenharia Florestal pela UFSM. Estou tentando realizar uma PCA ou ACP (análise de componentes principais) com alguns dados da minha dissertação, porém no gráfico da ordenação os vetores que seriam os descritores estão muito aglomerados de forma que não é possível observá-los. Gostaria de expandir estes eixos para poder observar quais são os respectivos "descritores" dos "objetos". Neste caso, os dados que trabalho os descritores seriam constituintes químicos do óleo essencial e os objetos os órgãos vegetais de onde foram extraídos. O pacote utilizado é o "*stats*" O scrip utilizado segue abaixo: #Principal Components Analysis getwd() dir() dados=read.csv("dados.csv", h=T, row.names=1, sep=";") dados require(stats) prcomp(dados, scale = FALSE) plot(prcomp(dados)) summary(prcomp(dados, scale = FALSE)) biplot(prcomp(dados), col = c("black", "blue"), main="ACP - Análise de Componente Principais", xlab = "Componente 1(colocar a proporção da variância%)", ylab = "Componente 2 (colocar a proporção da variância%)") Em anexo segue a imagem da ordenação. Onde em azul são os vetores aglomerados (descritores), os quais quero expandir. As demais siglas são os objetos. Obs: Caso alguém precise dos dados, segue o link: http://www.datafilehost.com/d/29e3f3bc. Agradeço a atenção e qualquer ajuda. Atenciosamente, Bianca Schindler. -- Bianca Schindler. Mestranda em Engenharia Florestal - UFSM. Laboratório de Extrativos Vegetais (LABEVE) Tel: (55) 9661-7429.

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 44, assunto 11
by Bianca Schindler 10 Ago '14

10 Ago '14

Obrigada Augusto Ribas! Irei testar! Em 10 de agosto de 2014 21:50, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Fwd: Análise de componentes principais (PCA) - ajuda > (Bianca Schindler) > 2. Re: Fwd: Análise de componentes principais (PCA) - ajuda > (Augusto Ribas) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Sun, 10 Aug 2014 20:42:47 -0300 > From: Bianca Schindler <bia.schindler(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] Fwd: Análise de componentes principais (PCA) - ajuda > Message-ID: > < > CALu7XvYEsVkHt+s2Er4LbB2w_y31MdBsfb733Mv-gooyAZBhMQ(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Olá pessoal! > > Meu nome é Bianca Schindler, sou mestranda em Engenharia Florestal pela > UFSM. > Estou tentando realizar uma PCA ou ACP (análise de componentes principais) > com alguns dados da minha dissertação, porém no gráfico da ordenação os > vetores que seriam os descritores estão muito aglomerados de forma que não > é possível observá-los. Gostaria de expandir estes eixos para poder > observar quais são os respectivos "descritores" dos "objetos". Neste caso, > os dados que trabalho os descritores seriam constituintes químicos do óleo > essencial e os objetos os órgãos vegetais de onde foram extraídos. > > O pacote utilizado é o "*stats*" > O scrip utilizado segue abaixo: > > #Principal Components Analysis > getwd() > dir() > dados=read.csv("dados.csv", h=T, row.names=1, sep=";") > dados > require(stats) > prcomp(dados, scale = FALSE) > plot(prcomp(dados)) > summary(prcomp(dados, scale = FALSE)) > biplot(prcomp(dados), col = c("black", "blue"), main="ACP - Análise de > Componente Principais", xlab = "Componente 1(colocar a proporção da > variância%)", ylab = "Componente 2 (colocar a proporção da variância%)") > > Em anexo segue a imagem da ordenação. Onde em azul são os vetores > aglomerados (descritores), os quais quero expandir. As demais siglas são os > objetos. > > Obs: Caso alguém precise dos dados, segue o link: > http://www.datafilehost.com/d/29e3f3bc. > > Agradeço a atenção e qualquer ajuda. > > Atenciosamente, > > Bianca Schindler. > > > > -- > Bianca Schindler. > Mestranda em Engenharia Florestal - UFSM. > Laboratório de Extrativos Vegetais (LABEVE) > Tel: (55) 9661-7429. > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140810/4e9646a6/atta… > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo não-texto foi limpo... > Nome: Rplot.jpeg > Tipo: image/jpeg > Tamanho: 104234 bytes > Descrição: não disponível > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140810/4e9646a6/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Sun, 10 Aug 2014 20:50:28 -0400 > From: Augusto Ribas <ribas.aca(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Fwd: Análise de componentes principais (PCA) - > ajuda > Message-ID: > < > CACMkfRwc8wrxvvyGg_sub-zt0wbuzJ2f9Ab2OCt0mW-hE7GgQQ(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Ola Bianca, uma possibilidade seria usar algum tipo de transformação para > os dados. > Por exemplo, o pacote vegan do R tem uma função chamada decostand que tem > um número de possibilidades comuns para essas transformações, usadas em > comumente em ordenações. Segue dois exemplos que "desembolam" um pouco o > seu gráfico. > > dados<-read.csv2("./Downloads/15C.csv",h=T, row.names=1,stringsAsFactors > =F) > dados<-apply(dados,2,as.numeric) > str(dados) > pca1<-princomp(dados) > biplot(pca1) > > ############################## > library(vegan) > pca2<-princomp(decostand(dados,"normalize",2)) > biplot(pca2) > > ################################## > pca3<-princomp(decostand(dados,"max",2)) > biplot(pca3) > > > Mas seria importante dar uma boa olhada na literatura sobre transformações > para ordenações, ja que elas tem muitas vezes um impacto sobre o que > estamos vendo, o que muitas vezes é o nosso interesse, ja que os pontos > ficarem aglomerados pode ser devido a escalas em que as medidas são feitas, > por exemplo. Bem talvez alguém ainda tenha sugestões melhores, mas essas > transformações podem ser uma boa possibilidade. > > > Em 10 de agosto de 2014 19:42, Bianca Schindler <bia.schindler(a)gmail.com> > escreveu: > > > Olá pessoal! > > > > Meu nome é Bianca Schindler, sou mestranda em Engenharia Florestal pela > > UFSM. > > Estou tentando realizar uma PCA ou ACP (análise de componentes > principais) > > com alguns dados da minha dissertação, porém no gráfico da ordenação os > > vetores que seriam os descritores estão muito aglomerados de forma que > não > > é possível observá-los. Gostaria de expandir estes eixos para poder > > observar quais são os respectivos "descritores" dos "objetos". Neste > caso, > > os dados que trabalho os descritores seriam constituintes químicos do > óleo > > essencial e os objetos os órgãos vegetais de onde foram extraídos. > > > > O pacote utilizado é o "*stats*" > > O scrip utilizado segue abaixo: > > > > #Principal Components Analysis > > getwd() > > dir() > > dados=read.csv("dados.csv", h=T, row.names=1, sep=";") > > dados > > require(stats) > > prcomp(dados, scale = FALSE) > > plot(prcomp(dados)) > > summary(prcomp(dados, scale = FALSE)) > > biplot(prcomp(dados), col = c("black", "blue"), main="ACP - Análise de > > Componente Principais", xlab = "Componente 1(colocar a proporção da > > variância%)", ylab = "Componente 2 (colocar a proporção da variância%)") > > > > Em anexo segue a imagem da ordenação. Onde em azul são os vetores > > aglomerados (descritores), os quais quero expandir. As demais siglas são > os > > objetos. > > > > Obs: Caso alguém precise dos dados, segue o link: > > http://www.datafilehost.com/d/29e3f3bc. > > > > Agradeço a atenção e qualquer ajuda. > > > > Atenciosamente, > > > > Bianca Schindler. > > > > > > > > -- > > Bianca Schindler. > > Mestranda em Engenharia Florestal - UFSM. > > Laboratório de Extrativos Vegetais (LABEVE) > > Tel: (55) 9661-7429. > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > > > > -- > Grato > Augusto C. A. Ribas > > Site Pessoal: http://recologia.com.br/ <http://augustoribas.heliohost.org> > Github: https://github.com/Squiercg > Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056 > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140810/3e7b8fa3/atta… > > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 44, assunto 11 > ***************************************** > -- Bianca Schindler. Mestranda em Engenharia Florestal - UFSM. Laboratório de Extrativos Vegetais (LABEVE) Tel: (55) 9661-7429.

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Calcular distância entre cidades usando o nome
by ASANTOS 09 Ago '14

09 Ago '14

Boa noite pessoal, Fiz uma busca na rede sobre métodos de calculo de distâncias à partir de nomes de cidades no R e não encontrei nada, estava imaginando criar uma lista com dois objetos, na primeira com nomes de cidades que corresponde a city from e um segundo objeto city to e a combinação destes me dariam as distâncias. Alguém conhece alguma função para fazer isto, imaginei que deveria haver algo usando o pacote RgoogleMaps, mas não encontrei nada semelhante no manual do pacote, Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Regresssão poisson
by geovane barbosa 08 Ago '14

08 Ago '14

Olá pessoal boa tarde. Estou rodando um modelo de regressão de poisson, porém esta dando o seguinte erro. model2<- glm(AF ~ Sexo + Idade + Cor + Esc.mae + Escolinha + Socio.eco + EP, data=dados, family="poisson",na.action="na.omit") AF é binária. Erro em if (any(y < 0)) stop("negative values not allowed for the 'Poisson' family") : valor ausente onde TRUE/FALSE necessário Além disso: Mensagens de aviso perdidas: In Ops.factor(y, 0) : < not meaningful for factors > grato

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Re: [R-br] Ciclo de um vetor a partir de restrição dada
by andrebvs＠bol.com.br 07 Ago '14

07 Ago '14

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