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Gerar uma matriz de contraste para comparação multivariada
by ASANTOS 15 Jan '15

15 Jan '15

Caros Listeiros, Gostaria de utilizar a função LSmatrix utilizando apc.R do Walmes (http://dl.dropboxusercontent.com/u/48140237/apc.R) para não ter que montar as matrizes de contraste manualmente e evitar erros para realizar contrastes multivariados com a função adonis() do pacote vegan. No entanto, a função LSmatrix não esta funcionando para o objeto criado para a função adonis(), então pergunto, baseado no CRM abaixo, onde pode estar o erro? Obrigado, #Pacotes require(vegan) require(multcomp) require(doBy) require(latticeExtra) source("apc.R.r")##source("http://dl.dropboxusercontent.com/u/48140237/apc.R") #Dados artificiais colony<-as.factor(sort(rep(c("colony1", "colony2","colony3"), 100))) y1 <- c(rnorm(100,1,0.1),rnorm(100,5,0.1),rnorm(100,3.5,0.1)) y2 <- c(rnorm(100,10,0.3),rnorm(100,11,0.6),rnorm(100,5,0.6)) y3 <- c(rnorm(100,10,2.3),rnorm(100,11,2.6),rnorm(100,11,2.5)) y4 <- c(rnorm(100,5,0.5),rnorm(100,7,0.5),rnorm(100,22,0.5)) y5 <- c(rnorm(100,11,0.1),rnorm(100,11,0.1),rnorm(100,11,0.1)) #Cria o data frame avaliacao <- as.factor(colony) espectro <- cbind(y1,y2,y3,y4,y5) dados <- data.frame(avaliacao = I(as.matrix(avaliacao)), bands = I(as.matrix(espectro))) #Manova com adonis function man.col<-adonis(bands ~ avaliacao, data=dados,permutations=99) man.col #Contrastes entre as avaliações M <- LSmatrix(man.col, effect=c("colony1","colony2","colony3")) M # -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ====================================================================== --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. http://www.avast.com

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Re: [R-br] Problema com download de arquivos no dropbox (ASANTOS)
by Rafael Tieppo 14 Jan '15

14 Jan '15

Prezado, passei por algo semelhante. Solução: crédito: "http://stackoverflow.com/questions/3236651/read-data-from-internet" Usei o pacote RCurl, comandos básicos:library(RCurl) DADOS <- read.csv(textConnection(getURL("LINK_DO_SEU_ARQUIVO")), sep=",", head=T) Saudações Rafael Tieppo UNEMAT - site: http://www2.unemat.br/rafaeltieppo blog - https://sistemasagricolas.wordpress.com/ "Evite o desperdício: antes de imprimir pense na sua responsabilidade com o ambiente".

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Problema com download de arquivos no dropbox
by ASANTOS 13 Jan '15

13 Jan '15

Boa noite Listeiros, Estou tento um problema que não ocorria antes ao baixar arquivos do dropbox, alguém saberia me dizer se mudou algo em relação ao acesso ao dropbox e qual uma possível solução, segue CRM: links <- c( "https://www.dropbox.com/s/7lt3xzw50ffwll1/termite_NIR.csv") tokens <- gsub("^.*/s/","",dirname(links)) fileNames <- basename(links) newLinks <- file.path("http://dl.dropbox.com/s", tokens, fileNames); newLinks for (a in newLinks) { tryCatch(download.file(a, dest=basename(a), mode='wb'), error=function(...) print("Download error!!!"))} Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ====================================================================== --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. http://www.avast.com

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Erro 'x' deve ser numérico
by Henry Mazer 13 Jan '15

13 Jan '15

Olá! Meu nome é Henry e sou um iniciante em R. Vou descrever o que fiz e qual foi o resultado: importei o seguinte arquivo http://www.datafilehost.com/d/8c230f1edeste jeito: cff <- read.csv('MyData.csv') e tentei criar uma variável nova:cff$Qual.a.sua.idade. <- cut(cff$grupos.de.idade, c(19, 26, 36, 46, 56, 66, 76, 80), labels = c("19 ate 26", "27 ate 36", "37 ate 46", "47 ate 56", "57 ate 66", "67 ate 76", "acima de 77")) e recebi o seguinte erro:Erro em cut.default(cff$grupos.de.idade, c(19, 26, 36, 46, 56, 66, 76, : 'x' deve ser numérico Procurei aqui na lista e não encontrei a resposta. Agradeço desde já pela ajuda.

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operacao com colunas
by Angélica Jaconi 12 Jan '15

12 Jan '15

Prezados, venho novamente com a mesma duvida, pq acho que nao me fiz ser claro no ultimo email sobre colunas. se eu tenho um data.frame (nomeado 'teste') com os nomes das colunas: "nome", "media", "nota1", "nota2", "nota3", "nota4", "nota5". se eu buscar o ncol (teste) sera igual a 7. Entretanto eu gostaria de tratar as colunas iniciadas em "nota" como uma unica coluna, no qual no momento que eu chamar ncol (teste), isso me retorne apenas ncol(teste) = 3. Por favor alguem teria alguma sugestao para tal? obrigada, AJ.

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Classificação de níveis de um fator
by ASANTOS 08 Jan '15

08 Jan '15

Caros listeiros, Tenho um conjunto de dados artificiais chamado da, onde trat é representados pelas letras de A a E, no entanto, gostaria de dados valores para A a E, sendo 0.5, 0.5, 0.0, 0.1 e 0.7; e criar um novo vetor de classificação repetido essas medidas em todo o conjunto de dados da, sendo meu CRM: rm(list=ls(all=TRUE)) ## dados artificiais da <- expand.grid(trat=rep(paste(LETTERS[1:5]),10), tempo=1:3) da$y1 <- rnorm(da$trat) #Classificação classificacao<-cbind(trat=letters[1:5], classf=c(0.5, 0.5, 0.0, 0.1, 0.7)) Pensei em algo como da$classf<-if(classificacao$trat %in% da$trat, classificacao$classf), mas devido a limitações de programação não consegui resolver, alguém poderia me dar um help, Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ====================================================================== --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. http://www.avast.com

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Re: [R-br] Como selecionar um dataframe dentro de outro dataframe
by Giselle Davi 08 Jan '15

08 Jan '15

Então, segue:dput(sample(gen, 10)): > dput(sample(gen, 10))structure(list(S1_5719699 = c(0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L), S1_228254954 = c(1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L), S1_35929087 = c(0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L), S1_271311840 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L), S1_110780932 = c(1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L), S1_29391767 = c(0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L), S1_55455793 = c(1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L), S1_35135950 = c(1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L), S1_5516961 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L), S1_30262521 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L)), .Names = c("S1_5719699", "S1_228254954", "S1_35929087", "S1_271311840", "S1_110780932", "S1_29391767", "S1_55455793", "S1_35135950", "S1_5516961", "S1_30262521"), row.names = c(NA, -90L), class = "data.frame")> > dput(sample(gen1, 10)) > dput(sample(gen1, 10))structure(list(S1_55500762 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), S1_93331343 = c(0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), S1_76339723 = c(2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 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1L, 2L, 1L, 1L), S1_189190087 = c(1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L), S1_82633392 = c(0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), S1_211264709 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 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10xF 2", "D 10xF 3", "D 10xF 4", "D 10xF 5", "D 10xF 6", "D 10xF 7", "D 10xF 8", "D 10xF 9"), class = "data.frame")> dput(sample(gen2, 10))> dput(sample(gen2, 10))structure(list(S1_95703374 = c(0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L), S1_19948955 = c(1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L), S1_64972675 = c(1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 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0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L), S1_49131053 = c(1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L), S1_195416162 = c(0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L), S1_293795584 = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), S1_43059180 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L), S1_298690372 = c(1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L)), .Names = c("S1_95703374", "S1_19948955", "S1_64972675", "S1_212259765", "S1_55454770", "S1_49131053", "S1_195416162", "S1_293795584", "S1_43059180", "S1_298690372"), row.names = c("D 1xF 1", "D 1xF 2", "D 1xF 3", "D 1xF 4", "D 1xF 5", "D 1xF 6", "D 1xF 7", "D 1xF 8", "D 1xF 9", "D 2xF 1", "D 2xF 2", "D 2xF 3", "D 2xF 4", "D 2xF 5", "D 2xF 6", "D 2xF 7", "D 2xF 8", "D 2xF 9", "D 3xF 1", "D 3xF 2", "D 3xF 3", "D 3xF 4", "D 3xF 5", "D 3xF 6", "D 3xF 7", "D 3xF 8", "D 3xF 9", "D 4xF 1", "D 4xF 2", "D 4xF 3", "D 4xF 4", "D 4xF 5", "D 4xF 6", "D 4xF 7", "D 4xF 8", "D 4xF 9", "D 5xF 1", "D 5xF 2", "D 5xF 3", "D 5xF 4", "D 5xF 5", "D 5xF 6", "D 5xF 7", "D 5xF 8", "D 5xF 9", "D 6xF 1", "D 6xF 2", "D 6xF 3", "D 6xF 4", "D 6xF 5", "D 6xF 6", "D 6xF 7", "D 6xF 8", "D 6xF 9", "D 7xF 1", "D 7xF 2", "D 7xF 3", "D 7xF 4", "D 7xF 5", "D 7xF 6", "D 7xF 7", "D 7xF 8", "D 7xF 9", "D 8xF 1", "D 8xF 2", "D 8xF 3", "D 8xF 4", "D 8xF 5", "D 8xF 6", "D 8xF 7", "D 8xF 8", "D 8xF 9", "D 9xF 1", "D 9xF 2", "D 9xF 3", "D 9xF 4", "D 9xF 5", "D 9xF 6", "D 9xF 7", "D 9xF 8", "D 9xF 9", "D 10xF 1", "D 10xF 2", "D 10xF 3", "D 10xF 4", "D 10xF 5", "D 10xF 6", "D 10xF 7", "D 10xF 8", "D 10xF 9"), class = "data.frame")> Desde já agradeço a atenção. Att, Giselle Em Quinta-feira, 8 de Janeiro de 2015 11:15, Daniel Marcelino <dmarcelino(a)live.com> escreveu: Não resolve muito. O que voce mandou sao apenas os nomes das colunas, o que diz absolutamente nada sobre como seus dados estão salvos internamente. O comando é o dput mesmo. O que voce pode fazer é selecionar uma pequena amostra dos dados tipo: dput(sample(dados, 10)) Daniel Please, excuse me for typos and brevity. Sent from my iPhone On Jan 8, 2015, at 9:01 AM, Giselle Davi <giselle_davi(a)yahoo.com.br> wrote: Prezados, Utilizei o comando (dput()) sugerido, porém a saída vira tudo texto imagino que deve ser por causa do tamanho do arquivo.Com o objetivo de tornar o código reproduzível achei melhor salvar os arquivos com os head de cada objeto e anexá-los ao e-mail. Imagino que assim tenha-se uma visão melhor dos dados. Desde já agradeço a atenção. Att, Giselle Em Quarta-feira, 7 de Janeiro de 2015 22:28, Daniel Marcelino <dmarcelino(a)live.com> escreveu: Sem uma amostra dos dados ou informações mais detalhadas a estrutura do banco é difícil oferecer uma solução. Mas eu acredito que possa ser problema envolvendo os níveis dos fatores. Veja ?droplevels . Daniel 2015-01-07 17:24 GMT-02:00 Fernando Antonio de souza <nandodesouza(a)gmail.com>: > Sua questão é interessante mas seu código não é reproduzível, o que > difulcuta a ajuda. faça um dput() de parte de seu banco de dados copie e > cole no e-mail para que possamos ter facil acesso e assim poder lhe ajudar. > > Seja mais clara sobre o seu problema para obter ajuda mais rapidamente. > > Em 7 de janeiro de 2015 15:13, Giselle Davi <giselle_davi(a)yahoo.com.br> > escreveu: >> >> Prezados, >> >> Alguém poderia me ajudar a selecionar um dataframe, para este caso o nome >> é list que corresponde à Lista de SNP's selecionados, a partir de de outro >> dataframe, que para este caso corresponde ao gen1 ( sem precisar indicar a >> posição das colunas )? >> >> Utilizei a rotina especificada abaixo, mas o comando não me disponibiliza >> a seleção de todas as 22894 colunas, ou seja, de todos os SNP's. Existem 7 >> deles que não conseguem ser selecionados por serem declarados como falsos. >> Alguém poderia me ajudar ? Desde já agradeço. >> >> Att, >> >> Giselle >> >> >> ROTINA: >> #1)Lendo arquivo genotipos >> gen=read.table("matriz_genotipos.txt",h=T)#lendo arquivo genotipos >> dim(gen)#90 x 24165. Tem que colocar o nome dos cruzamentos na primerira >> coluna >> head(gen) >> >> #2)Gerando o arquivo com o nome dos SNP's selecionados >> nomes<- read.table("D_F_nomes.txt",h=F, sep=",",row.names=1,quote="") >> dim(nomes)#90 x 0 >> >> #3)Arquivo de genótipos com os indivíduos nas linhas e com todos SNP's nas >> colunas >> gen1<-cbind(nomes,gen) >> head(gen1)#juntou ! >> dim(gen1)#90 x 24165 >> >> #4)Lendo o arquivo de frequência alélica >> freq=read.table("chr1_alefreq.txt",h=T) #lendo arquivo freq alel >> dim(freq)#22894 x 4 >> head(freq) >> >> #5) Gerando o arquivo com os SNP's selecionados pela MAF >> lista_SNP_sel<- freq$nun_snp_freq >> head(lista_SNP_sel)#Está como fator >> list<-as.character(lista_SNP_sel) >> head(list) >> length(list) >> dim(gen1) >> >> #6)Verificando se os SNP's selecionados são realmente os 22894 >> selecionados pela MAF >> table(list%in%colnames(gen1)) >> >> #SURPRESA:Existem 7 SNP's lidos como falsos e por isso não completam os >> 22894 ! >> logico<-colnames(gen1)%in%list >> head(logico) >> head(gen1) >> head(list) >> gen2<- gen1[,logico] >> head(gen2) >> dim(gen2)#90 x 22887 ( Existem 7 snps que estão sendo declarados como >> falsos, por que ?) >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código > mínimo reproduzível. <head(gen).txt> <head(gen1).txt> <head(freq).txt> <head(list).txt> <head(gen2).txt>

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Como selecionar um dataframe dentro de outro dataframe
by Giselle Davi 07 Jan '15

07 Jan '15

Prezados, Alguém poderia me ajudar a selecionar um dataframe, para este caso o nome é list que corresponde à Lista de SNP's selecionados, a partir de de outro dataframe, que para este caso corresponde ao gen1 ( sem precisar indicar a posição das colunas )? Utilizei a rotina especificada abaixo, mas o comando não me disponibiliza a seleção de todas as 22894 colunas, ou seja, de todos os SNP's. Existem 7 deles que não conseguem ser selecionados por serem declarados como falsos. Alguém poderia me ajudar ? Desde já agradeço. Att, Giselle ROTINA:#1)Lendo arquivo genotiposgen=read.table("matriz_genotipos.txt",h=T)#lendo arquivo genotiposdim(gen)#90 x 24165. Tem que colocar o nome dos cruzamentos na primerira colunahead(gen) #2)Gerando o arquivo com o nome dos SNP's selecionadosnomes<- read.table("D_F_nomes.txt",h=F, sep=",",row.names=1,quote="")dim(nomes)#90 x 0 #3)Arquivo de genótipos com os indivíduos nas linhas e com todos SNP's nas colunasgen1<-cbind(nomes,gen)head(gen1)#juntou !dim(gen1)#90 x 24165 #4)Lendo o arquivo de frequência alélicafreq=read.table("chr1_alefreq.txt",h=T) #lendo arquivo freq aleldim(freq)#22894 x 4head(freq) #5) Gerando o arquivo com os SNP's selecionados pela MAFlista_SNP_sel<- freq$nun_snp_freqhead(lista_SNP_sel)#Está como fatorlist<-as.character(lista_SNP_sel)head(list)length(list)dim(gen1) #6)Verificando se os SNP's selecionados são realmente os 22894 selecionados pela MAFtable(list%in%colnames(gen1)) #SURPRESA:Existem 7 SNP's lidos como falsos e por isso não completam os 22894 !logico<-colnames(gen1)%in%listhead(logico)head(gen1)head(list)gen2<- gen1[,logico]head(gen2)dim(gen2)#90 x 22887 ( Existem 7 snps que estão sendo declarados como falsos, por que ?)

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Pca
by Fernando Zuchello 07 Jan '15

07 Jan '15

Boa tarde, estou com uma pequena dificuldade em realizar uma pca, tenho 49 variaves nas colunas e 4 areas nas linhas, consigo realizar a pca para as variaveis, mas como separar as areas (linhas). Agradeco a ajuda.

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Discretizando uma variável contínua no chisq.test
by ASANTOS 07 Jan '15

07 Jan '15

Caros Listeiros, Gostaria de comparar valores entre parcelas observadas e estimadas para saber a similaridade ou não entre dados estimados vs observados. No entanto, as variáveis observadas são dados de contagem e os dados estimados são variáveis contínuas, então minha dúvida é se violo algum pressuposto estatístico ao discretizar os dados estimados com a função round() para realizar o teste de Chi-quadrado? Segue CRM: ## Comparação entre parcelas estimadas e observadas # #Dados das parcelas observadas - Dados de contagem data.obs<-c(11, 8, 8, 8, 7, 14) # #Medias estimadas para as parcelas observadas - Dados contínuos data.est<-c(14.6,16.0, 19.1, 3.4, 9.4, 15.8) # #Distretizando as médias estimadas tr.data.est<-round(data.est) # #Comparando parcelas observadas e estimadas chisq.test(x=tr.data.est, y=data.obs, simulate.p.value=TRUE) Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ====================================================================== --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. http://www.avast.com

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