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GGPLOT
by Edson Lira 23 Fev '15

23 Fev '15

Meus caros amigos, estou tentando usar um exemplo de aplicação de MCA, script abaixo: #Usando MCA# load packagesrequire(FactoMineR)require(ggplot2) # load data teadata(tea)teanames(tea)# select these columnsnewtea = tea[, c("Tea", "How", "how", "sugar", "where", "always")] # take a peekhead(newtea)names(newtea)str(newtea)cats = apply(newtea, 2, function(x) nlevels(as.factor(x)))cats # apply MCAmca1 = MCA(newtea, graph = FALSE) # list of resultsmca1 # table of eigenvaluesmca1$eig #We can use the package "ggplot2()" to get a nice plot:# data frame with variable coordinatesmca1_vars_df = data.frame(mca1$var$coord, Variable = rep(names(cats), cats)) # data frame with observation coordinatesmca1_obs_df = data.frame(mca1$ind$coord) par(cex.axis=0.5)# plot of variable categoriesggplot(data=mca1_vars_df,cex.axis=0.5, cex.lab=0.5, aes(x = Dim.1, y = Dim.2, label = rownames(mca1_vars_df))) + geom_hline(yintercept = 0, colour = "gray70") + geom_vline(xintercept = 0, colour = "gray70") + geom_text(aes(colour=Variable)) + ggtitle("MCA plot of variables using R package FactoMineR") # MCA plot of observations and categoriesggplot(data = mca1_obs_df, aes(x = Dim.1, y = Dim.2)) + geom_hline(yintercept = 0, colour = "gray70") + geom_vline(xintercept = 0, colour = "gray70") + geom_point(colour = "gray50", alpha = 0.7) + geom_density2d(colour = "gray80") + geom_text(data = mca1_vars_df, aes(x = Dim.1, y = Dim.2, label = rownames(mca1_vars_df), colour = Variable)) + ggtitle("MCA plot of variables using R package FactoMineR") + scale_colour_discrete(name = "Variable") Como faço para mudar o tamanho da fonte do título, dos eixos, legenda, etc.? Tentei os comandos cex, cex.axis, cex.lab, mas não consegui. Alguém tem alguma sugestão? [ ]'s.Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Pacote precintcon
by Lucas Venezian Povoa 19 Fev '15

19 Fev '15

Prezados, Toma a liberdade de divulgar nessa lista um novo pacote do R chamado *precintcon*, o qual foi publicado hoje no CRAN. Eu sou o autor e mantenedor desse pacote, cuja finalidade é analisar concentração, intensidade e anomalia de séries de precipitação (diárias e/ou mensais). Os principais índices implementados nesse pacote são: * Percent of Normal (PN) * Deciles * Concentration Index (CI) * Precipitation Concentration Index (PCI) * Rainfall Anomaly Index (RAI) * Standardized Precipitation Index (SPI) Além disso, são disponibilizadas várias funções para plotagem de séries de precipitação definidas com base no pacote *ggplot2*. Qualquer sugestão, crítica ou problema encontrado me enviem através do site do github (https://www.github.com/lucasvenez/precintcon) referente ao pacote. Grato pela atenção. Lucas

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Re: [R-br] Vídeo Aula R
by Téo Calvo 19 Fev '15

19 Fev '15

Olá novamente, fico feliz com o retorno positivo dos companheiro em relação às vídeo aulas. O Sistema Operacional que uso, é o Manjaro (GNU/Linux), o programa de gravação de vídeo da desktop é o Kazam. Sempre tento dar preferência para softwares livres, acredito que para usuários Windows, há o Camtasia, mas não sei informar se é proprietários. E muito obrigado novamente, sem dúvida serve como motivação. :) Abraços.

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Anova, fatorial triplo, interacao dupla
by Odirley Campos 13 Fev '15

13 Fev '15

# Boa noite! Novamente venho recorrer a lista para tirar duvidas sobre desdobramento na ANOVA.# Tenho resultados de materia seca de eucalipto de um experimento em arranjo fatorial triplo (solo; nc; np) com # UE ditribuidas em DBC. # Dados estão no: http://www.datafilehost.com/d/32efcd4b# Gostaria de corrigir os valores do Fcal no desdobramento das interações duplas solo:nc.# Na anova geral (avi) o GL e SQ do residuo são obtidos normalmente: avi<-aov(mspa~bloco + trat, data=a1) anova(avi) Response: mspa Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) bloco 2 2 0.993 0.1636 0.8493 trat 59 4963 84.119 13.8640 <2e-16 ***Residuals 118 716 6.067 #refiz no excel e os resultados batem av1<-aov(mspa~bloco + solo*nc*np, data=a1) # com mais detalhes anova(av1) Response: mspa Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) bloco 2 1.99 0.99 0.1636 0.84927 solo 5 1987.74 397.55 65.5217 < 2.2e-16 *** nc 1 0.75 0.75 0.1232 0.72621 np 4 2350.35 587.59 96.8431 < 2.2e-16 *** solo:nc 5 95.86 19.17 3.1599 0.01031 * solo:np 20 395.63 19.78 3.2603 3.261e-05 *** nc:np 4 10.54 2.64 0.4345 0.78348 solo:nc:np 20 122.12 6.11 1.0064 0.46028 Residuals 118 715.95 6.07 # Após conferir no excel vi que: df, SS, MS, F e Pr estão corretos para av1 # quando fui para o desdobramento conforme segue, obtive os resultados no R: av2 <- aov(mspa~bloco+solo/nc) #nc dentro solo anova(av2) names(coef(av2)) length(names(coef(av2))) # buscando as posiçoes por expressões regulares grep("ES", names(coef(av2))[9:14]) grep("EU_0-10", names(coef(av2))[9:14]) grep("EU_40-60", names(coef(av2))[9:14]) grep("SE_0-10", names(coef(av2))[9:14]) grep("SE_40-60", names(coef(av2))[9:14]) grep("TM", names(coef(av2))[9:14]) summary(av2, split=list("solo:nc"=list( "ES"= c(1), "EU_0-10"=c(2), "EU_40-60"=c(3), "SE_0-10"=c(4), "SE_40-60"= c(5), "TM"= c(6) ))) # saida da av2 abaixo: Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) bloco 2 2 1.0 0.046 0.9552 solo 5 1988 397.5 18.359 1.73e-14 *** solo:nc 6 97 16.1 0.744 0.6153 solo:nc: ES 1 11 10.6 0.488 0.4859 solo:nc: EU_0-10 1 0 0.5 0.022 0.8817 solo:nc: EU_40-60 1 2 2.1 0.096 0.7570 solo:nc: SE_0-10 1 81 81.0 3.741 0.0548 . solo:nc: SE_40-60 1 0 0.0 0.000 0.9875 solo:nc: TM 1 2 2.5 0.114 0.7362 Residuals 166 3595 21.7 # vi que na parte que me interessa em destaque a SQ e QM estão corretas, mas o Fcal e P-valor estão errados pois o GL, SQ e QM do residuo não estão corretos. Conforme conferi pelo excel: # saida do excel FV Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)solo:nc: ES 10.6 10.6 1.740 0.1897solo:nc: EU_0-10 0.5 0.5 0.079 0.2213solo:nc: EU_40-60 2.1 2.1 0.343 0.4406solo:nc: SE_0-10 81.0 81.0 13.347 0.0004solo:nc: SE_40-60 0.0 0.0 0.001 0.0236solo:nc: TM 2.5 2.5 0.406 0.4748 # Existe alguma maneira de informar o df e Sum Sq corretos (que estão na avi ou av1) no procedimento da av2 # de modo que o F e Pr sejam corrigidos na saida do comando?# Ou como eu poderia extrair a coluna do Sum Sq ou Mean Sq na forma de vector ou data.frame para fazer as correções manualmente no R? Odirley R. Campos Engenheiro Agrônomo UFV/MGDoutorando em Solos e Nutrição de Plantas UFV/MG

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Para apreciacao
by Benilton Carvalho 12 Fev '15

12 Fev '15

Para voces que usam as coisas com mais afinco... ;-) http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0115069 divirtam-se, b

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Desdobramento de vários níveis dentro de um fator
by ASANTOS 12 Fev '15

12 Fev '15

Caros Listeiros, Estou tentando utilizar a função apc do Walmes para fazer um desdobramento de 26 níveis dentro de um fator, a função dele ajuda muita a fugir da montagem manual de contrastes, funcionou muito bem para interações duplas e triplas, mas para investigar um nível não estou conseguindo, já quebrei a cabeça e quando chego no momento de montar os níveis dentro dele mesmo quando tento criar o objeto contr recebo a mensagem: Erro em pmc[cbn[1, ], ] : número incorreto de dimensões Baseado no CRM abaixo alguém pode me ajudar? Obrigado ##----------------------------------------------------------------------------- require(multcomp) require(doBy) require(latticeExtra) ## apc: build all pairwise comparisons matrix by a LSmatrix. source("apc.r") ##----------------------------------------------------------------------------- d <- data.frame(a=factor(sample(c(paste("Tratamento_",letters,sep="")), 1000, rep=TRUE))) xtabs(~a, d) d$y <- rpois(nrow(d), lambda=10) ## Interação. d$a.int <- interaction(d$a) levels(d$a.int) ## O padrão de funcionamento faz assim, o primeiro fator troca níveis ## dentro do segundo que troca níveis dentro do terceiro, etc, veja. do.call(rbind, strsplit(levels(d$a.int), "\\.")) ## Sabendo disso você pode passar da a, b e c na forma que lhe for mais ## conveniente. Por outro lado, é desperdício de tempo operar assim ## porque eu considero mais fácil declarar o modelo fatorial, usar a ## LSmatrix para gerar a matriz de contraste e usá-la. g0 <- glm(y~a, family="poisson", data=d) g1 <- glm(y~0+d$a.int, family="poisson", data=d) M <- LSmatrix(g0, effect=c("a")) M ## As estimativas das médias (na escala do preditor linear). data.frame(g0=M%*%coef(g0), g1=coef(g1)) ## Combinações de níveis correspondentes as médias. str(M) grid <- attr(M, "grid") ## Matriz de contrastes entre níveis de `focus` dentro dos níveis de ## `split`. trat <- "a" trat <- "a" spl <- interaction(grid[,split]) i <- 1:nrow(grid) l <- split(i, f=spl) contr <- lapply(l, function(row){ ## Matriz de contrastes par a par. a <- apc(M[row,], lev=levels(d[,trat])) ## Prefixo no nome das linhas. rownames(a) <- paste(spl[row[1]], rownames(a), sep="/") return(a) }) contr <- do.call(rbind, contr) contr ## Constrastes. summary(glht(g0, linfct=contr), test=adjusted(type="fdr")) -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ====================================================================== --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. http://www.avast.com

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Parcela subdividida
by Andre Oliveira 12 Fev '15

12 Fev '15

Pessoal estou com dúvida com relação a declaração do modelo no R para experimentos em parcela subdividida DIC e DBC. Depois de pesquisar na internet observei a declaração abaixo. Gostaria de saber se é isto mesmo. ajuste1=aov(Resposta ~factor(parcela)*factor(subparcela)+ Error(Parcela/Subparcela) # DIC ajuste2<-aov(Resposta~factor(bloco)+factor(parcela)*factor(subparcela)+Error(factor(bloco)/factor(parcela)),data=dados) # DBC obrigado

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ESS do emacs indentando o código - desabilitar
by Marcelo Laia 12 Fev '15

12 Fev '15

Uso o Emacs com ESS para rodar meus scripts. No entanto, a partir de uma atualização do sistema (tive que instalar o Debian do zero), ele passou a indentar tudo. Algo do tipo: xyplot(Morte ~ log10(Dose)|Isolado, data = data01) Se eu clicar no final da linha acima e der enter, acontece o seguinte: xyplot(Morte ~ log10(Dose)|Isolado, data = data01) [local do cursos] Ele indenta a linha 14 colunas a frente e o curso vai para logo abaixo da primeira letra da linha. Já inseri os códigos abaixo no meu ~/emacs.d/init.el e nada de resolver. (setq-default indent-tabs-mode nil) (setq auto-indent-assign-indent-level-variables nil) (setq standard-indent 2) (which-func-mode) (add-to-list 'which-func-modes 'ess-mode) (setq-default mode-line-format '("L%l C%c %b" global-mode-string " (" mode-name minor-mode-alist "%n)" (which-func-mode (" " which-func-format "")))) (add-hook 'ess-mode-hook (lambda () (local-set-key (kbd "RET") 'newline))) (setq ess-ask-for-ess-directory nil) (setq ess-local-process-name "R") (setq ansi-color-for-comint-mode 'filter) (setq comint-prompt-read-only t) (setq comint-scroll-to-bottom-on-input t) (setq comint-scroll-to-bottom-on-output t) (setq comint-move-point-for-output t) (defun my-ess-start-R () (interactive) (if (not (member "*R*" (mapcar (function buffer-name) (buffer-list)))) (progn (delete-other-windows) (setq w1 (selected-window)) (setq w1name (buffer-name)) (setq w2 (split-window w1)) (R) (set-window-buffer w2 "*R*") (set-window-buffer w1 w1name)))) (defun my-ess-eval () (interactive) (my-ess-start-R) (if (and transient-mark-mode mark-active) (call-interactively 'ess-eval-region) (call-interactively 'ess-eval-line-and-step))) (add-hook 'ess-mode-hook '(lambda() (local-set-key [(shift return)] 'my-ess-eval))) (add-hook 'inferior-ess-mode-hook '(lambda() (local-set-key [C-up] 'comint-previous-input) (local-set-key [C-down] 'comint-next-input))) (require 'ess-site) (add-hook 'ess-mode-hook '(lambda () (outline-minor-mode) (setq outline-regexp "\$^#\\{4,5\\} \$\\|\$^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{\$") (defun outline-level (lambda () (interactive) (cond ((looking-at "^##### ") 1)((looking-at "^#### ") 2)((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3) (t 1000))) ))) Alguma luz? -- Marcelo

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[OFF-TOPIC] Preciso de um freelance
by Henry Mazer 10 Fev '15

10 Fev '15

Ola! Preciso de um freelance para um trabalho com R. Deve ser feita uma analise multidimensional (analise fatorial de correspondencia multipla) Mais detalhes por e-mail. Grato. Henry.

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Re: [R-br] hist para 2 variáveis
by Rafael Tieppo 10 Fev '15

10 Fev '15

Entre as soluções possíveis, uma simples, caso vc faça os gráficos com ggplot: library(gridExtra) library(ggplot2) a <- qplot(rnorm(20), rnorm(20)) b <- qplot(rnorm(20), rnorm(20)) grid.arrange(a, b, ncol=2) Rafael Tieppo UNEMAT - site: http://www2.unemat.br/rafaeltieppo Blog https://sistemasagricolas.wordpress.com/ "Evite o desperdício: antes de imprimir pense na sua responsabilidade com o ambiente". Fim da Digest R-br, volume 50, assunto 7 ****************************************

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