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problema GLMM negative binomial
by Ludmila Rattis 30 Mar '15

30 Mar '15

Ola, Tenho uma serie de modelos para rodar e quando tento colocar a funcao glmmadmb, pertencente ao pacote glmmADMB, num looping, retorna o seguinte erro: Error in if (rchar == "") rchar <- "1" : missing value where TRUE/FALSE needed Procurei por esse erro no google e nao encontrei nada semelhante. Quando tento fora do looping, a funcao roda normalmente. Eis um codigo de exemplo: install.packages("glmmADMB", repos="http://r-forge.r-project.org", type="source") data<-matrix(0,180,43);for(i in 1:43){data[,i]<-rnorm(180,mean=0,sd=1) } landscape<-factor(sort(rep(1:30,6))) resp<-paste("resp_",1:37,sep='') pred<-paste("pred_",1:6,sep='') data<-cbind(data,landscape) colnames(data)<-c(resp,pred,"landscape") formulas<-paste("resp",1:37,"~pred",1:6,sep='') fitted.glmm<-list() for (i in 1:length(formulas)){ fitted.glmm[[]]<-glmmadmb(formulas[i],data=data,random=1|~landscape,family="nbinom",zeroInflation=FALSE)} Alguem poderia me dizer o que esta acontecendo? Muito obrigada, Lud -- *Ludmila Rattis* Programa de Pós-graduação em Ecologia/UNICAMP Geomatics and Landscape Ecology Research Laboratory (Carleton University - Canada) http://www.glel.carleton.ca Conservation Biogeography Lab (Goias Federal University - Brazil) rdloyola.wix.com/cblab <http://sites.ffclrp.usp.br/ficus>

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Re: [R-br] Organização de banco de dados!
by Fernando Mayer 30 Mar '15

30 Mar '15

Andre, (re-postando para a lista) no seu exemplo nao aparece nenhuma UF repetida, por isso essa abordagem funcionaria. Se no seu outro arquivo de dados tiver um nome repetido isso já não vai funcionar mesmo, pois não é sintaticamente permitido no R. Uma opção (não muito ideal) nesse caso seria importar os dados com a primeira coluna e colocar um índice: dados <- read.csv("total.txt") rownames(dados) <- make.names(dados$UF, unique = T) --- Fernando de Pol Mayer Laboratório de Estatística Ambiental - LEA Instituto de Matemática, Estatística e Física - IMEF Universidade Federal do Rio Grande - FURG URL: http://fernandomayer.github.io e-mail: fernando.mayer [@] {gmail.com, furg.br} 2015-03-29 18:32 GMT-03:00 Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br>: > Pois é Fernando já havia olhado ajuda! > > dados<-read.table("Jaq4.txt", h=T, row.names = 1) > > Erro em read.table("Jaq4.txt", h = T, row.names = 1) : > duplicate 'row.names' are not allowed > > > E além de tudo cria uma outra coluna que sempre não esta no arquivo txt. > Tenho que remover as duas colunas. > obrigado > > > > André Oliveira Souza. > Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto > Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES > > > > > Em Domingo, 29 de Março de 2015 18:23, Fernando Mayer < > fernandomayer(a)gmail.com> escreveu: > > > ?read.table > dados <- read.table("total.txt", row.names = 1) # assumindo que a coluna > UF seja a 1 > > > > > --- > Fernando de Pol Mayer > Laboratório de Estatística Ambiental - LEA > Instituto de Matemática, Estatística e Física - IMEF > Universidade Federal do Rio Grande - FURG > URL: http://fernandomayer.github.io > e-mail: fernando.mayer [@] {gmail.com, furg.br} > > 2015-03-29 17:38 GMT-03:00 Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br>: > > Estou tentando arrumar um banco de dados como sugerido no link > http://lincolntneves.weebly.com/blog/anlise-de-cluster-no-r. No caso > preciso que a coluna UF sem sem rótulo de UF como mostro abaixo. Se eu > deixar sem o UF o R não lê o banco de dados. Como eu poderia resolver isto? > Alem do mais sempre que importo com o rótulo da coluna UF ainda cria uma > outra coluna com as numerações 1,2,3,...27 antes da coluna UF. Enfim eu > preciso do data frame exatamente como mostro abaixo. Sem rótulo UF e sem > coluna antes dos estados. Obrigado por qualquer contribuição! > > > dados=read.table("total.txt")dados A B B C > AC 1 38 242 983 > AL 10 65 281 2194 > AM 32 108 319 3462 > AP 0 33 242 297 > BA 135 214 480 12068 > CE 178 301 617 13156 > DF 169 313 585 5655 > ES 63 189 456 6995 > GO 40 137 391 8365 > MA 8 63 271 3868 > MG 1027 2022 5663 77191 > MS 95 194 397 4916 > MT 19 75 267 4140 > PA 19 76 295 4858 > PB 25 59 266 2883 > PE 133 269 477 7418 > PI 42 95 283 3830 > PR 284 542 1360 25057 > RJ 542 827 1368 16173 > RN 41 110 352 3055 > RO 9 52 243 2842 > RR 2 38 266 492 > RS 226 393 1028 20525 > SC 113 269 833 14969 > SE 10 50 252 886 > SP 772 1713 4842 86742 > TO 11 68 244 2495 > > > > > > > > > > André Oliveira Souza. > Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto > Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > > >

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Re: [R-br] Organização de banco de dados!
by Fernando Mayer 29 Mar '15

29 Mar '15

Andre (favor responder para o email da lista, assim a conversa fica arquivada) o USArrests está exatamene como o primeiro exemplo que você mandou, nenhum nome de linha se repete. Se tiver pelo menos um nome de linha repetido então não tem como transformar isso em rownames. --- Fernando de Pol Mayer Laboratório de Estatística Ambiental - LEA Instituto de Matemática, Estatística e Física - IMEF Universidade Federal do Rio Grande - FURG URL: http://fernandomayer.github.io e-mail: fernando.mayer [@] {gmail.com, furg.br} 2015-03-29 18:50 GMT-03:00 Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br>: > Este banco este como eu gostaria USArrests! > > > > > André Oliveira Souza. > Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto > Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES > > > > > Em Domingo, 29 de Março de 2015 18:32, Andre Oliveira < > andreolsouza(a)yahoo.com.br> escreveu: > > > Pois é Fernando já havia olhado ajuda! > > dados<-read.table("Jaq4.txt", h=T, row.names = 1) > > Erro em read.table("Jaq4.txt", h = T, row.names = 1) : > duplicate 'row.names' are not allowed > > > E além de tudo cria uma outra coluna que sempre não esta no arquivo txt. > Tenho que remover as duas colunas. > obrigado > > > > André Oliveira Souza. > Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto > Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES > > > > > Em Domingo, 29 de Março de 2015 18:23, Fernando Mayer < > fernandomayer(a)gmail.com> escreveu: > > > ?read.table > dados <- read.table("total.txt", row.names = 1) # assumindo que a coluna > UF seja a 1 > > > > > --- > Fernando de Pol Mayer > Laboratório de Estatística Ambiental - LEA > Instituto de Matemática, Estatística e Física - IMEF > Universidade Federal do Rio Grande - FURG > URL: http://fernandomayer.github.io > e-mail: fernando.mayer [@] {gmail.com, furg.br} > > 2015-03-29 17:38 GMT-03:00 Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br>: > > Estou tentando arrumar um banco de dados como sugerido no link > http://lincolntneves.weebly.com/blog/anlise-de-cluster-no-r. No caso > preciso que a coluna UF sem sem rótulo de UF como mostro abaixo. Se eu > deixar sem o UF o R não lê o banco de dados. Como eu poderia resolver isto? > Alem do mais sempre que importo com o rótulo da coluna UF ainda cria uma > outra coluna com as numerações 1,2,3,...27 antes da coluna UF. Enfim eu > preciso do data frame exatamente como mostro abaixo. Sem rótulo UF e sem > coluna antes dos estados. Obrigado por qualquer contribuição! > > > dados=read.table("total.txt")dados A B B C > AC 1 38 242 983 > AL 10 65 281 2194 > AM 32 108 319 3462 > AP 0 33 242 297 > BA 135 214 480 12068 > CE 178 301 617 13156 > DF 169 313 585 5655 > ES 63 189 456 6995 > GO 40 137 391 8365 > MA 8 63 271 3868 > MG 1027 2022 5663 77191 > MS 95 194 397 4916 > MT 19 75 267 4140 > PA 19 76 295 4858 > PB 25 59 266 2883 > PE 133 269 477 7418 > PI 42 95 283 3830 > PR 284 542 1360 25057 > RJ 542 827 1368 16173 > RN 41 110 352 3055 > RO 9 52 243 2842 > RR 2 38 266 492 > RS 226 393 1028 20525 > SC 113 269 833 14969 > SE 10 50 252 886 > SP 772 1713 4842 86742 > TO 11 68 244 2495 > > > > > > > > > > André Oliveira Souza. > Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto > Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > > > > >

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Organização de banco de dados!
by Andre Oliveira 29 Mar '15

29 Mar '15

Estou tentando arrumar um banco de dados como sugerido no link http://lincolntneves.weebly.com/blog/anlise-de-cluster-no-r. No caso preciso que a coluna UF sem sem rótulo de UF como mostro abaixo. Se eu deixar sem o UF o R não lê o banco de dados. Como eu poderia resolver isto? Alem do mais sempre que importo com o rótulo da coluna UF ainda cria uma outra coluna com as numerações 1,2,3,...27 antes da coluna UF. Enfim eu preciso do data frame exatamente como mostro abaixo. Sem rótulo UF e sem coluna antes dos estados. Obrigado por qualquer contribuição! dados=read.table("total.txt") dados A B B C AC 1 38 242 983 AL 10 65 281 2194 AM 32 108 319 3462 AP 0 33 242 297 BA 135 214 480 12068 CE 178 301 617 13156 DF 169 313 585 5655 ES 63 189 456 6995 GO 40 137 391 8365 MA 8 63 271 3868 MG 1027 2022 5663 77191 MS 95 194 397 4916 MT 19 75 267 4140 PA 19 76 295 4858 PB 25 59 266 2883 PE 133 269 477 7418 PI 42 95 283 3830 PR 284 542 1360 25057 RJ 542 827 1368 16173 RN 41 110 352 3055 RO 9 52 243 2842 RR 2 38 266 492 RS 226 393 1028 20525 SC 113 269 833 14969 SE 10 50 252 886 SP 772 1713 4842 86742 TO 11 68 244 2495 André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES

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for dentro de while
by Tiago Souza Marçal 29 Mar '15

29 Mar '15

Boa noite, estou com um código que necessita o uso de um for dentro de um while. Entretanto, o uso do for aumentou o tempo de execução. Gostaria de saber se alguém tem alguma sugestão para contornar este problema???? Acredito que a questão seja organizacional, portanto, não estou enviando um CMR mas caso seja necessário será encaminhado!!!!!!! dif <- 1 tol <- 1e-05 i <- 0 neff <- c(2) while(dif > tol){ i <- i + 1 LHS <- rBind( cBind(XpX, XpZ), cBind(ZpX, (ZpZ + Ginv)) ) invLHS <- solve(LHS) est <- solve(LHS,RHS) b <- est[1:ncol(X.f),] u <- est[(ncol(X.f) + 1):nrow(est),] sig2E <- (ypy - t(b)%*%Xpy - t(u)%*%Zpy)/(N - rankX) sig2U <- numeric(0) for(j in 1:length(neff)){ sig2U <- c(sig2U, ( t(est[z[j]:lz[j],])%*%est[z[j]:lz[j],] + sig2E*sum(diag( invLHS[z[j]:lz[j], z[j]:lz[j]] )) )/neff[j]) } sig2U <- do.call(rBind,lapply(sig2U,as.matrix)) rel <- as.numeric(sig2E)/sig2U if(!is.null(var)){ lamb <- rel ratio <- rep(lamb,neff) newvar <- rBind(sig2U,sig2E) cds <- sig2U/sum(newvar) dif <- as.numeric(max(abs(newvar - ovar))) } if(is.null(var)){ lamb <- rel ratio <- rep(lamb,neff) newvar <- rBind(sig2U,sig2E) cds <- sig2U/sum(newvar) dif <- as.numeric(max(abs(cds - ocds))) } ovar <- newvar ocds <- cds oratio <- ratio olamb <- lamb Ginv <- Diagonal(sum(neff),oratio) }Desde já agradeço por qualquer colaboração. Atenciosamente, Tiago. ################################################################# Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas #################################################################

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Manipulação de banco de dados
by Andre Oliveira 29 Mar '15

29 Mar '15

Pessoal tenho estes dados dentro do R, gostaria de criar um outro banco com a soma de cada item dos estados ao longo destes 10 anos. str(dados) data.frame': 270 obs. of 7 variables: $ ANO : int 2005 2005 2005 2005 2005 2005 2005 2005 2005 2005 ... $ UF : Factor w/ 27 levels "AC","AL","AM",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ... $ OURO : int 0 1 2 0 15 14 7 7 2 0 ... $ PRATA : int 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 ... $ BRONZE: int 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 ... $ MENCAO: int 136 543 718 98 2976 2242 306 377 859 830 ... $ TOTAL : int 166 574 750 128 3021 2286 343 414 891 860 ...head(dados) | ANO UF OURO PRATA BRONZE MENCAO TOTAL 1 2005 AC 0 15 15 136 166 2 2005 AL 1 15 15 543 574 3 2005 AM 2 15 15 718 750 4 2005 AP 0 15 15 98 128 5 2005 BA 15 15 15 2976 3021 6 2005 CE 14 15 15 2242 2286 | | | | | > | | André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES

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Leitura de dados
by Andre Oliveira 28 Mar '15

28 Mar '15

Pessoal,como posso remover as posições da coluna 1 que não está no banco de dados? Este exemplo é da lista mesmo, usei só para ilustração! require(gdata) # contém a função read.xls() para importar planilhasteste <- read.xls("http://www.leg.ufpr.br/~walmes/foo/teste.xls", sheet=1, method="tab") teste$Municipio <- iconv(teste$Muni, "latin1", "UTF-8") head(teste) Sigla Codigo Municipio a2000 1 AC 1200013 Acrelândia 1042.38 2 AC 1200054 Assis Brasil 429.22 3 AC 1200104 Brasiléia 2243.25 4 AC 1200138 Bujari 786.68 5 AC 1200179 Capixaba 603.84 6 AC 1200203 Cruzeiro do Sul 9363.32 André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES

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Função identify
by ana paula coelho madeira 27 Mar '15

27 Mar '15

Caros colegas, boa noite! Ao fazer o diagnóstico de um GLM tento identificar os pontos de alavanca e pontos influentes utilizando a função identify( ), porém o R fia executando e nunca libera o resultado, daí tenho que parar a computação. Alguém tem ideia do pode estar acontecendo? Desde já agradeço. Ana Paula

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Diferença entre dados coletados do yahoo usando diferentes funções.
by Michelle Bau Graczyk 26 Mar '15

26 Mar '15

Boa tarde, Eu estava verificando os diferentes modos de coletar dados intraday do yahoo e percebi que para cada função que eu uso, os dados obtidos são diferentes. Por exemplo, se eu uso: dados <- readLines(' http://chartapi.finance.yahoo.com/instrument/1.0/AAPL/chartdata;type=quote;…',sep = ",", dec = ".") eu obtenho: "18" "1427203800,127.1800,127.2600,127.0000,127.2300,631900" "19" "1427203868,126.9200,127.1900,126.8750,127.1700,202000" "20" "1427203920,126.9600,127.0600,126.8700,126.9100,189500" "21" "1427203981,126.9500,126.9900,126.8800,126.8900,198200" "22" "1427204099,126.7799,126.9900,126.7700,126.9500,217500" "23" "1427204100,126.6700,126.9000,126.6401,126.7799,286300" "24" "1427204219,126.7100,126.8000,126.6500,126.6800,222800" "25" "1427204221,126.8300,126.8700,126.5600,126.7000,238500" "26" "1427204280,126.7100,126.9200,126.6700,126.8200,167500" "27" "1427204340,126.8300,126.9300,126.7000,126.7166,114900" "28" "1427204457,126.6400,126.8300,126.6000,126.8100,156100" "29" "1427204460,126.6500,126.7900,126.6385,126.6900,102800" se eu uso: dados <- getURL(' http://chartapi.finance.yahoo.com/instrument/1.0/AAPL/chartdata;type=quote;…',sep = ",", dec = ".") obtenho: 1427203805,127.1900,127.2600,127.0796,127.2000,626100 1427203862,126.9200,127.1900,126.8750,127.1800,207800 1427203979,126.9000,127.0600,126.8700,126.9100,198000 1427203980,126.9500,126.9900,126.8800,126.9000,172200 1427204099,126.7799,126.9900,126.7700,126.9500,235000 1427204100,126.6700,126.9000,126.6401,126.7799,286300 1427204219,126.7100,126.8000,126.6500,126.6800,222800 1427204221,126.8300,126.8700,126.5600,126.7000,238500 1427204280,126.7100,126.9200,126.6700,126.8200,167500 1427204340,126.8300,126.9300,126.7000,126.7166,114900 1427204459,126.6915,126.8300,126.6100,126.8100,160900 1427204460,126.6500,126.7900,126.6385,126.6900,98000 Usando read.csv também dá dados diferentes de começo. Alguem saberia me dizer o por que? E em qual devo confiar? Porque nenhuma é igualzinha ao que aparece quando você coloca esse endereço http://chartapi.finance.yahoo.com/instrument/1.0/AAPL/chartdata;type=quote;… no navegador. O resultado deste é: 1427203800,127.1200,127.2300,127.0000,127.2300,631900 1427203900,127.0300,127.1900,127.0000,127.1700,87400 1427203978,126.9200,127.0400,126.8700,126.9050,309600 1427204038,126.9600,126.9900,126.8800,126.9399,174900 1427204099,126.7799,126.9900,126.7700,126.9600,235300 1427204100,126.6700,126.9000,126.6401,126.7799,286300 1427204219,126.7100,126.8000,126.6500,126.6800,222800 1427204221,126.8300,126.8700,126.5600,126.7000,238500 1427204280,126.7100,126.9200,126.6700,126.8200,167500 1427204340,126.8300,126.9300,126.7000,126.7166,114900 1427204459,126.6915,126.8300,126.6000,126.8100,160900 1427204460,126.6500,126.7900,126.6385,126.6900,98000 1427204520,126.7100,126.7200,126.6000,126.6500,108700 1427204581,126.7100,126.8400,126.6800,126.7100,129600 1427204641,126.7400,126.7700,126.6600,126.7300,98700 Obrigada, Michelle

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Pacote QCC
by Edson Lira 26 Mar '15

26 Mar '15

Caros amigos, estou tentando replicar um exemplo do Livro do Montgomery, Introduction to Stastistical Quality Control - 7 edição, pg 240. Estou usando o pacote QCC do R. Abaixo o banco e o script Download iqcpg240.csv | | | | | | | | | | | Download iqcpg240.csvDownload iqcpg240.csv free. File hosted free by DataFileHost. | | | | Visualizar em www.datafilehost... | Visualizado por Yahoo | | | | | Download exemplo iqc wiley pg240.R | | | | | | | | | | | Download exemplo iqc wiley pg240.RDownload exemplo iqc wiley pg240.R free. File hosted free by DataFileHost. | | | | Visualizar em www.datafilehost... | Visualizado por Yahoo | | | | | Tenho algumas dúvidas. Para os limites x de barra usa-seXbarra+-A2*Rbarra, aonde o A2 é tabelado de acordo com o tamanho da amostra. No pacote QCC, fiz algumas tentativas e não vi como ou aonde ele usa o A2, visto que quando plota os lintel ele só soma ou diminui o desvio padrão. Alguém poderia me ajudar?. No livro do Montgomery os limites para o barra são (25 amostra de tamanho 5)1,5056+-(0,577)*(0,32521) Não consegui replicar esses resultados no gráfico. Usei as 25 primeiras amostras do banco, que é o que o livro usa no exemplo. Alguém poderia me ajudar? [ ]'s.Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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